דו"ח מבקר המדינה בנושא פעילות צה"ל במישור המשפט הבינלאומי במבצע "צוק איתן", עוסק בהיערכות צה"ל בשנתיים שקדמו למבצע להקטנת האפשרות לפגיעה בבלתי מעורבים בעת לחימה, בפקודת חניבעל, שהייתה עדיין בתוקף במבצע ובאה לידי ביטוי בקרב ברפיח לאחר חטיפתו של סגן הדר גולדין ז"ל ובאופן הטמעת היועץ המשפטי במהלך תכנון משימות מבצעיות, במלחמה ובמהלך פעילות מבצעית.

הדו"ח קובע כי בנושא המרכיב האזרחי נמצאו פערים במימוש התפיסה המבצעית, בהכשרות לחיילים והמפקדים בכל הקשור לכללי התנהגות הומניטריים שתואמים את הדין הבינלאומי, בפעילות קרבית שמתרחשת באזורים שבהם יש אוכלוסייה אזרחית שאינה מעורבת בלחימה.
המבקר קובע כי צה"ל טרם הטמיע בתרגיליו את ההשלכות וההשפעות של נפגעים אזרחים רבים בעת לחימה והאפשרות של נתון זה להשפיע על מידת השגת יעדי המבצע ברמה הצבאית והמדינית. עוד נכתב דו"ח כי שילוב מערך הייעוץ המשפטי ברמה האופרטיבית באוגדות בהתאמה למצב מלחמה או מבצע כפי שעלה ב"צוק איתן", דורש שיפור משמעותי ואינו מספק בשלב הזה.

המטה לביטחון לאומי ספג ביקורת בדו"ח על כך שלא ניהל עבודת מטה מקיפה שכוללת את כל הגופים הרלוונטיים שמטרתם לבחון את מידת ההשפעה הבינלאומית לאור פגיעה רחבת היקף בבלתי מעורבים, בעת לחימה ומה ההשפעה האפשרית במצב מסוג זה על היכולת של צה"ל לעמוד ביעדי המבצע.

פער בין הפקודה המטכ"לית לבין מימושה לדרגי השטח
 
ביקורת מרכזית בדו"ח עוסקת בפקודת "חניבעל" שבינתיים בוטלה בצה"ל ועסקה בסדר הפעולות של הכוחות בעת חשד לחטיפת חייל או אזרח בניסיון למנוע את החטיפה. בביקורת עלה כי פקודת "חניבעל" המטכ"לית תוקנה באוקטובר 2013 ואולם פקודת "חניבעל" של פיקוד הדרום, שתוקנה גם היא, אינה תואמת בחלקה לפקודה המטכ"לית המתוקנת. 
עוד עלה כי פקודת "חניבעל" של אוגדת עזה לא תוקנה כלל, והיא אינה תואמת ברובה לפקודה המטכ"לית המתוקנת ולפקודה הפיקודית שתוקנה. כלומר, שלמעשה נוצר פער בין הפקודה המטכ"לית לבין מימושה לדרגי השטח שפירשו את הפקודה באופן אחר. מבקר המדינה מעיר לצה"ל, כי לפקודת "חניבעל" נודעה רגישות רבה בהקשר של חיי החטוף. בנוסחן הקודם, פקודות "חניבעל" הפיקודית והאוגדתית עלולות היו להשתמע לשתי פנים בנוגע למונחים המתארים את ערך חיי החטוף והאם מותר לסכל את החטיפה גם במחיר חייו של החייל שנחטף. 
במשרד המבקר מוסיפים כי הדבר היה עלול להביא לפרשנויות שונות של הפקודות על ידי גורמים שונים בצה"ל. בנוסף עלו פערים בתפיסה של עקרון המידתיות והפעלת האש על ידי כוחות צה"ל לאחר חטיפת חייל בהתאם למשמעויות השונות לפקודה זו.
לאור כך שפקודת חניבעל בוטלה והוחלפה בפקודה אחרת, קובעים במשרד המבקר כי הפקודה החדשה צריכה לתת מענה לממצאים שעלו מהביקורת לפקודה הישנה. בין השאר כותבים במשרד המבקר כי על הרמטכ"ל לבחון העלאת דרג הסמכות המורה על הפעלת אש בעת אירוע חטיפה לאור התנאים השונים בשטח. לאחר סיום הבחינה מוסיפים במשרד המבקר יש לתקן בהתאם את הפקודות בשיתוף הפצ"ר.