למרות דוח ביקורת פנימי שנערך במשרד הבריאות, אשר הצביע על ליקויים בביצוע ניסוי רפואי שנערך בבית החולים איכילוב בקרב קטינים חולי סרטן, שבו השתתפה גם שיר כהן ז"ל - בג"ץ, שדן בסוגיה, קבע כי אין מקום לפתוח בחקירה באשר למותה של כהן, שהלכה לעולמה בגיל 12 וחמישה חודשים.
לפי קביעת בית המשפט, אין קשר בין השתתפותה בניסוי לפטירתה מאוחר יותר ממחלת הסרטן. עם זאת, לטענת הוריה, הכואבים את לכתה של שיר כבר כמעט שבע שנים, לעובדה שלקחה חלק לפני מותה בניסוי עבור חולי סרטן שנערך בבית החולים איכילוב, יש קשר ישיר למותה .
בפסק הדין נכתב כי "מתוך כל הממצאים עולה הגם שנמצאו פגמים מסוימים בהתנהלותם של הרופאים שביצעו את הניסוי, אין בהם כדי לבסס עילה לפתיחה בחקירה פלילית. הילדה נפטרה כחודש וחצי לאחר שהתגלה גידול סרטני במוחה, ולאחר שעברה מספר ניתוחים וטיפולים. בנוסף, שבועות מספר טרם פטירתה צורפה הילדה לניסוי. לאחר פטירתה, העותרת, אשר שימשה בעת הניסוי כרופאה בבית החולים וכחוקרת משנית בו, העלתה בפני גורמים שונים טענות ביחס לאופן התנהלות הניסוי, לאופן התנהלות הרופאים שהובילו את הניסוי, כמו גם ביחס לנסיבות מותה של הילדה".
השופטים מינץ, אלרון וגרוסקופף קבעו כי "הלכה היא כי בית משפט זה ביושבו כבית משפט גבוה לצדק לא יטה להתערב בשיקול דעתן המקצועי של רשויות אכיפת החוק ורשויות התביעה אלא במקרים נדירים, כאשר נמצא שהחלטות אלו נגועות בחוסר סבירות קיצוני או עיוות מהותי". עוד הוסיפו: "ההחלטה שלא לפתוח בחקירה במקרה זה התקבלה על ידי הגורמים הבכירים ביותר במערך התביעה – פרקליט המדינה והיועץ המשפטי לממשלה.
מכלל החומר עולה כי טענות העותרת נבחנו באופן מעמיק, בהתייחס לדוחות הביקורת שניתנו, תוך הנמקה מפורטת של התשתית שעמדה בבסיס ההכרעה. כך, לאחר בחינה יסודית, נמצא כי חרף הפגמים שנמצאו בהתנהלות גורמי הרפואה בעניין זה, פגמים חמורים עליהם ניתנה הדעת במסגרת דוחות הביקורת וגם הועברו לגביהם המלצות לשינויים מערכתיים, לא נמצא כי יש בתשתית הראיתית כדי לבסס חשד לביצוע עבירה ברף הנדרש בפלילים".
לסיכום ציינו כי "אין חולק כי מדובר במקרה מצער. פטירתה של ילדה צעירה בדמי ימיה בבית החולים, מעוררת צער רב וכאב. אולם בחינה מקצועית נרחבת ומעמיקה העלתה כי מותה לא נגרם כתוצאה מהשתתפותה בניסוי".
לדברי חיים כהן, אביה של שיר: "יש כאן בעיה שאני סוחב איתי כבר כמעט שבע שנים, מאז שהבת שלנו נפטרה. עוד כששיר הייתה בבית החולים איכילוב הבנו שמשהו לא טוב קורה, אבל לא ידענו לשים את האצבע על מה. אנחנו משוכנעים שיש קשר בין הניסוי לבין מותה של שיר. נכנסה לבית החולים ילדה שעומדת על שתי רגליים. שמענו הבטחות מבית החולים. איך שהיא נכנסה עם אותו גידול, כך היא גם יצאה. יכלו להגיד לנו שיש אפשרות לטיפול קונבנציונלי מוכר, וכך היו פועלים. אני מאמין שאם היינו עושים את זה, הילדה עוד הייתה בחיים".
לדבריו, "נתנו את ההסכמה להשתתף בניסוי, כפי שכל הורה היה נותן, אבל אף אחד לא טרח לציין שלא תהיה מכך תועלת. אם היו מסבירים לנו שיכולות להיות תופעות לוואי כמו חום, פריחה, בצקת וספירת דם גבוהה, שהופיעו בעקבות הניסוי, לא היינו מרשים לה להשתתף. לא נתנו לנו את מלוא המידע, ולא נשכח את זה. הרגשנו ש'עשו עלינו סיבוב' ולא התחשבו בנו".
העותרת, ד"ר ליאנה עדני בני, אמרה כי "ניסויים רפואיים בבני אדם, ובעיקר בקטינים - הם נושא רגיש, החייב התנהלות מוסרית, חוקית ודבקות בנהלים... פסק הדין והחומרים שהובאו בפני בית המשפט העליון, מתעדים את העובדה שהעתירה הוגשה בגין מחדלים ומעשים חמורים, והעדר בדיקה ותיקון של מעשים אלה - והכל סביב ניסויים בקטינים במוסד אקדמאי מוביל בישראל. בית המשפט העליון הנכבד, עשה שירות גדול לציבור ולאזרח בכך שעיין בחומרים הקשים שהוצגו בפניו. אין עוררין היום כי נעשו דברים המנוגדים לנוהלי משרד הבריאות ולוועדת הלסינקי הבינלאומית. אני כואבת גם היום את כאב ההורים, ואם היה עוול - לא ניתן לתקנו, אך חייבת להיות לכל הפחות הבעת חרטה".
מבית החולים איכילוב נמסר בתגובה: "בית החולים העניק טיפול מסור ומקצועי לשיר ז״ל. אנו הפקנו את הלקחים הנדרשים מהמקרה ומשתתפים בצער המשפחה".