בצעד נדיר מאוד, החליט שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, משה יועד הכהן, לחרוג מהסדר הטיעון שנחתם בין הצדדים ולהוסיף עוד שנה בפועל לרב הראשי לישראל לשעבר, הרב יונה מצגר. השופט החמיר היום (חמישי) את עונשו מ-3.5 ל-4.5 שנים. העבירות בהן הוא הורשע הן מרמה, שוחד, הפרת אמונים ושיבוש. בהחלטתו אמר כי "ההסדר אינו בקנה המידה של הראיות. יש את הכל, אז אין סיבה לגזור מאסר בפועל כל כך נמוך. אני לא מקבל את הסדר הטיעון. צריך לשקלל את המשרה הרמה והפגיעה ברבנות בעקבות המקרה".
השופט הוסיף: "לדעתי, זה היה צריך להיות שבע שנות מאסר, בין שש לתשע. זה מה שהייתי גוזר במקרה רגיל. זה הרף הנכון. בגלל שבית המשפט נוטה להוסיף רק שנה, אין קושי ראייתי, אנחנו יודעים שיש הקלטות, עד מדינה, הכל נמצא שם". השופט השאיר על כנו גם את הקנס שעומד על מיליוני שקלים.
בסוף הדיון, הסתכל מצגר על עורכי דינו, והיה שרוי בתדהמה בעקבות ההחמרה. הוא נשאר לשבת באולם לאורך זמן. מצגר יוכל לערער לבית המשפט העליון על העונש.
מצגר הודה והורשע בביצוע עבירות של שוחד, מרמה ומס בעת שכיהן בתפקידו וכן בעבירת שיבוש מהלכי משפט. הוא ירצה שלוש וחצי שנות מאסר - כך על פי הסדר טיעון שחתם עם הפרקליטות. עוד נקבע בהסדר, כי מצגר יישא בתשלום בסך של חמישה מיליון שקל, הכולל חילוט, קנס ותשלום חבות מס. מכתב האישום המתוקן הושמטו עבירות של גניבה בידי מורשה והפרת אמונים.
בכתב האישום המתוקן, שהוגש במסגרת הסדר, נטען כי הרב מצגר ניצל את מעמדו וקיבל שוחד בסכום כולל של חמישה מיליון שקל, שלושה מיליון מתוכם גרף לכיסו, לאחר שהתחלק בכספי השוחד עם נהגו, ששימש בלדר לכספים. האישום הראשון עוסק ב"פרשת הגיורים", במסגרתו קיבל מצגר לכיסו טובות הנאה שמקורן בבעלי ממון תושבי חוץ אשר רצו להתגייר או לערוך בירורי יהדות, וביקשו את עצתו ועזרתו כרב הראשי לישראל.
האישום השני עוסק בפרשת "אשכול העמותות", ובו נאשם הרב מצגר כי פעל יחד עם נהגו לגיוס תורמים לעמותות, בתמורה ל"עמלה". מצגר סיכם עם בעלי העמותות כי בתמורה לפעולותיהם שלו ושל נהגו, יתנו בעלי העמותות עשרות אחוזים מן התרומות שיתקבלו בעמותות. עבירות אלו ביצע הרב מצגר בעשרות מקרים ובקשר עם מספר עמותות בעת שכיהן כרב הראשי לישראל.
האישום השלישי עוסק בלקיחת שוחד על דרך של קבלת טובות הנאה שיטתית על ידי מצגר, במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל. טובות הנאה אלה קיבל במספר רב של הזדמנויות, בין היתר במסגרת אירועים פרטיים שלו, וכן כתמורה לכך שהשתתף באירועים של נותני טובות ההנאה.
אישום נוסף עניינו קבלת דבר במרמה ממוסד תורני, לו גייסו מצגר ונהגו תרומות. הרב נטל לכיסו סכום של עשרות אלפי דולרים מתוך התרומה שיועדה כולה למוסד התורני, מבלי שגילה לתורמים כי עשה כן. האישום החמישי עוסק בעבירות המס, ובו נאשם הרב מצגר, כי לא שילם מס עבור הכנסותיו מהעבירות.
באישום השישי נאשם הרב מצגר בשיבוש הליכי משפט בשתי הזדמנויות שונות, בהן פנה לעד שהפליל אותו והפציר בו לדבוק בגרסה לפיה הנאשם לא ביצע כל עבירה, בכוונה להכשיל את ההליך השיפוטי שהתנהל נגדו.