צה״ל הפקיר במשך שעות את תושבי קיבוץ כפר עזה לגורלם. אבל גם לאחר שהחלו להגיע כוחות לתוך הקיבוץ הם לא היו מאורגנים. כל כוח פעל על דעת עצמו. כל זאת למרות שכבר בתחילת הפשיטה נכח ביישוב קצין בדרגת תא״ל, מפקד אוגדה בצה״ל שהתגורר ביישוב.
וכן שלושה מפקדי חטיבות שהגיעו משעות הצהריים לקיבוץ. אבל רק שעות ארוכות לאחר מכן לקראת ערב, החל צה״ל לנהל מלחמה סדורה ומאורגנת של חלוקת גזרות ומשימות. מרבית הנרצחים בכפר עזה נרצחו עד השעה 08:30 בבוקר - 37 מרבית האזרחים ובהם שבעה חברי כיתת הכוננות שנלחמו בגבורה וניסו להדוף את המחבלים.
בכפר עזה נהרגו 64 אזרחים ולוחמי צה״ל. 19 נחטפו, שניים עדיין בידי חמאס בעזה. כמעט כל בתי הקיבוץ נפגעו. הקרבות בכפר עזה נמשכו שלושה ימים. כאשר חלק מהמחבלים ניהלו קרבות בתוך הקיבוץ ובשטחים החקלאיים מסביב. התחקיר של צה״ל קובע: ״צה״ל נכשל במשימתו בהגנה על הקיבוץ״. המחדל בניהול הקרב בכפר עזה הוא מהחמורים במלחמה. החל מהתפיסה שאחזה בצה״ל ועד לאמצעים שהעמיד הצבא לכיתת הכוננות ולהיערכות הכוחות.
קיבוץ כפר עזה הופקר מראש בתפיסה של צה״ל. מסביב ליישוב אומנם הייתה גדר התראה אבל ללא מצלמות. לכיתת הכוננות לא היה נשק בזמינות אלא רק בנשקייה ולא היה להם מערכת קשר. תיק ״הגנת היישוב״ היה חסר - לא היה בו הגדרת כוננויות, לא הגדיר תרחיש ייחוס, לא הייתה הגדרה של שיטת הגנה.
את התיק החסר אישר מפקד החטיבה הצפונית אל״מ עמי ביטון, קצין שנוי במחלוקת בתוך צה״ל שקודם מאז לפקד על חטיבת הצנחנים בסדיר. כל הכוח שהגן בבוקר ה-7 באוקטובר היה כיתת הכוננות שהיו בה 15 חברים בפיקוד רכז הביטחון המצטיין של הקיבוץ שחר אביאני, שנהרג בחצי שעה הראשונה של ההתקפה על הקיבוץ.
בשל הנוהג שהוביל הרמטכ״ל הקודם רא״ל במיל׳ אביב כוכבי, סבבי היציאות של הלוחמים בקו עוטף עזה היה 11 יום בבסיס וארבעה ימים בבית. המשמעות - בכל סוף שבוע ובכל חג היו בקו רק חצי מסדר הכוחות של צה״ל. בגזרת מוצב נח״ל עוז היה כוח של גדוד 13 עם שלוש פלוגות - שתיים על הגדר במוצב נחל עוז ומוצב פגה, וכן פלוגה שלישית בעתודה מאחור. כמו כן היה כוח של ארבעה טנקים מגדוד 77 שהיה אמור לפעול על הגדר.
כאמור, מכל סדר הכוחות הזה היו בפועל רק מחצית מהלוחמים. בקרב בקיבוץ כפר עזה נהרגים 42 מפקדים ולוחמים ו-64 נפצעים. במניין זה נכללים לוחמי צה״ל, כיתת הכוננות, שוטרים ולוחמי השב״כ. קיבוץ כפר עזה שוכן 2 ק״מ מהגבול מול העיר עזה. ב-7 באוקטובר פשטו על הקיבוץ 250 מחבלים, רובם מחטיבת העיר עזה. הפשיטה בוצעה בשלושה גלים. בשעה 06:29 פותח החמאס בירי מסיבי של כ-700 טילים ופצצות מרגמה למוצבים ולמפקדות בגזרה.
