ראש הממשלה בנימין נתניהו דחה בתוקף את ההאשמות בדבר תקיפה מכוונת של כוח יוניפי"ל בלבנון. בהצהרתו אמר: "הטענה כי ישראל תקפה במכוון אנשי יוניפי"ל היא שקרית לחלוטין. ההפך הוא הנכון - ישראל ביקשה מיוניפי"ל פעמים רבות להתרחק מאזורי הסכנה".
נתניהו הדגיש: "ישראל אינה לוחמת ביוניפי"ל או באזרחי לבנון. מאבקנו מכוון נגד שלוחתה של איראן - ארגון החיזבאללה, המנצל את שטח לבנון לתקיפות נגד ישראל". הוא ציין כי מאז אוקטובר 2023, שיגר חיזבאללה למעלה מ-10,000 טילים ורקטות לעבר ישראל, תוך שימוש במתקני יוניפי"ל כמחסה.
ראש הממשלה הוסיף: "חיזבאללה מנצל את מתקני יוניפי"ל ועמדותיו כמסתור בעת תקיפת ערי ישראל ויישוביה. התקפות אלו גבו חיי ישראלים רבים, כולל אתמול". נתניהו הביע צער על כל פגיעה באנשי יוניפי"ל, והדגיש: "צה"ל עושה כל שביכולתו למנוע מקרים כאלה, אך הדרך המיטבית להבטיח את שלום חיילי יוניפי"ל היא היענות לבקשת ישראל והתרחקות זמנית מאזורי הסכנה".
הוא הזכיר כי עם תחילת המבצע הקרקעי סמוך לגבול לבנון, ישראל פנתה במפורש ליוניפי"ל: "אנא פנו את האזור למען בטיחותכם". נתניהו הדגיש: "לישראל זכות מלאה להגן על עצמה מפני חיזבאללה - והיא תמשיך לעשות זאת".
מנגד, דובר כוח יוניפי"ל, אנדראה טנטי, האשים את צה"ל בביצוע "תקיפות מכוונות" נגד משקיפי הארגון. לטענתו, הדבר מהווה הפרה של החלטה 1701 של מועצת הביטחון והמשפט ההומניטרי הבינלאומי. טנטי ציין כי כל הצדדים מחויבים להגן על משקיפי יוניפי"ל ולהבטיח את ביטחונם, אך הדגיש כי ערוץ התקשורת בין יוניפי"ל לצה"ל נותר פתוח.
גורמים צבאיים ישראליים מסרו פרטים נוספים על הפניות ליוניפי"ל. לדבריהם, מפקדים בכירים, לרבות בדרגת תת-אלוף, פנו לכוחות יוניפי"ל בבקשה להתפנות. החל מסוף ספטמבר בוצעו פניות רבות, כולל למפקד יוניפי"ל, ונשלחו מכתבים רשמיים. כמו כן, ניתנו התראות לפני תקיפות. למרות זאת, לטענת המקורות, כוחות יוניפי"ל סירבו להתפנות.
מאז תחילת הפעולה הקרקעית ב-1 באוקטובר, ביקש צה"ל מכוח יוניפי"ל להסיג את כוחותיו חמישה קילומטרים מהקו הכחול, המכונה קו הגבול בין ישראל ללבנון, כדי למנוע פגיעה בהם. הסירוב המוחלט להתפנות הפתיע את ישראל, אשר ניסתה לשכנע את יוניפי"ל במספר ערוצים – ישירות מול המדינות המרכיבות את הכוח, דרך מטה האו"ם בניו יורק, וכן בערוצים ישירים של צה"ל מול יוניפי"ל.
יוניפי"ל מצדו האשים בסוף השבוע כי צה"ל פתח באש "במכוון" מספר פעמים לעבר עמדותיו, פגע במצלמות ובמגדל תצפית, וכי בתוך 48 שעות נפצעו חמישה מאנשיו. בנוסף, יוניפי"ל התלונן כי טנקים של צה"ל מתקרבים לעמדותיו באופן המסכן את אנשי הכוח, וכי הטנקים מושכים אש מצד חיזבאללה.
