מאז כניסתה של שגית אפק, היועצת המשפטית של הכנסת, לתפקידה בדצמבר 2020 ידעה אפק להיות מגינה של הכנסת גם במחיר מחלוקת עם הייעוץ המשפטי לממשלה ומול שופטי בג"ץ. גישתה חידדה בתקופה סוערת פוליטית משפטית וציבורית זו את הפערים שפעם היו מינוריים למשמעותיים בין הייעוץ המשפטי לממשלה לזה של הכנסת.
נתניהו במסר ישיר לאופוזיציה: "אפשר להגיע להסכמות"
לא רק זלנסקי וביידן: ההפתעה שמכינים המפגינים לנתניהו בארה"ב
נראה כי בסוגיות כמו חוק הלאום, חקיקת חוק המבטל את עילת הסבירות, חוק טבריה וחוק הנבצרות, הגנו בייעוץ המשפטי של הכנסת על חקיקתם ופעלו באופן שמרני ומסויג מהתערבות, זאת לאחר שטענו בין היתר שכאשר החוק עמד על האופן הפרוצדוראלי בו הוגש אין מקום להתערבות מצד בית המשפט.
על חוק טבריה למשל אמרו בייעוץ המשפט של הכנסת: "המחוקק לא ירכין ראש בפני עבודת המטה של היועצת המשפטית לממשלה", ואכן העימותים בין בהרב-מיארה לאפק לא איחרו לבוא. גורמים בכירים בייעוץ המשפטי טענו כי על הכנסת לאמץ שיקולים רחבים יותר בהגשת העמדות כמו ניגוד לאינטרס הציבורי או חשש משיקולים זרים. מנגד, בייעוץ המשפטי אמרו בפומבי כי הם מכבדים את עבודת היועמ"שית אך הניסיון להלך אימים לא יצלח.
ניתן לראות את ההבדלים בשלל הסוגיות הנפיצות המגיעות לשולחנו של בג"ץ. "מצב שבו היועמ"שית לממשלה מבקשת מבית המשפט להכריז על בטלותו של חוק הוא מאורע נדיר ובמקרה של חוק יסוד זה מאורע שמעולם לא אירע", כתבה יועמ"שית הכנסת רק במהלך חודש אוגוסט האחרון בעתירה שעסקה בפקודת המשטרה.
בקואליציה ובממשלה מגבים את אפק ובשיחות חברי כנסת מסיעות הבית שנמצאים דווקא באופוזיציה טוענים כי ניסיונה הרב, אופייה והתנהלותה המקצועית מצוינים.
לא פעם אף ידעה אפק לשמור על מעמד חברי הכנסת מהאופוזיציה כנגד פגיעה בהם. במהלך חודש יולי, בזמן הישיבה אותה ניהל חבר הכנסת ניסים ואטורי אשר עסקה בין היתר בתגובה לנאום התפטרות של עמי אשד, עלתה לדוכן יועמ"שית הכנסת עו"ד שגית אפיק והעירה לו על העובדה שהוא מוציא רק את חברי כנסת מהאופוזיציה מהמליאה ולא את אלו מהקואליציה, כאשר הם חורגים מהתקנון המשמעתי. אך את אליעד שרגא מהתנועה לאיכות השלטון זה לא סיפק.
"יש לה עמדה, ואנחנו מסוגלים להתמודד איתה. אני חושב שהיא לא מצליחה להגן על אף אחד מהמבחנים החוקתיים. אנחנו מבינים שהיא שלוחה של יו"ר הכנסת, והיא לא מייצגת את טובת הציבור או את אינטרס הציבור, ובוודאי לא מייצגת עמדה משפטית טהורה. אבל זכותה להביע את עמדתה, זה בסדר. אני מקווה שבית המשפט יקבל את עמדת היועצת המשפטית לממשלה ולא את עמדת היועצת המשפטית לכנסת". אמר שרגא לקראת עתירת חוק הנבצרות. אך נדמה כי למרות הביקורת והמחלוקת הייעוץ המשפטי של הכנסת צולח את המשוכה.