קצינים בכירים בצה"ל שפיקדו על חיילים במבצע צוק איתן פנו לאחרונה לעורכי דין ובדקו את זכויותיהם המשפטיות, בעקבות הפרסום כי משרד הפרקליט הצבאי הראשי יבדוק את התנהלותם במהלך המבצע, במיוחד אירועי אש שמהם נהרגו אזרחים פלסטינים. מאז תום המבצע הגיעו לצה"ל עשרות תלונות מארגוני זכויות אדם על התנהלות הצבא במבצע ועל שיקול הדעת בהפעלת האש באירועים שבהם נהרגו אזרחים פלסטינים.
גורם בכיר בצה"ל אמר ל"מעריב־השבוע": "יש פה גופים שהחליטו להתיש את המערכת ולהערים אינסוף תיקים על שולחנו של הפצ"ר. ארגוני זכויות אדם החליטו ללכת על שיטת מצליח". אותו גורם הוסיף כי כל תלונה שמופנית כלפי צה"ל נבדקת, והקצינים, שנדרשים לענות על שאלות, מתחילים להרגיש כי חקירה פלילית הופכת למוחשית יותר. "בימים שאחרי המבצע ישבו המפקדים ונדרשו לשחזר כל רגע וכל פקודה. בחלק מהמקרים נשאלו המפקדים שאלות קשות מאוד שהם נדרשו לקחת איתם הביתה ולנסות להבין את משמעות הפקודות שלהם. השיח הזה בחברה הישראלית על התנהלות המפקדים פשוט לא הגיוני". בצה"ל הדגישו כי נכון להיום אין שום כוונה לפתוח בחקירות פליליות נגד מפקדים שלחמו במבצע, למעט בכמה מקרים בודדים שבהם עולה חשד לעבירות שאינן קשורות ללחימה.
בנוסף, על פי הערכות, לא תיפתח חקירה פלילית באירוע הירי המאסיבי שהגיע מיד לאחר חטיפת סגן הדר גולדין ז"ל ברפיח - מה שמוגדר "נוהל חניבעל" ובו על הכוחות להשתמש באש רבה כדי למנוע את החטיפה. הגורם הצבאי אמר בנושא זה: "פתיחת חקירה פלילית בנוגע לאירוע הזה תגרום לרעידת אדמה במערך הלוחם".
על פי צה"ל, בתקרית נהרגו כ־ 50 פלסטינים. בתוך כך, שר הביטחון משה )בוגי( יעלון סייר אתמול בצפון ונפגש עם תלמידים לפני גיוס בקריית שמונה. במפגש ענה יעלון לשאלות התלמידים, ואחת מהן הגיעה מתושבת גבול הצפון באשר למנהרות, שלפי טענות של כמה תושבים נחפרות גם משטח לבנון. השר סיפר כי למערכת הביטחון לא ידוע על שום מנהרות וכל טענה נבדקת. לצעירה אמר השר: "בדיקה שנעשתה בעקבות דיווח של תושבת אחד היישובים על רעשי חפירה מתחת לביתה, העלתה כי הרעש מגיע מרגליו של סוס באורווה סמוכה". כ
שהתבקש להתייחס ל"נוהל חניבעל", שנמצא בבדיקה אצל הפצ"ר, אמר: "אם יש משהו שהוא פלילי בתוך העשייה הצבאית, המבצעית, המלחמתית, מישהו חס וחלילה בזז, אנס, ירה לא בהתאם לכללים ולא בהתאם לחוק, זה המקום לפתוח בחקירה פלילית. אם לא, צריך להשאיר את זה לתחקירים הפיקודיים. כניסה גסה של מערכת משפטית לתוך שיקולים מבצעיים פוגעת ברוח הלחימה״.