עמדת הצבא תומכת בהגדרת מכסות ובהמשך שילוב הדרגתי של חרדים בצבא בראיית פני עתיד. במערכת הביטחון מתנגדים נחרצות לחוק אשר ישווה את התנאים שמעניקה המדינה למשרתי הצבא וללומדי התורה. החשש במערכת הביטחון הוא כי העברת חוק הגיוס במתכונתו הנוכחית עלולה להוביל להחרפת המשבר בצבא ותשפיע לרעה בטווח רחוק על דפוסי הגיוס לצה״ל.
החרדים לא מתפשרים: חקיקת חוק גיוס ופסקת התגברות - או שאין ממשלה
"על מה נתפשר?": שר חרדי במסר תקיף לנתניהו על חוק הגיוס
זאת על רקע הדברים שאמר הרמטכ״ל הרצי הלוי השבוע בטקס חלוקת מלגות "אמץ לוחם", כי מדינת ישראל מחויבת להמשיך לקיים את מודל צבא העם, וכי עמדת הצבא ברורה והיא גיוס לכולם. גם בדיונים מול הדרג המדיני מביע הצבא את עמדתו נגד חוק הגיוס כפי שהוא מגובש כעת, וזאת אל מול דרישת המפלגות החרדיות לאשר את החוק בכנסת, בהתאם להסכמים הקואליציוניים.
חוק הגיוס החדש, אם יעבור בכנסת, מהווה למעשה פטור מוחלט לשירות חרדים בצבא, מבלי שנקבעו מכסות או מודל חלופי לשירות לאומי, למי שאינו בבחינת תורתו אומנותו בקרב הצעירים החרדים. על פי עמדת מערכת הביטחון, החלק היחסי של המגזר החרדי באוכלוסייה, הגדל משנה לשנה, מחייב את שילובם של חלק מצעירי המגזר החרדי באופן הדרגתי בצבא.
על פי תפיסה זו, מדובר בצורך ביטחוני חיוני שצופה פני עתיד, ולכן גם מבחינה פרקטית שילוב חרדים בצבא חייב להימשך על פי תוכנית סדורה, באופן שבו עם השנים מספר החרדים בצבא ילך ויגדל בצורה מדורגת. גם מבחינת ההיבט הערכי־ציבורי, בצבא רואים בעיה חמורה בכך שחוק הגיוס במתווה הנוכחי שלו, אם יעבור ללא שינויים, אינו מספק תחליפי גיוס לצבא, דוגמת שירות לאומי או אלטרנטיבה אחרת.
במערכת הביטחון גם מביעים התנגדות נחרצת לחוק לימוד תורה שמבקשת להעביר יהדות התורה, הדורש להסדיר את מעמדם של לומדי התורה בסטטוס של מי שמשרת את המדינה כמו החיילים.
על רקע המחאה הציבורית הנרחבת זה מספר חודשים נגד הרפורמה המשפטית וחוק הגיוס המקרין פנימה לתוך הצבא, במערכת הביטחון מוטרדים מכך שהעברת חוקי הגיוס במתכונתם הנוכחית עלולה להעמיק את המשבר בתוך צה״ל, ובעתיד הרחוק יותר לפגוע פגיעה קשה בעקרון צבא העם ולהשפיע על דפוסי הגיוס לצה״ל והמוטיבציה לשירות קרבי, כאשר משנה לשנה - בשל הגידול הדמוגרפי בחברה החרדית - מספר מקבלי הפטור רק הולך וגדל.