בחודשים פברואר-יולי 2014 בדק משרד מבקר המדינה היבטים בתכנון העבודה של משרד רה"מ ושל יחידותיו האמורות: שלושת אגפי המטה הכלכלי-חברתי, הרשות לפיתוח כלכלי והמועצה הלאומית לכלכלה.
נמצא שמשרד רה"מ הכין תכניות עבודה משרדיות לשנים 2012 ו-2014, אך לא לשנת 2013 שבמהלכה נערכו הבחירות לכנסת ה-19.
נמצא כי משרד רה"ם לא גיבש תכניות עבודה משרדיות מפורטות לשנים 2012 ו-2014 בהתאם למתווה המפורט במדריך התכנון הממשלתי: התכניות שגובשו ונכללו בספר תכניות העבודה הממשלתי לא פירטו את שלבי ההתארגנות לביצוע המשימות ולעתים לא פירטו את הגורמים השותפים לביצוען.
למשל, בתכנית העבודה המשרדית לשנת 2014 נכללו 72 משימות; לגבי 66 (92%) מהן לא צוין בתכנית מי מיחידות המשרד אחראית לביצוען. כמו כן נמצא כי בתכנית לשנת 2014 לא פורטו חלק מהמשימות השוטפות. לדוגמה, בתכנית צוינה רק משימה אחת של אגף כלכלה ותשתיות במטה הכלכלי-חברתי, אולם לא צוינו משימות אחרות - בין משימות שוטפות, כגון טיפול במחלוקות בין משרדי ממשלה בנושאים כלכליים, ובין משימות מיוחדות, כגון בחינת חלופות תשתיתיות ליצוא גז טבעי.
ממצאיו של דוח זה מלמדים שאגפי המטה הכלכלי-חברתי, וכן המועצה הלאומית לכלכלה, לא הקפידו על יישום המתווה המפורט במדריך התכנון הממשלתי, גם לאחר שהממשלה החליטה כי על כל יחידותיה לתכנן את פעולותיהן על פי מדריך זה. עקב כך, בשנים שבהן גיבש משרד רה"מ תכניות עבודה משרדיות, לא נכללו בהן משימות מרכזיות וחשובות של המטה הכלכלי- חברתי והמועצה.
ממשרד ראש הממשלה נמסר בתגובה: "משרד ראש הממשלה פועל על פי תכניות עבודה סדורות המפורסמות לציבור ככל המשרדים האחרים. מדובר בתהליך חדש, חשוב ומקיף של תכנון ממשלתי אותו יזם משרד ראש הממשלה עצמו עבור כל משרדי הממשלה וחובת התכנון החלה ב-2012. המשרד בנה את יכולות התכנון הממשלתיות תוך הצבת סמנכ"לי תכנון בכלל משרדי הביצוע. בשנה השנייה לתהליך, שנת 2013, הוכרזו בחירות ועל מנת שלא להכתיב לשרים חדשים מדיניות ולאפשר להם להורות על סדרי עדיפויות עם כניסתם לתפקיד, מבלי להציבם בפני עובדה מוגמרת, הוחלט שלא יוגשו התוכניות. בשנת 2014 המהלך נמשך במלוא הקיטור".
עוד הוסיפו ממשרד ראש הממשלה: "ראוי לציין כי משרד ראש הממשלה הינו משרד מטה ויש להביא בחשבון את מאפייניו הייחודים: בנוסף למשימות המתוכננות המוטלות עליו לאורך השנה, מוטלות עליו משימות שוטפות בהיקף חריג שאין דומה לו במשרדי ממשלה אחרים, דוגמת הכרעה במחלוקות, הסרת חסמים, הנחיות רה"מ, החלטות ממשלה וסיוע למשרדים השונים בקידום החלטות ממשלה. הכל כפועל יוצא של סוגיות שמתעוררות במהלך השנה. המשרד עמד בהנחיות החלטת הממשלה בנוגע לתוכניות העבודה ויחד עם זאת הערתו של המבקר בדבר מידת הפירוט הנוספת של התוכניות התקבלה ויושמה במלואה עוד בשלב מסירת טיוטת הדוח" .