החיכוך בין צה"ל לכוח יוניפי"ל מעורר גינויים רבים בזירה הבינלאומית, פוגע במאמצים לגבש לגיטימציה בינלאומית לפעולה בדרום לבנון, וגורם לישראל נזק דיפלומטי משמעותי, במיוחד מול מדינות אירופה. איטליה, בריטניה, צרפת וגרמניה שפרסמו הצהרה משותפת הקוראת להפסקה מיידית של התקפות ישראליות על בסיסי יוניפי"ל. ראש ממשלת איטליה, ג'ורג'ה מלוני, אף שוחחה טלפונית עם ראש הממשלה בנימין נתניהו, ואמרה לו כי "המתקפות הישראליות על חיילי יוניפי"ל הן בלתי מתקבלות על הדעת".
עימות חריף התפתח גם מול אירלנד, מדינה המוכרת בעמדותיה הביקורתיות כלפי ישראל. הממשלה בדבלין פרסמה בשבוע שעבר גינוי חריף לישראל, האשימה את צה"ל ב"איום" על פקחי האו"ם, והודיעה כי תסרב לדרישה לפנות את עמדותיה. על רקע ההצהרה התקיפה מהצד האירי, המחזיק 370 חיילים ביוניפי"ל, פרסם העיתון הבריטי "אינדיפנדנט" כתבה מקיפה על פעילות הכוח האירי ביוניפי"ל. לפי הדיווח, בתקרית שעוררה גינוי מצד דבלין, 30 חיילים אירים "עמדו על שלהם" כאשר נדרשו על ידי צה"ל לפנות אחת מעמדות התצפית בגבול.
במקביל, על פי דיווח של ערוץ "אל-מיאדין" הלבנוני, ממשלת לבנון מתכוונת להגיש תלונה למועצת הביטחון של האו"ם. התלונה תתייחס לתקיפת כוחות יוניפי"ל על ידי ישראל ולדרישתה לפנות את כוחות האו"ם מדרום המדינה.
כוח יוניפי"ל הוצב בדרום לבנון בעקבות החלטה 425 של מועצת הביטחון של האו"ם, לאחר מבצע ליטני. נוכחותו הפחיתה את ההסתננויות לישראל, אך לא מנעה את ירי הרקטות על יישובי הגליל, גורם שהוביל למלחמת לבנון הראשונה. עד נסיגת צה"ל מרצועת הביטחון ב-2000, פרסו כוחות יוניפי"ל ארבעה גדודי חי"ר מהקו הכחול עד נהר הליטני. לאחר הנסיגה, הכוח צומצם לכ-2,000 חיילים, כולל יחידות חי"ר, הנדסה, תחזוקה וכוח אוויר.
עד מלחמת לבנון השנייה ב-2006, פעילות יוניפי"ל התמקדה בעיקר בניטור והתרעה, ללא יכולת אכיפה משמעותית. התעצמות חיזבאללה והתבססותו לאורך הקו הכחול התרחשה ללא הפרעה מצד כוחות האו"ם. החלטה 1701 של מועצת הביטחון, שהתקבלה בעקבות מלחמת לבנון השנייה, הרחיבה את סמכויות יוניפי"ל. הכוח הוסמך לעצור פעילי חיזבאללה חמושים המאיימים על אנשיו או מבצעים פעילות טרור דרומית לליטני, וכן לפעול מול צה"ל במקרה של הפרעה למשימתו.
נכון לינואר 2008, מנה הכוח 13,365 חיילים, כולל 11 גדודי חי"ר ממדינות שונות, וכוחות ימיים ואוויריים איטלקיים. למרות הרחבת סמכויותיו, יוניפי"ל עדיין מתקשה להתמודד באופן מלא עם פעילות חזבאללה. עם זאת, נוכחותו המוגברת, בשיתוף עם צבא לבנון, הביאה לכך שמוצבים רבים דרומית לליטני מאוישים כיום על ידי חיילים לבנוניים ולא אנשי חזבאללה.