"ישנם כשלים מהותיים בהתנהלות המדינה ומערכת הביטחון בכל הקשור לגיוס חרדים לצה"ל", כך עולה מדו"ח מבקר המדינה, שמצא עיכובים וכשלים שונים במימוש תוכנית המדינה לעמידה במכסות הגיוס בשל סחבת ואי עמידה ביעדים ותוכניות שלא מומשו בלוחות הזמנים הנדרשים.
בדיקת המבקר מצאה כי בין השנים 2013-2016 לא עמדה מערכת הביטחון ביעדי הגיוס שקבעה הממשלה. פערי אי העמידה במכסות קפצו מ-1.4% בשנת 2013 ועד פער של 11% בשנת 2016. נוכח הפער הקימה הממשלה צוות בין משרדי לקידום העמידה ביעדים, בינואר 2016. בין השאר נקבע כי שר הביטחון יגבש הצעת החלטה לתוכנית עמידה ביעדים שנקבעו ויביא אותה לאישור הממשלה.
למרות זאת, הביא שר הביטחון את הצעת ההחלטה לאישור הממשלה רק בפברואר 2017, זאת למרות שהצוות הבין-משרדי הגיש את התוכנית לשר הביטחון כבר באפריל 2016 והוא היה אמור להביא אותה לממשלה תוך 40 יום. מדו"ח הביקורת עולה כי עד מועד סיום עריכת ביקורת המבקר, הממשלה טרם דנה בתוכנית ויש בכך כדי לפגוע בעמידה ביעדי הגיוס שהממשלה עצמה קבעה.
גם בהתנהלות צה"ל בנושא זה מצא המבקר כשלים: כבר ב-2015 התנהלה עבודת מטה באגף כוח אדם להקמת מנהלת מרכזית לגיוס תלמידי ישיבות נוכח פער, ליקויים וחוסר אחידות שהתגלו בתהליכי הגיוס, הקורס הכשרות השונות ומיונם לזרועות השונות בצה"ל. למרות החלטה להקים מנהלת בראשות סגן אלוף שלמעשה תהווה גורם מטכ"לי שירכז תחת קורת גג אחת את כלל הנושאים הקשורים לגיוס בני הישיבות לצה"ל ולמרות שראש אגף כוח אדם בצה"ל סיכם בינואר 2017 כי המנהלת תוקם על פי התוכניות, עד סיום עריכת הביקורת המנהלת טרם הוקמה.
עוד מוצא המבקר כי בינואר 2015 הוחלט להקים במשרד הביטחון מערך של פיקוח ואכיפה על תלמידי הישיבות. בדיקת המבקר קובעת כי הקמת המערך נעשה בעצלתיים ובמשך כשנתיים התנהלו ויכוחים בין האוצר ומשרד הביטחון בנושאי כוח אדם ותקציב שמנעו התקדמות בהקמת המערך. רק במאי 2017 אושרה הקמתו של גוף הפיקוח אולם הוא טרם החל לפעול בשטח.
מצב זה, כותבים במשרד המבקר, מוביל לחוסר משמעותי במנגנוני אכיפה יעילים שיכולים לאפשר מעקב אחר תלמידי ישיבות, נושאים הקשורים לדחיית השירות ואכיפה החוק בצורה יעלה כלפי אלא שאינם מתייצבים לגיוס כהוראת החוק.