דוח מבקר המדינה השנתי מונח בשעה זו על שולחן הכנסת ועוסק כולו בבקרות שקיים המשרד על מערכת הביטחון וצה"ל. הדוח עוסק בשלושה תחומים: כשירות ומוכנות לחירום, התעשיות הביטחוניות והשמירה על זכויות הפרט.
בתחום הכשירות והמוכנות לשעת חירום מצא המבקר ליקויים חמורים בכשירות מערך המילואים של כוחות היבשה. המבקר קבע כי אימוני יחידות המילואים נפגעו מאוד בשנים האחרונות, ולא אפשרו לתרגל את כלל הכשירויות הנדרשות להשגת המיומנות הנדרשת ללחימה, כדי שיעמדו במשימותיהם. עוד נמצאו פערים במערך התחזוקה של הימ"חים (יחידות מחסני חירום) וביישום חובות מרכזיות שנקבעו בחוק שירות המילואים. כמו כן נמצאו ליקויים בפיקוח ובבקרה הנדרשים על פי החוק על ידי הדרג המדיני.
המבקר קובע בין היתר כי חלק מן הפערים כשורים באיוש נמוך של כוח אדם סדיר ופערי מקצועיות, לצד פערים בכשירות כלי רכב וצמיגים שפג תוקפם בכל פיקוד מרחבי. בהיבט הבטיחותי קובע המבקר כי ישנו פיגור בטיפולים תקופתיים ברכבי הקרב המשוריינים. התחקיר הגיע למסקנה, כי קיים חוסר יכולת לקיים ברגיעה את שגרת אחזקת ציוד הלחימה המבוקר, וכי קיים "סיכון" ליכולת לתמוך במעבר מזמן רגיעה לשעת חירום. בהתייחסותו מאוקטובר 2013 לממצאי התחקיר ציין גורם בכיר בצה"ל: "התוצאה: האחזקה ביבשה מידרדרת והמוכנות למלחמה הולכת ונפגעת". "על צה"ל להבטיח את רמת הכשירות של מערך המילואים ושל המשרתים בו באמצעות הכשרות, אימונים וציוד ההולמים את משימותיו, ולהציג לדרג המדיני תמונת מצב מהימנה של כשירות המערך" קבע המבקר בדו"ח.
המבקר קובע בין היתר כי חלק מן הפערים כשורים באיוש נמוך של כוח אדם סדיר ופערי מקצועיות, לצד פערים בכשירות כלי רכב וצמיגים שפג תוקפם בכל פיקוד מרחבי. בהיבט הבטיחותי קובע המבקר כי ישנו פיגור בטיפולים תקופתיים ברכבי הקרב המשוריינים. התחקיר הגיע למסקנה, כי קיים חוסר יכולת לקיים ברגיעה את שגרת אחזקת ציוד הלחימה המבוקר, וכי קיים "סיכון" ליכולת לתמוך במעבר מזמן רגיעה לשעת חירום. בהתייחסותו מאוקטובר 2013 לממצאי התחקיר ציין גורם בכיר בצה"ל: "התוצאה: האחזקה ביבשה מידרדרת והמוכנות למלחמה הולכת ונפגעת". "על צה"ל להבטיח את רמת הכשירות של מערך המילואים ושל המשרתים בו באמצעות הכשרות, אימונים וציוד ההולמים את משימותיו, ולהציג לדרג המדיני תמונת מצב מהימנה של כשירות המערך" קבע המבקר בדו"ח.
ממשרד הביטחון נמסר בתגובה: "במחצית 2014 קיים שר הביטחון פורום עדכון ואישור תוכניות צה"ל, שבמסגרתו עמד השר על עמידה ביעדי הכשירות של צה"ל, מול האתגרים שעימם אמור צה"ל להתמודד בעידן הקרוב. שר הביטחון אף נתן דגשים שונים לשימור וטיפול במערך המילואים של צה"ל. לקראת שנע"ה 2015 יעשה מאמץ לקבוע תקציב ייעודי לאימון במערך המילואים, תוך השענות על המלצות האלוף רוני נומה".
ראוי לציין, כי היקף האימונים נגזר מגודל התקציב והיעדר תקציב מדינה מאושר, ובכלל זה תקציב ביטחון נדרש, יקשה על מערכת הביטחון לממש באופן מלא מהלך זה.
בתחום השמירה על זכויות הפרט נבדק הטיפול במערך האזרחים עובדי צה"ל (אע"צים). עוד נבדקו תהליכי העבודה באגף שיקום נכים במשרד הביטחון, ונמצא שלמרות המאמץ הרב שמשקיעים עובדי האגף, יש ליקויים יסודיים בטיפול בתביעות, בבקשות להכרה כנכה צה"ל ובאישור תגמולים לנצרכים. "ליקויים אלה עומדים בסתירה לאמנת השירות של האגף, שמטרתה הענקת שירות הולם, הוגן ושוויוני לכל הזכאים" כותב המבקר בדו"ח. "על משרד הביטחון לפעול בהקדם לתיקון הליקויים שנמצאו, כדי שהאגף יוכל למלא את ייעודו, לטפל באוכלוסיית הנכים מתוך כבוד והוקרה כלפיהם ומחויבות לרווחתם" קובע המבקר.
ממשרד הביטחון ומדובר צה"ל נמסר בתגובה: "מערך האזרחים עובדי צה"ל הינו מערך מקצועי וחיוני בשגרה ובחירום. צה"ל פועל ללא לאות להעצמת העובדים ושמירה על זכויותיהם, באמצעות מרכז התעסוקה לאזרחים עובדי צה"ל, אשר ביצע בשנה האחרונה פעולות רבות שנועדו לשפר את איכות העסקת אזרחים עובדי צה"ל.