שר הבריאות יעקב ליצמן (יהדות התורה) הגיש הבוקר (ראשון) למזכירות הממשלה את התפטרותו, ובכך מימש את איומו מיום שישי האחרון. המכתב ייכנס לתוקפו בתוך 48 שעות. ראש הממשלה בנימין נתניהו אישר במהלך ישיבת הממשלה כי הוא יחזיק את תיק הבריאות אצלו. למרות ההתפטרות מהממשלה, יהדות התורה נשארת בקואליציה.
לאחר הגשת ההתפטרות אמר שר הבריאות היוצא כי הוא "לא מתכוון לחזור אל הממשלה בקרוב בטח שלא ב-48 השעות הבאות. רכבת ישראל הפכה את יום השבת ליום השיפוצים הלאומי ואני מאוכזב מכך". ליצמן לא הכחיש תרחיש של פרישה מהקואליציה אבל הדגיש כי כרגע יצביע עמה.
במכתב ההתפטרות ציין ליצמן בפני ראש הממשלה נתניהו כי הוא ניסה למנוע את חילול השבת ברכבת בכל דרך. "לא אוכל עוד לשאת באחריות מיניסטריאלית לפגיעה קשה באחד מערכי הנצח של העם היהודי, שהוא יום השבת", כתב.
יו"ר הקואליציה דוד ביטן אמר כי הוא בוחן תיקון לחוק יסוד שיאפשר לליצמן לכהן כסגן שר במעמד שר. העבודות שבגינן הגיש ליצמן את מכתב ההתפטרות הן בעיקר עבודות של תשתית וטכנולוגיה נרחבות שבוצעו אתמול באזור תחנת סבידור ונתיבי איילון, במסוף החדש סמוך לבורסת היהלומים ברמת גן, לאורך המסילה בכביש 531 ובקו המהיר בין תל אביב לירושלים.
העבודות התמקדו בחשמול המסילה ובבדיקה נרחבת של מערך האיתות של הרכבת, שלביצוען היה צורך להשבית את המערך למשך כ־20 שעות. לעבודות אלה חשיבות בטיחותית ראשונה במעלה והן תואמו מול גופים נוספים. ביטולן היה מביא לדחייתן בחודשיים נוספים, והמשמעות הייתה דחייה של כארבעה חודשים בהפעלת קו הרכבת המהיר בין תל אביב לירושלים. ברכבת הזהירו כי העברת העבודות לביצוע ביום חול הייתה גורמת להפסקת תנועת הרכבות למשך כיממה. בוצעו גם עבודות על מערכת האיתות, שכל תקלה בה עלולה לעלות באבידות כבדות.
שר העבודה והרווחה חיים כץ אומנם ביטל חלק מהעבודות, בלחץ החרדים, אבל נאלץ לתת היתר לביצוע רוב העבודות המורכבות. העבודות צפויות להימשך בסופי השבוע במהלך החודשים הקרובים, בהיקפים קטנים יותר ועם יותר עובדים שאינם יהודים, אבל עדיין יהיה צורך להעסיק גם יהודים בתפקידי בקרה וניהול. את כל זה ידע שר הבריאות המתפטר יעקב ליצמן, ולכן במצוות האדמו"ר מגור, החסידות אליה השר שייך, הוא התפטר.
התפטרות זו מכניסה למצב מביך את שר הפנים אריה דרעי, משום שהיא מציגה אותו כשר ממפלגה חרדית שנותר בתפקידו למרות חילול השבת, בעוד השר החרדי השני (ליצמן) מוותר על תפקידו למען קיום השבת. ל"מעריב־השבוע" נודע כי במהלך סוף השבוע ניסה דרעי לשכנע את ליצמן שוב ושוב שלא יתפטר, בנימוק שכבר בקרוב יאושר חוק שלפיו שר העבודה והרווחה יצטרך לקחת בחשבון את "מסורת ישראל" לפני הנפקת אישור לעבודות בשבת גם במקרים דומים לאלה של אתמול, אולם ליצמן הבהיר כי לא יוותר וכאמור מימש את איומו.