שלושה בקרים נוחתים ראשונים בקיבוץ. הראשון שנרצח הוא צלם אתר וואינט שגר בקיבוץ, רועי עידן. הוא גם מצליח לדווח על החדירה בטרם נרצח. במקביל 70 מחבלי נוחבה מכוח של גדוד דראג׳ אל תופח וגדוד אלפרקאן פורצים את הגדר ונעים בשני צירים אל הקיבוץ. תחקיר לאחור מעלה כי הם החלו להתארגן לפשיטה ביום שישי כבר בשעה שש בערב. הם נכנסו למה שמוגדר ״נוהל קרב״. הכוח הראשון אחראי לכמות הנרצחים הראשונה הגדולה. המחבלים קיבלו הנחיה לבצע רצח המוני. ברשות המחבלים נמצאו אמצעי לחימה רבים: נשק אישי, מקלעים, מטענים, טילי נ״ט, מכשירי קשר, מפות בהן גם מפות של העיר שדרות ושל קיבוץ סעד הסמוך. ההערכה כי הם התכוונו להמשיך מעבר לכיבוש קיבוץ כפר עזה.
בשתי הפשיטות האחרות נכנסו בגל השני והשלישי עוד 160 מחבלים. הגלים הללו החלו משבע בבוקר ועד עשר בבוקר. עד השעה 08:30 בבוקר לא הגיע אף לוחם של צה״ל לתוך הקיבוץ. חיל האוויר החל לפעול וליצור ירי לתוך אזור הקיבוץ רק בשעה 10:59.
תא״ל ישראל שומר, מפקד אוגדה שגר אז בקיבוץ, יצר קשר טלפוני מיד לאחר תחילת המתקפה עם הרמטכ״ל הרצי הלוי שהיה בדרכו ברכב לכיוון הדרום, ובעקבות שיחת הטלפון הזאת שינה כיוון והגיע לבור בקריה. וכן למפקד הפיקוד האלוף ירון פינקלמן. שומר, שלא היה עם נשק, נלחם עם סכיני מטבח במחבלים ורק בשלב שני הצליח להשיג נשק. אולם למרות הגבורה שגילה בחתירה למגע מול עשרות מחבלים הוא לא ניהל את הקרבות ברמה של מצביא צבאי. הטעות הזאת נעשתה מאוחר יותר גם על ידי מח״ט גבעתי שהגיע לקיבוץ עם 180 לוחמים וכן לא על ידי מח״ט הקומנדו. המח״ט השלישי שהגיע בשעות הצהריים המאוחרות היה מח״ט חטיבת המילואים המובחרת 551.
רק שעות ארוכות מאוד לאחר תחילת המתקפה, כאשר 24 מסגרות כוחות מיחידות שונות, ובסך הכל כ-1200 לוחמים שנכנסו לקיבוץ, החל להתבצע ארגון הכוחות באופן מסודר. ורק שעות ארוכות הצליחו המפקדים הבכירים להעביר לדרגי הפיקוד הפיקודיים והמטכ״ל דיווחים עם תמונת הקרב. חוסר התיאום גרם לחוסר יעילות בניהול הלחימה ולתוצאה הטרגית של עשרות נרצחים וחטופים, כאשר חלק לא מבוטל מהנרצחים והחטופים בשכונת הצעירים נרצחו כשבקיבוץ היו כבר מאות לוחמים. ״השאגות שנשמעו משכונת ׳דור צעיר׳ ואף אחד לא בא״ מתסכל את תושבי הקיבוץ.
