ביקורת חריפה מצד גורמים במערכת הביטחון נשמעה על התנהלות ראש הממשלה בנימין נתניהו בסוגיית מצעד הדגלים. "השארת הנושא על סדר היום מריחה משיקולים פוליטיים ולא ענייניים וגורמת לנזק מיותר", אמרו הגורמים. לדבריהם, אין כל בעיה לקיים מצעד דגלים בירושלים כל עוד הוא מתנהל במתווה מוסכם על ידי המשטרה ולא עובר בנקודות החיכוך בעיר העתיקה.
אל מול הטענות כי ביטול המצעד הוא בבחינת מתן פרס לחמאס, שמאיים בהסלמה מול ישראל וירי רקטות, טוענים במערכת הביטחון כי רצועת עזה היא לא הסוגיה המרכזית. לדבריהם, מדובר קודם כל בעניין פנימי ובצורך ביטחוני לייצב את המצב בירושלים לאחר תקופה מתוחה, אלימה ומורכבת מאוד.
הגורמים טוענים כי מפכ"ל המשטרה רב־ניצב יעקב שבתאי הציג ביושר את תמונת המצב, ופעל אל מול המארגנים על מנת שהמצעד לא יתקיים במתכונת שעלולה להוביל שוב למתיחות והסלמה ביטחונית.
המפכ"ל, אומרים במערכת הביטחון, סיפק את ההסבר הרציונלי והוציא את הערמונים מהאש עבור ראש הממשלה. לכן המשך הדיון על הנושא הזה רק גורם נזק לישראל, שכן המתיחות גוברת ואנו מספקים לחמאס הזדמנות לרכוב על האירוע ולהתרברב שהוא מרתיע את ישראל. עוד מוסיפים הגורמים הביטחוניים כי גם ארה"ב מצפה לגילוי אחריות ולייצוב המצב הביטחוני. הנושא הזה עלה גם בפגישות של שר הביטחון בני גנץ עם בכירי מערכת הביטחון בביקורו בוושינגטון בסוף השבוע האחרון.
האמריקאים, מוסיפים הגורמים, היו פתוחים מאוד לאינטרסים ולצרכים של ישראל בכל הקשור להצטיידות ותקצוב לחימוש מדויק ומיירטים של כיפת ברזל, ולצד זאת גם ידעו בדרכם לדרוש מישראל גילוי אחריות בייצוב המצב הביטחוני סביב ירושלים. מצעד דגלים שיוצא משליטה ופרובוקציות מיותרות - בוודאי לא יסייעו גם בעניין הזה.