לאחר החשיפה ב"מעריב" כי הוועדה במשרד הביטחון שבחנה חלופות להוצאת גלי צה"ל מהצבא או לסגירתה סיימה את עבודתה והעבירה את המלצותיה לשר הביטחון, שתומך כמו הרמטכ"ל בסגירת התחנה הצבאית - אמר גורם צבאי בכיר ל"מעריב": "מבחינת הצבא ההחלטה התקבלה מזמן. גלי צה"ל חייבת לצאת מהצבא, ואם הדרך המהירה והיעילה ביותר לעשות זאת היא בסגירת התחנה - אז שזאת תהיה הדרך". גורמים ביטחוניים אחרים מוסיפים: "אין מה להתברבר, לכולם ברור שבחירה להוציא את גלי צה"ל מהצבא ולהעביר אותה למקום אחר או להפריט אותה היא לא פעולה ישימה, ובחירה כזו היא בבחינת מריחת זמן ובריחה מקבלת החלטות".
בגלי צה"ל בחרו שלא להגיב על הפרסום ב"מעריב", אבל עובד ותיק בתחנה תוקף את משרד הביטחון על ההחלטה המסתמנת: "שלושה־ארבעה בעלי תפקידים שעובדים בגלי צה"ל בשביל פוליטיקאי אחד מטרללים מדינה שלמה. בגלל זה לא צריך לסגור, צריך לתקן".
עוד אמר: "גלי צה"ל יכולה לעשות עיתונות טובה כמו שהיא עשתה אם ינהלו אותה אנשי מקצוע. אבל השר בני גנץ ומנכ"ל משרדו אמיר אשל וצה"ל עושים לעצמם עבודה קלה. אלה קצינים בכירים ששולחים כל יום חיילים לסכנת חיים, ופתאום מהססים לפתור בעיה פוליטית שהיא לא בשמיים. האינטרס הלאומי מחייב אותם לקחת אחריות ולעשות סדר ביחידה, ולא לעלות עליה עם בולדוזר".
לעומת זאת, שר התקשורת לשעבר ח"כ יועז הנדל מסיעת תקווה חדשה תומך בעמדה של משרד הביטחון: "בשוק התקשורת הישראלי יש צורך בהגברת התחרות ברשתות הארציות. העובדה שגלי צה"ל זוכה חינם במשאב תדרים ארצי לעומת עשרות תחנות אחרות, ובמקביל במשאבים צבאיים חינם כדי לייצר אקטואליה ובידור - אינה סבירה. דחפתי בעבר להוצאת גלי צה"ל מהצבא ולהסדרת התחנה בתוך שוק התקשורת הישראלי, ואני תומך בכך גם היום".
נראה כי מבחינת מערכת הביטחון ישנה הסכמה מלאה בין צה"ל ומשרד הביטחון, והעדיפות הראשונה היא לסגור את התחנה כיחידה צבאית ולא לבחור בהצעת אופציה חלופית שצריכה לעלות לדיון בממשלה להוצאת גלי צה"ל מהצבא - הפרטה מלאה שלה או העברתה לגוף אחר. במערכת הביטחון ינסו לקדם את התהליכים מהר ככל האפשר, אך כלל לא ברור בשלב זה אם היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדבליט יאפשר את המהלכים שבמערכת הביטחון מעוניינים לבצע כבר בחודשים הקרובים.