מינוי ראש השב"כ נתקל במכשול לא צפוי, לאחר שהחברה בוועדה המייעצת למינוי בכירים פרופ' טליה איינהורן, אמו של ישראל איינהורן החשוד ונאשם בפלילים, הסכימה שלא להיות שותפה לדיונים למינוי ראש שב"כ הבא. בכך בעצם יורד מספר חברי הוועדה מארבעה, לשלושה.
הוועדה המייעצת למינוי בכירים הוקמה בשלהי שנות התשעים בעקבות פרשת בוארון חברון. תפקידה של הוועדה הינו "להבטיח את טוהר המידות, ובין השאר, כי לא ייעשו מינויים לא ראויים מסיבות כגון זיקה אישית, זיקה עסקית או זיקה פוליטית לגורמים בממשלה". התפקידים שהוועדה מהווה מחסום עבורם הם הרמטכ"ל, המפכ"ל, ראש השב"כ, ראש המוסד, נציב בתי הסוהר, נגיד בנק ישראל והמשנה לנגיד בנק ישראל.
החלטת הממשלה שהקימה את הוועדה קובעת כך: "יושב ראש הוועדה יהיה שופט בדימוס של בית המשפט העליון, וחבריה הנוספים יהיו: נציב שירות המדינה ושני אנשי ציבור". לגבי הקוורום, מספר מינימלי של חברים שאיתם יכולים לנהל ישיבה, נקבע כי "ישיבות הוועדה יכול שיתקיימו גם בנוכחות שלושה חברים ובהם יושב ראש הוועדה".
איינהורן נמצאת בחוץ, מה שמוריד את מספר החברים בוועדה לשלושה - המספר המינימלי המותר. אבל כאן אנחנו נכנסים לסוגיית חברותו של נציב שירות המדינה. לתפקיד מונה רואי כחלון, ומאותו היום היועמ"שית מנהלת נגדו מלחמת חרמה. בין היתר, היועמ"שית שללה ממנו סמכויות כמו לשבת בוועדה למינוי בכירים לצורך בחירת הרמטכ"ל - שלילת סמכות לה הסכים יו"ר הוועדה השופט אשר גרוניס.
במידה וכחלון לא יכול להשתתף בישיבות הוועדה, הרי שאין קוורום כיוון שמספר חברי הוועדה עומד על שניים בלבד. אלא שהשאלה והפלפול לגבי כשירותו של כחלון לשבת בוועדה למינוי בכירים אינה רלוונטית. כחלון מונה לתפקידו כממלא מקום ביום 5.1. בג"ץ פסק, לאחר שנתניהו קיבל את הצעת הפשרה של השופטים, כי תקופת כהונתו של כחלון תעמוד על שלושה חודשים והיא לא תוארך.
המשמעות היא שכחלון מסיים את תפקידו כנציב שירות המדינה ביום 5.4, שלושה ימים לפני הדיון בעתירות נגד פיטורי ראש השב"כ. עד לקיום הדיון בוודאות ראש השב"כ לא יפוטר, כיוון שיש צו ארעי המונע זאת. המשמעות היא כי עד שלא ימונה נציב שירות מדינה חדש, כלל לא יהיה ניתן לקיים דיונים בוועדה המייעצת למינוי בכירים.
לממשלה יש שתי אופציות בלבד בכדי לעקוף את הצורך במינוי נציב שירות מדינה בכדי למנות ראש שב"כ חדש. הראשונה היא ללחוץ על פרופ' איינהורן לחזור בה מהסכמתה שלא לדון במינוי ראש השב"כ למרות הסטטוס בו נמצא בנה, מה שככל הנראה יגרור עתירות לבג"ץ. האופציה הנוספת היא לבטל את החלטת הממשלה שמקימה את הוועדה למינוי בכירים, דבר שנמצא בסמכות הממשלה - אך יגרור גם הוא עתירות לבג"ץ.