רק לאחרונה מחו הרמטכ"ל אביב כוכבי ובכירי צה"ל על התערבות בית המשפט בהחלטות פיקודיות בפרשת מותו של ניב לובטון ז"ל. אולם מנגד, הצבא לא פועל כדי להשוות את המצב בבתי הכלא הצבאיים לזה שבבתי הכלא האזרחיים, שבהם לאסירים יש כתובת לטיפול מיידי בפנייתם.
לחיילים, אשר ברובם מרצים עונשים על עבירות משמעת, אין למי לפנות כאשר פוגעים להם בתנאים או כשאינם זוכים לטיפול רפואי הולם. במקרים רבים הם נאלצים לפנות לבתי משפט אזרחיים.
במקרה אחד, בזכות פנייה לבית המשפט העליון התאפשר לחייל לקבל טיפול רפואי באמצעות קנאביס רפואי: א', בן למשפחה קשת יום ולהורים נכים, עוזר בפרנסת המשפחה מגיל צעיר. בגיל 16 נפצע בגבו והותאם לו על ידי המדינה טיפול בקנאביס רפואי. הוא לא הסדיר את מצבו הרפואי מול הצבא והוגדר כעריק, עד שנעצר והובא לכלא צבאי. הוא פנה לגורמי הכליאה וביקש להמשיך לקבל את הטיפול בקנאביס, בשל הכאבים העזים. להפתעתו, זכה לתשובה כי לפי ההנחיות בצבא לא ניתן לאשר לו שימוש בקנאביס, וזאת אף שבבתי הכלא האזרחיים אין איסור דומה.
היות שאין בצה"ל מנגנון של הגשת עתירות אסיר, עורכי דינו מהסנגוריה הצבאית, עו"ד מנחם שטאובר וסרן עו"ד אלמוג מגל, הגישו בשמו עתירה לבית המשפט העליון. רק לאחר העתירה ועוד בטרם הדיון, הסכים צה"ל לאפשר לו שימוש בקנאביס רפואי.
בנוסף, עקב מגיפת הקורונה התגלו בעיות רבות גם בבתי הכלא הצבאיים. בסנגוריה הצבאית מבהירים כי היות שאין מנגנון לעתירות אסירים, כאשר התגלו בעיות חמורות הם פנו לנציב קבילות החיילים בבקשה כי יתערב בהחלטות. בסנגוריה הצבאית יודעים לספר על מקרים שבהם ביקשו לנציב להתערב בהחלטות לא מוצדקות של גורמי הכלא הצבאי לשים בבידוד אסירים – חיילים בריאים, יחד עם חיילים החשודים כחולי קורונה. באחד המקרים, כאשר חייל אסיר בריא סירב לבצע בדיקת קורונה, הוא הושם בבידוד יחד עם חיילים שהיו להם תסמינים. למרות העתירה שלו בעניין, היא לא טופלה - ותוך זמן קצר הוא עצמו נדבק בנגיף.
בסנגוריה הצבאית מדגישים כי בשנים האחרונות הצביעו מספר פעמים על הפגיעה בזכויות הכלואים וביקשו למסד מנגנון בתוך הצבא שיטפל בעתירות של אסירים - מנגנון דומה לזה הקיים באזרחות, שבו ניתן בהליך משפטי מול שופט לברר טענות של האסירים. מדובר בהליך משפטי מהיר מול שופט לבירור טענות של כלואים בנושאים שונים. לדוגמה כאשר כלוא לא מקבל מענה מתאים מגורמי הכלא, מקבל יחס לקוי לא הולם, אי מתן טיפול רפואי, טענות כנגד החלטות מפקד הכלא ועוד. כאמור לאסירים צבאיים אין אפשרות לפנות, וכל טענה בעניין נדרש להגיש עתירה לבגץ, שעילות ההתערבות שלו והיכולת שלו לתת מענה היא מצומצמת.
הסנגורית הצבאית, אלוף משנה אופירה אלקבץ רוטשטיין, מתכוונת לנהל מאבק בנושא לצורך הגדרת מוסד פנים־צבאי, אשר יהווה כתובת לעתירות האסירים. במקביל, החודש מספר חברי כנסת הגישו הצעת חוק שעניינה הסדרה חוקית של האפשרות להגיש עתירות אסיר בצה"ל.
משיחה עם הסנגורית הצבאית הראשית אל״ם אופירה אלקבץ-רוטשטיין, עלה כי בניגוד לעמדת הפרקליטות הצבאית נקח"ל אינו הגוף המתאים לטיפול בכל נושאע עתירות אסירים צבאיים ולכן בכוונתה להגביר את השימוש בעתירות לבג"ץ, בלית ברירה, בכל עניין שיידרש. לטעמה "ראוי שהצבא יפסיק לגרור רגליים בעניין זה וייקדם מיוזמתו תיקון חקיקה מהיר. הסנגוריה הצבאית תפעל למיצוי זכויות האסירים הצבאיים ותמשיך לדרוש את תיקון הפער ההיסטורי".