חשדות לטיוח מצד המשטרה והפרקליטות באשר לניגוד עניינים לכאורה מצד חוקר בכיר בתיקי נתניהו. כך נחשף אמש (שני) בחדשות 12 על ידי העיתונאי עמית סגל. על פי הפרסום, בימים האחרונים גורמים במערכת החוק העבירו למבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, מעטפה "עבת כרס" ובה טענות על קשר אסור כביכול שהתרחש בין חוקר בכיר לשעבר במשטרה, רפ"ק אבי רוטנברג, וג'ודי שלום ניר מוזס. 

רוטנברג ניהל לפני מספר שנים את החקירה בנוגע לתיק המעונות נגד בני הזוג נתניהו ועל פי הנטען, הוא גם נחשף לחומר בתיק 2000, שעסק ביחסיו של ראש הממשלה עם מו"ל "ידיעות אחרונות", ארנון (נוני) מוזס, והסתיים כזכור בהגשת כתבי אישום. ג'ודי שלום ניר מוזס היא אחותו של מו"ל העיתון ואחת ממחזיקי המניות בעיתון. 

מהפרסום אמש עולה כי רוני ריטמן מפקד להב 433 באותו הזמן, מי שלימים יטען כי ראש הממשלה "תפר לו תיק" על הטרדות מיניות בגלל פרשת המעונות, ידע על הקשר בין החוקר הבכיר לאחותו של המו"ל אולם לא דיווח על כך למח"ש. בשלב מסוים במח"ש התוודעו לפרטי הפרשה וכאשר אורי כרמל ראש מח"ש דאז פנה לשי ניצן פרקליט המדינה בבקשה לקדם את הדברים "הוא נתקל בגרירת רגליים מצד בכירי הפרקליטות". על פי הנטען, הסיבה לסחבת הייתה חשש כי חקירה שכזו "תסייע לנתניהו במאבקו הציבורי". 

על פי הפרסום אמש, במח"ש בכל זאת התעקשו לנהל חקירה אולם באמצע 2018 הוחלף כרמל בקרן בר מנחם, שעיכבה את ההחלטה בעניין במשך חודשים ארוכים ולבסוף החליטה לסגור את התיק. מרוטנברג נמסר אמש כי "אין ולא היה כל קשר בין ההיכרות עם ג'ודי ניר מוזס לבין אופן החקירה שנוהלה ללא אג'נדה. הטענה שנחשפתי לחומרים בתיק 2000 שקרית ביסודה". מהפרקליטות נמסר כי "מדובר בבליל טענות שקריות וחסרות שחר. החלטות בתיקים מתקבלות בהתאם לראיות".

מח"ש מסרו כי "בעניין רוטנברג הומלץ לפתוח בבדיקה רק על ידי דרג זוטר. מנהלת מח"ש לא עיכבה את התיק וטיפלה בו מיד ואף העבירה אותו לחוות דעת, שבסיומה הוחלט לגנוז את התיק". ממשרדו של אנגלמן נמסר אמש כי "הפנייה התקבלה היום ונבחנת כעת על ידי מבקר המדינה, בהתייעצות עם גורמי המקצוע במשרדו".

מהפרקליטות נמסר כי בניגוד לנטען, "קצין המשטרה רוטנברג כלל לא היה מעורב בחקירת תיק 2000 וכי ההחלטות בתיק, כמו גם ביתר תיקי ראש הממשלה, התקבלו משיקולים ענייניים בלבד של בירור האמת. כך למשל בתיק אחר, בו לא היו ראיות שקשרו את ראש הממשלה לחשדות, הוא גם לא נחקר כחשוד. הטיפול של מח"ש בתלונה בעניין רוטנברג נעשה אף הוא משיקולים ענייניים בלבד - ההחלטה נומקה בספק בדבר קיומו של חשד לעבירה פלילית; פרקליט המדינה לשעבר לא "גונן" על מפכ"ל המשטרה לשעבר מטעמים הקשורים לחקירת תיקי נתניהו. זוהי הצגה מניפולטיבית של העובדות".