ההחלטה של שופטי בג"ץ להשאיר את מינויו של עו"ד רואי כחלון כמ"מ נציב שירות המדינה, עומדת פעם נוספת בסתירה לעמדת היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב מיארה. היועמ"שית התנגדה למינויו של כחלון ועמדה על רגליה האחוריות גם נגד מינויו כממלא מקום הנציב לתקופה קצובה, אך השופטים החליטו לאפשר לכחלון לכהן בתפקיד במשך שלושה חודשים.
על פי הצעת הפשרה של השופטים, כחלון יכהן בתפקיד במשך שלושה חודשים, לאחריהם כהונתו לא תוארך ותקופת הכהונה לא תילקח בחשבון לצורך בחינת מינויים עתידיים. ראש הממשלה בנימין נתניהו קיבל את הצעת הפשרה, והשופטים נתנו להצעתם תוקף של פסק דין.
השופט נעם סולברג כתב: "ניכר כי עו"ד כחלון הוא משרת ציבור משכמו ומעלה. באמתחתו אותות הצטיינות רבים; גם ניסיון ניהולי, ולוּ מסוים – יש בנמצא", אך הוסיף כי "ניסיונו הניהולי של עו"ד כחלון – בדגש על ניהול בדרג בכיר – כמו גם מידת בקיאותו והיכרותו עם תחומי הפעילות המגוונים של הנציבות – לכל הפחות, מעוררים שאלות".
עם זאת, סולברג כתב כי יש שיקולים שיש בהם להפחית מן הקושי, כגון גידור תקופת כהונתו של כחלון לשלושה חודשים.
היועמ"שית התנגדה למינויו של כחלון מהרגע הראשון. כעת, שופטי בג"ץ קבעו כי כחלון יכהן בתפקיד כממלא מקום לשלושה חודשים – בניגוד לעמדת היועמ"שית. זהו סבב נוסף מול הממשלה שהיועמ"שית נוקטת בעמדה קיצונית נגד הממשלה, ושופטי בג"ץ מעמידים אותה במקום. כך, למשל, היה גם בסוגיית מינויה של ד"ר אודליה מינס לתפקיד מ"מ יו"ר הרשות השנייה.
אלא שהיועמ"שית לא יודעת להפסיד בכבוד. הייעוץ המשפטי פועל בכל הכוח בכדי להגביל את היכולת של רואי כחלון לכהן כראוי בתפקידו כמ"מ נציב שירות המדינה.
הייעוץ המשפטי של הנציבות הורה שלא לאפשר שינויים בהחלטות שהתקבלו לפני כניסת כחלון לתפקיד, או קבלת החלטות "החורגות המשגרה או שיש בהן כדי ליצור שינויים ארוכי טווח, רחבי השפעה והשלכות נוספות".
לאחר מכתב של היועצת המשפטית של משרד ראש הממשלה המטיל מגבלות עליו בתפקידו כנציב שירות המדינה, כחלון השיב בחריפות כי ללא הנחייה של בית המשפט העליון, "אין לייעוץ המשפטי סמכות להנחות או להגביל את סמכויותיו של אף מנהל בשירות המדינה (גם אם הוא במילוי מקום) – ובפרט ללא את סמכויותיו של נציב שירות המדינה".
היועמ"שית הגיבה לכחלון, וכתבה לו כי "כל עוד לא השגת בפני היועצת המשפטית לממשלה על ההנחיות המשפטיות שקיבלת הנך נדרש לפעול בהתאם להן. כאמור לעיל, הדבר נכון הן ביחס להנחיות משפטיות שניתנות על-ידי היועצת המשפטית למשרד ראש הממשלה והן ביחס להנחיות משפטיות שניתנות על-ידי היועצת המשפטית לנציבות, לפי העניין".
כך, היועמ"שית דואגת לסנדל את כהונתו של כחלון ואת יכולתו לכהן כמ"מ נציב שירות המדינה. כעת השאלה היא האם כחלון יציית ליועמ"שית ויסכים לכהן כבובה בתפקיד.
