שר הביטחון, אביגדור ליברמן, פנה הבוקר (ראשון) לנשיא המדינה בהמלצה להעניק חנינה לאלאור אזריה, אך הרמטכ"ל רא"ל גדי איזנקוט נקט בגישה הפוכה והמליץ שלא להעניק חנינה לחייל המפורסם, כך פורסם הערב ב"החדשות". איזנקוט, ראש אכ"א והפרקליט הצבאי הראשי העבירו כפי שנדרש מהם חוות דעת לשר הביטחון לגבי אפשרות החנינה. כולם התנגדו למהלך, אך לבסוף בחר ליברמן שכן להמליץ לנשיא לחנון את אזריה.
ליברמן ציין במכתב שהעביר לנשיא כי "יש לשים קץ לפרשה שטלטלה את החברה הישראלית ולנהוג בעת הזו עם החייל במידת החסד והרחמים". מבית הנשיא נמסר בתגובה כי "נשיא המדינה, העושה את דרכו בשעות אלה אל ביקור ממלכתי בספרד, קיבל את חוות הדעת הרלוונטיות להמשך בחינת בקשת החנינה של החייל אלאור אזריה. הוא עתיד לבחון את חוות הדעת שהוגשו לו, לצד כל החומרים המצויים בתיק, עם שובו מחו״ל אז ידון בדברים יחד עם גורמי המקצוע כמקובל".
למסמך ששלח לנשיא צירף השר את המלצתו ביחס לבקשת החנינה שהגיש החייל היורה. "אדוני הנשיא, מעטות הן הפרשות בהן עניינו של אדם בודד הופכת להיות מראה של החברה הישראלית כולה, כמו הפרשה שלפנינו. החברה הישראלית עמדה בפרשה זו למבחן אשר המחיש, אפשר שיותר מכל אירוע בשנים האחרונות, את השסעים והמחלוקות בקרבה".
הוא הוסיף כי "הייתי מקרב הרבים שסברו כי נוכח הנסיבות אין מקום להעמיד לדין פלילי את החייל. מדובר בחייל מצטיין ובמחבל שבא להרוג. אולם משעה שעמד למשפט, ומשעה שפסק בית הדין את פסיקתו, עמדתי לצידה של מערכת המשפט הצבאית ועל אף ביקורת חריפה שהוטחה בי הצהרתי כי במדינת חוק אנו חיים ויש לכבד את פסיקות בית הדין הצבאי".
לטענתו, "אלאור ומשפחתו שילמו מחיר אישי ומשפחתי כבד בהתמודדות עם משפטו של אלאור ובחשיפה ציבורית ארוכה וחסרת תקדים, שדומה כי אף תבעה מהם מחיר בריאותי קשה. אני סבור כי יש לשקול במקרה ייחודי זה גם את האינטרס הציבורי, את הצורך באיחוי הקרעים בחברה ואת השפעת האירוע והמשפט על אזרחי המדינה ועל חיילי צה"ל נוכח פני האויב".
"אנו שולחים את בנותינו ובנינו להגן כלוחמים על ביטחון המדינה ועל שלום הציבור, מעמידים אותם בסיטואציות מורכבות שאין דומה להן בעולם כולו, ודורשים מהם - ונוסיף לדרוש - כי יפעלו באומץ, בנחישות, במקצועיות ובמוסריות", הסביר ליברמן, שטען גם כי "אני סבור כי חנינתו של אלאור אזריה לא תגרע מדרישות אלה ותאזן נכונה בין חשיבותו הרבה של שלטון החוק לבין השיקולים הציבוריים והאישיים הנוגעים לעניין".
בסיום דבריו כתב ליברמן כי "לאור כל אלה, ואף לאור היותנו חודשים ספורים לפני יום העצמאות ה-70 למדינת ישראל, אני סבור כי יש לשים קץ לפרשה זו אשר טלטלה את החברה הישראלית, לנהוג בעת הזו עם החייל ועם משפחתו במידת החסד והרחמים ולהיעתר בחיוב לבקשת החנינה של אלאור אזריה".