גם בצה"ל וגם במשרד הביטחון הגיבו לטענות שהועלו על ידי מבקר המדינה, יוסף שפירא, בכל הקשור למוכנות העורף למלחמה בה עתידים ליפול אלפי טילים על ישראל. חלק מהטענות שנמצאו בדוח מדברות על חוסר שיתוף פעולה וסחבת בין הגופים השונים. מדובר צה"ל נמסר בתגובה לכתבה: "במהלך השנים האחרונות משלים פיקוד העורף פרויקט יסודי וארוך טווח. במסגרתו כלל מוסדות החינוך הפורמליים מופו ומחלקת המיגון תכננה יחד עם יישובי העוטף והמועצות המרחביות מענה מיגוני הולם, המתאים למרחקי ההגעה בזמני הצפירה הרלוונטיים.
"עד כה, ביישובי עוטף עזה מוגנו כ-250 מוסדות חינוך ונותר מוסד אחד בעבודה בקיבוץ "יד מרדכי" להשלמת הפרויקט. באשר לתקינותם של מקלטים ציבוריים, על פי חוק ההתגוננות האזרחית, האחריות למיגון מוטלת בראש ובראשונה על הרשות המקומית להחזיקם באופן המאפשר את השימוש בהם בכל עת שיהיה צורך בכך".
"באשר לפערים בנושא גילוי והפצת התרעה מפני ירי טילים ורקטות, בחיל האוויר מתבצעת כל העת עבודה נרחבת לשיפור המענה לתחום הגילוי וההתרעה ביישובי עוטף עזה ובצפון הארץ. במהלך השנה האחרונה כחלק מהמאמץ, בוצעה עבודה נרחבת של חיל האוויר בהצבת מכ"מים טקטיים לאורך הרצועה, לגילוי מיטבי בגזרות השונות. בנוסף, פיקוד העורף מטפל ומתקצב את כשירותם של אמצעי ההתרעה, כגון דיווחיות וכרוזיות במוסדות החינוך" .
"פיקוד העורף מקיים מאמץ מיפוי חסר תקדים על מנת לשקף את תמונת המצב של פערי המיגון במדינת ישראל. מיפוי זה הושלם בכ-85% משטחי מדינת ישראל. כלל מיפוי המדינה עתיד להסתיים עד אוגוסט 2017. יש לציין, כי פיקוד העורף פועל בשיתוף פעולה מלא עם רשות החירום הלאומית ומשרדי הממשלה השונים ומשתף אותם בנתונים הקיימים ברשותו ונתונים אלו אף הוצגו פעמים רבות בוועדות הכנסת השונות".
"כל משרד ממשלתי יודע את תפקידו"
מרשות חירום הלאומית במשרד הביטחון נמסר: "מאז סיום הביקורת לפני למעלה משנה, רח"ל אישרה בקבינט את תרחיש הייחוס החדש לעורף, שעל בסיסו נבנתה תכנית עבודה רב-שנתית למוכנות העורף (2016-2020). תכניות 'מלונית' ו'מרחק בטוח' שגיבשו רח"ל וצה"ל/פקע"ר הן תכניות פינוי האוכלוסייה המפורטות, המתואמות והמדויקות ביותר, שהוכנו אי פעם, לטיפול באוכלוסייה מפונה, כמעט עד לרמת המשפחה הבודדת.
"כל ישוב בגבול הצפון ובעוטף עזה יודע להיכן יתפנה בחירום, וכל משרד ממשלתי (בריאות, חינוך, רווחה, פנים ועוד) יודע מה תפקידו, והכין תכניות בהינתן החלטה על פינוי. התכניות האופרטיביות מתעדכנות אחת לכמה חודשים בהתאם לשינויים הדמוגרפיים בכל ישוב, בפיקוח של ועדת היגוי בין משרדית.
"במקביל, עשו משרדי הממשלה בסיוע רח"ל קפיצת מדרגה משמעותית ביכולתן לממש את תכנית 'מלון אורחים' לפינוי נרחב של אוכלוסייה במקרה של מלחמה ו/או אסון המוני. בניגוד לנטען בביקורת, תכניות הפינוי השונות משלימות זו את זו ואף תורגלו כמה פעמים בשנתיים האחרונות: בתרגיל 'נקודת מפנה 15', בשבוע החירום הלאומי שעסק כולו בסוגיית הפינוי, בתרגיל המטכ"לי ובתרגילים צבאיים נוספים".
"באשר לסוגיית המתפנים עצמאית, התקיימו מספר דיונים בין-משרדיים, הוכנו מדרגים שונים לטיפול במתפנים, בהתאם לסוג מצב החירום והיקף המתפנים. המודלים השונים הוצגו לקבינט/ לדרג המדיני. במקביל, גובשו העקרונות לתכנית כוללת, לרבות הכנת פתרונות ארוכי טווח להתמודדות עם נזקי רעידות אדמה, ומשרדי הממשלה עוסקים בימים אלה בהכנת תכניות אופרטיביות לתרחישים אלה".