התחקיר מגלה גם בעיות ערכיות קשות. בתחילת הקרב כוח של חטיבת גולני גדוד 13 שמנה שלושה ג׳יפים ממוגנים מסוג דויד נשלחים לקיבוץ. אחד מהם עושה דרכו לקיבוץ אבל כשהוא רואה את היקף המחבלים וחוטף ירי הוא ממשיך למוצב ״נחל עוז״ שגם הוא הותקף על ידי מחבלי הנוחבה. הג׳יפ הגיע למוצב כשהוא פגוע. שני הג׳יפים האחרים נמלטים מהשטח תחילה לשער קיבוץ מפלסים ולאחר שהם רואים טנדרים טויוטה של מחבלים שאף יורים לעברם טיל נ״ט, הם נמלטים לעיר שדרות מחוץ לגזרת ההגנה ולמשימה שהוגדרה להם על ידי המפקדים. החיילים הללו חוברים לכוח משטרה בכניסה לשדרות והם מצטרפים למפקד המחוז של המשטרה ומסייעים בקרב על תחנת המשטרה.
אירוע נוסף שנוי במחלוקת כאשר הטנק לא מצליח לזהות את ציר ההתקפה של המחבלים על הקיבוץ. הוא מנסה לקבל מטרות ממפקד הפלוגה של גולני. כשלא מצליח הוא יוצר קשר עם מפקד הפלוגה האורגנית של גדוד 77 אשר בשל חוסר ידיעה על תמונת הקרב בקיבוץ הוא שולח את הטנק היחיד למשימות באזור הנובה ובקיבוץ בארי.
עוד מגלה התחקיר כי מפקד אחד מכוחות של סיירת מטכ״ל, קצין בדרגת סא״ל, מחליט לקפל את הכוח הלוחם שלו מהקיבוץ בשעת צהריים מתוך הבנה שאין לו יכולת לתרום לשינוי תמונת הקרב. בפועל באותו הזמן מתבצעת מרבית המתקפה שכללה רצח וחטיפה של תושבי שכונת דור צעיר. התחקיר מצביע כי ההחלטות התקבלו בין היתר בשל חוסר פיקוד ושליטה של המפקדים וכן בשל חוסר הבנת תמונת הקרב ותמונת האויב.
המפנה בארגון הכוחות מתבצע כאשר אחד המפקדים פותח קבוצת ווטסאפ שעליה מצטרפים מרבית הכוחות שפעלו בקיבוץ. התחקיר מציין את תפקודם של נירה שפק ויוני פלד שחוברים לחלק דל מח״ט הקומנדו שהיה ממוקם בתחנת הדלק אלונים שעל כביש 232 והם יוצרים לכוחות את תמונת הקרב: מי נעדר, מי כנראה נחטף, מי לכוד בביתו ועוד. אחד האירועים היה חילוץ לאחר עשר שעות את שני התאומים בני עשרה חודשים שנותרו לבדם בממ״ד אחרי שהוריהם נרצחו לנגד עיניהם בבית.
לצד הכישלונות התחקיר מציג גבורה עילאית של מפקדים, לוחמים ואזרחים, אשר חירפו את נפשם בעשרות קרבות והתקלויות שהיו בקיבוץ ובסביבה הקרובה.
התחקיר מצביע על שורה של בעיות קשות: העובדה כי שום כוח צבאי לא מגיע לקיבוץ בשעתיים הראשונות של ההתקפה. ואחר כך כמות גדולה של לוחמים לא מצליחה לסגור את האירוע במשך שעות וימים. פינוי חיילים פצועים בוצע לפני פינוי אזרחים פצועים. חיל האוויר כשל כשלא הצליח לבודד את מרחבי החדירה לקיבוץ, וכמובן בעיית הפיקוד והשליטה הייתה דרמטית.
מסקנות התחקיר מעלות כי הקיבוץ נכבש כבר בשעה הראשונה של ההתקפה. קריסת המערכים בגזרה התרחשה בסמוך לתחילת ההתקפה. צה״ל הסתמך על הגדר של הגבול אבל ההגנה על הקיבוץ הייתה בשל כך חסרה.
