ב-30 בחודש יוני, מתיו מילר, דובר מחלקת המדינה האמריקאית, הודיע כי רוברט מאלי, הנציג המיוחד של ארצות הברית לנושא איראן, לקח "חופשה" וכי תפקידו יילקח באופן זמני על ידי סגנו, אברהם פק. לפי גורמים אמריקאים, מחלקת הביטחון הדיפלומטית השעתה את הסיווג הביטחוני של מאלי, וזו הסיבה שיצא ל"חופשה".
מה שנחשף בפומבי עד כה בתקשורת לגבי תפקידו היה מעורפל ולא ברור. מקורות אמריקאים אומרים כי הדיפלומט בן ה-60 לא ציית לחוק בהגנה על מידע. עם זאת, לפי המידע שפורסם, עדיין לא ברור אם מדובר ברשלנות מכוונת או לא מכוונת.
ב-16 במאי, וונדי שרמן, סגנית שר החוץ של ארה"ב, השתתפה בפגישה סודית עם סנאטורים על משא ומתן עם איראן. קולין קאהל, עוזר שר ההגנה האמריקאי למדיניות; מורגן מיור, סגן מנהל סוכנות הביון הלאומית; בריאן נלסון, סגן עוזר שר האוצר לטרור ומודיעין פיננסי; וסטיבן קוהלר, מנהל העניינים האסטרטגיים והפוליטיים של הרמטכ"לים המשולבים, ליווה את שרמן בפגישה החסויה. מה שהיה ראוי לציון היה היעדרו של רוברט מאלי, שהיה האחראי הראשי על תיק איראן בממשל ביידן.
חלק מכלי התקשורת דיווחו, כאמור, כי הוא יצא לחופשה של יומיים, בעוד אחרים אמרו כי יצא לחופשה ארוכה. ממשלת ארה"ב התעקשה לשמור את הסיבה האמיתית להיעדרותו בסודיות, עד כדי כך שאפילו לסנאטורים לא הודיעו על הסיבה האמיתית.
ל-"Tehran Times" נודע באמצעות מקור חסוי כי התאריך המדויק של השעייתו של מאלי היה ה-21 באפריל. בתאריך זה, נמסר למאלי על ידי המחלקה לביטחון דיפלומטי כי הוא מתקשה לשמור ולתחזק מסמכים מסווגים, ואישורו הושעה. עם זאת, כדי למנוע מהעניין להתפרסם, נשמרו כמה מהגישה המוגבלת והלא קריטית שלו, כמו התקשורת שלו עם משפחות האסירים האמריקאים באיראן.
לאחר מספר שבועות, מאלי נשלח לחופשה כפויה ללא תשלום. בתקופה זו איראן וארה"ב קיימו משא ומתן חסוי בעומאן, וארה"ב שלחה לעומאן את ברט מקגורק, חבר במועצה לביטחון לאומי המקורב לג'ייק סאליבן. נציין כי האמריקאים ניסו להציג את החלפתו של מקגורק כשינוי חיובי ומאמץ לקדם את המשא ומתן עם איראן, תוך הסתרת פרשת מאלי.
גורם המעור בפרטים הוסיף כי לאחר חופשתו הכפויה ופיטוריו, קיים מאלי פגישות עם גורמי ביטחון בכירים כמו ראש ה-CIA והיועץ לביטחון לאומי, והם הבטיחו לפתור הבעיה שלו. אך לא רק שר החוץ בלינקן לא פגש אותו עד היום, גם סגנו לא הגיב בחיוב לבקשתו של מאלי לפגישה.