"הועלו ליקויים, חלקם חמורים, הנוגעים להליכי איתור ומינוי של פקידים בכירים ללא קיום ועדות איתור, לפגיעה בעקרונות השוויון וההוגנות, לתנאי העסקתם של הפקידים הבכירים ולפיקוח ולבקרה של הדירקטוריון", קובע מבקר המדינה בדו"ח הביקורת על רפא"ל שהתקיימה בין אוקטובר 2015 ליוני 2016.
בדו"ח נטען, כי משנת 2013 ועד ה-1 בינואר 2016, מינה מנכ"ל רפא"ל לשעבר 12 מתוך 16 פקידים בכירים בתפקידי סמנכ"ל ללא שהנהלת רפא"ל הקימה ועדות איתור.
"על הנהלת רפא"ל להקפיד על קיום הליך שוויוני ותחרותי באיתור ובמינוי של פקידים בכירים", מציין מבקר המדינה – "על הגורמים בהנהלת רפא"ל העוסקים באעיתור ובמינוי של הפקידים הבכירים ובקביעת תנאי העסקתם מוטלת החובה והאחריות להיות ערים לכל התקנות והנהלים המחייבים ולהקפיד על קיומם. על הדירקטוריון לקיים פיקוח ובקרה נאותים על פעילות ועדות האיתור".
חברת רפאל אמרה בתגובה: רפאל הינה חברה ממשלתית שפועלת בהתאם לכללי מינהל תקין. מינוי עובדי החברה ובכלל זה הבכירים שבה נעשה על סמך מקצועיותם וכישוריהם בלבד והוא זה המאפשר לה להיות חברה צומחת ורווחית ולהוות נדבך מרכזי בבטחון ובכלכלה הישראלית. יחד עם זאת דוח המבקר מציין מספר ליקויים טכניים אשר חלקם תוקנו והיתר נמצאים בבחינה מול רשות החברות.