בצבא מוטרדים מאוד מהשלכות המשבר החברתי העמוק על רקע הרפורמה המשפטית, וחוששים מהשפעות מיידיות על מערך המילואים ומכדור שלג שהולך וצובר תאוצה בסוגיה. עוד לפני המשבר האחרון, נתוני ההתגייסות לשירות מילואים היו במגמת ירידה בשנתיים האחרונות, ולעתים מגיע שיעור ההתייצבות של הלוחמים בגדודים לכ־70%. בחודש האחרון מעריכים בכירים במערכת הביטחון כי המשבר במערך המילואים העמיק מאוד, וחוששים מגל של סרבנות אפורה כאשר עשרות גדודים צפויים לבצע השנה תעסוקה מבצעית ביהודה ושומרון.
במערכת הביטחון מוטרדים בעיקר מהמצב בחיל האוויר, אשר מתבסס גם בימי שגרה על אנשי המילואים המבצעים פעולות ביטחוניות שוטפות על בסיס שבועי. הרבה מאוד אנשי אוויר שלעבר פעילים במחאת אנשי המילואים, ורבים מהם גם מעלים את הטענה כי פגיעה במערכת המשפט הישראלית, מעבר לסוגיות הערכיות ולפגיעה בדמוקרטיה, עלולה לחשוף אותם לאיומי הדין הבינלאומי.
החשש המרכזי הוא בעיקר מסוג של סרבנות אפורה, שיתבטא, למשל, בהחלטה אפשרית לפרוש מוקדם יותר מטיסה פעילה בזמן שירות המילואים, בבקשה לדחיית ימי אימוני במילואים בתקופה הקרובה, ובסימנים נוספים, אשר כבר נראים בשטח ומטרידים מאוד את הצבא. כאמור, ברוב המקרים אין עדיין מדובר בסרבנות או בנקיטת מעשים בפועל, אבל השיח בקבוצות אנשי המילואים אינו נעלם מדאגתם של בכירי הצבא.
נראה שבין השאר על הרקע הזה החליט הרמטכ"ל רב־אלוף הרצי הלוי להעלות את הסוגיה הזו בדברים שנשא בטקס סיום קורס קצינים בשבוע החולף. אבל כאמור, בצה"ל סבורים שהאתגרים הגדולים עוד לפניהם, ואם בתחילה מחאת אנשי המילואים נגעה גם באנשים שכבר סיימו את שירות המילואים הפעיל שלהם, כעת זה מתחיל לזלוג למערכים חיוניים וחשובים, כמו הטייסים ומערך המבצעים המיוחדים, שבהם לאנשי המילואים תפקידים חשובים בשגרה ובפעילות מבצעית חשאית, המתקיימת גם בימים אלה ולא רק בתקופת מלחמה או בעת גיוס מיוחד בחירום.
כמאה קצינים במילואים, ובהם בכירים, כתבו לאחרונה כי אם הרפורמה תעבור, הם לא ישרתו במערך המבצעים המיוחדים. מכיוון שמדובר במערך התנדבותי, אין למעשה מדובר בסרבנות. "אין כאן קריאת סירוב, אבל גמרנו לשתוק", נכתב בהודעה. "שירתנו בגאווה אדירה בתפקידי מפתח מורכבים במשך שנים על בסיס התנדבותי במערך המבצעים המיוחדים. זה רגע חירום. אם תימשך החקיקה שמטרתה הפיכת מערכת המשפט לזרוע פוליטית ובלתי אמצעית, כלומר מחיקת הדמוקרטיה הישראלית, ואם לא תושג הסכמה רחבה בנושא - אנו לא נמשיך להתנדב לשירות מילואים במערך המ"מ".
שוב לציין כי כותב ההודעה ויוזם המכתב הוצא לאחר פרסומו מקבוצת המילואים של יחידת המבצעים המיוחדים, וההודעה נמחקה על ידי מנהלי הקבוצה. עם זאת, המכתב עורר סערה בצה"ל, ולא במקרה - מדובר במערך מיוחד וחשאי, שבו לאנשי המילואים תפקיד חשוב מאוד, כאשר ניסיונם הרב של קציני המילואים נחשב לאחד מעמודי התווך של המערך.
זאת ועוד. חיילים וקצינים שנמצאים בשירות מילואים ביהודה שומרון מספרים כי כמו תמיד, החברות והאחריות ההדדית בין החיילים במחלקה או בפלוגה חזקות יותר מכל ויכוח פוליטי. עם זאת, הם מציינים כי האווירה מושפעת מהשבר הפוליטי־חברתי העמוק. בצבא כאמור מוטרדים מאוד מהמצב. גורם ביטחוני אומר ל"מעריב" כי "אין ספק שכבר עכשיו ניכרת השפעה על מערך המילואים. אלה אינם דברים שניתן למדוד באופן מהיר ומדויק בנתונים סטטיסטיים. אבל כאשר החברה הישראלית עוברת צונאמי רגשי עצום כמו עכשיו, וכאשר רבים מהמובילים של המאבק הם קצינים ואנשי מילואים, אין שום אפשרות שגלי המאבק לא יחדרו לתוך הצבא".