היחסים בין אזרבייג׳ן לאיראן בהדרדרות בשנים האחרונות. בינואר 2023 הותקפה שגרירות אזרבייג'ן בטהרן; שומר נהרג ושניים נפצעו כשחמוש פרץ למתחם ופתח באש. באקו האשימה את שירותי הביון האיראניים בארגון "מעשה הטרור". בפברואר לאחר מכן דיווחו הרשויות האזריות על מעצר 40 חשודים בריגול לטובת איראן. במרץ נעשה ניסיון התנקשות בחבר הפרלמנט פאזיל מוסטפה, שהיה ידוע בביקורתו על איראן. באפריל נעצרו 20 אנשים נוספים בחשד לקשרים עם המודיעין האיראני ול"הפצת תעמולה של הרפובליקה האיסלאמית". במאי נעצרו שבעה חשודים נוספים בתכנון התנקשויות בדמויות ציבוריות אזריות.
באמצע אוגוסט האחרון, ערוץ הטלוויזיה הממלכתי כאן 11 דיווח כי המנהיגות הצבאית הישראלית הורתה לאנשיה לעזוב את גיאורגיה ואזרבייג'ן. ההוראה ניתנה על רקע דיווחים בעיתון הבריטי "הטלגרף" לפיהם נשיא איראן מסעוד פזשקיאן הציע לתקוף בסיסים ישראליים סודיים במדינות שכנות. עם זאת, פרשנים פוליטיים אזרים סבורים כי אין כוחות צבאיים ישראליים באזרבייג'ן וכי הצהרות אלו הן פרובוקציות שמטרתן לגרור את מדינות הקווקז הדרומי לתוך הסכסוך במזרח התיכון.
על פי הדיווח מ-12 באוגוסט, ישראלים המשרתים מכל סיבה שהיא בשתי הרפובליקות של הקווקז הדרומי נדרשו לחזור למדינתם באופן מיידי. דובר צה"ל נמנע מלאשר או להכחיש את המידע, ומסר לאתר הישראלי וסטי תגובה לקונית: "צה"ל מעריך באופן מתמיד את המצב ומעדכן את המידע לגבי המדינות אליהן מותרת כניסת חיילים".
שגרירות ישראל באזרבייג'ן נמנעה מתגובה לפניית סוכנות החדשות האזרית טוראן. גם הרשויות הרשמיות בבאקו שמרו על שתיקה. במקביל, סוכנות פיתוח המדיה של אזרבייג'ן פרסמה הצהרה חריפה המכחישה את הדיווחים: "אנו מצהירים כי אין כוחות צבאיים זרים באזרבייג'ן ומגנים בתוקף את המניפולציה במידע המבוסס על נתונים כוזבים", תוך התייחסות מפורשת לדיווחים בערוצים איראן אינטרנשיונל, הטלגרף וכאן 11.
אלהן שהינוגלו, ראש מרכז המחקר אטלס, הביע חשש מהאיומים האיראניים: "אם נשיא איראן הציע לתקוף עמדות ישראליות במדינות שכנות, הוא התכוון לאזרבייג'ן, רומז על תקיפה מתוכננת של השגרירות הישראלית במדינתנו. אם טהרן מבקשת ליישם תכנית כזו, הדבר יגרום אוטומטית להסלמה ביחסי אזרבייג'ן-איראן". שהינוגלו הוסיף כי הדיווח הישראלי משחק לידי חוגים שמרניים עוינים באיראן וכי זוהי פרובוקציה שמטרתה לגרור את אזרבייג'ן לתוך הסכסוך במזרח התיכון.
הפרשן הפוליטי חאלדין איברהימלי מוסיף זווית מעניינת לניתוח המצב, ומתייחס למינויו של פזשקיאן, נשיא איראן: "העובדה שההאשמה הועלתה על ידי הנשיא הנבחר מסעוד פזשקיאן, שהוא ממוצא טורקי, מרמזת על כך שמשטר המולות הביא אותו לשלטון כדי לאחד את העם הטורקי סביב הממשלה. נראה שלא היה די בטורקי אחד (עלי חמינאי); הם נזקקו לטורקי נוסף כנשיא".
איברהימלי מעריך כי "בחירת נשיא ממוצא טורקי באיראן היא חלק מפרויקט בעל מטרות ארוכות טווח, ועמדתה של איראן כלפי אזרבייג'ן עשויה להפוך קיצונית אף יותר. טהרן כנראה מניחה שבחירת פזשקיאן לנשיא לא תעורר תגובה שלילית לא מצד העם הטורקי ולא מצד הכוחות המזוינים האיראניים." עם זאת, הוא מטיל ספק בקיומם של בסיסים צבאיים ישראליים באזרבייג'ן, וטוען כי "לישראל אין צורך להחזיק בסיסים צבאיים באזרבייג'ן".
המאבק בין המדינות חורג מיחסים דו-צדדיים ומשקף תחרות גיאופוליטית רחבה יותר. איראן מתנגדת בחריפות לתוכנית "מסדרון זנגזור" - נתיב תחבורה שאזרבייג'ן מתכננת לבנות בין שטחה הראשי למובלעת נחצ'יבן. התוכנית קיבלה חיזוק מהסכם הפסקת האש שסיים את מלחמת נגורנו-קרבאך, ובסוף מאי הכריז סגן ראש הממשלה הרוסי, אלכסיי אוברצ'וק, כי הצדדים קרובים להסכם שיאפשר את פתיחת הנתיב "לרוסיה, למדינות האיחוד האירופי ולאיראן". בתגובה, ערכה איראן תרגילים צבאיים גדולים בשם "איראן האדירה" ליד הגבול עם נחצ'יבן, להדגשת התנגדותה ל"חסימת" קשריה עם ארמניה.
המתיחות הגיעה לשיא בנובמבר 2022, כשאזרבייג'ן ערכה תרגילים צבאיים משלה לאורך הגבול האיראני. "אנחנו לא מפחדים מהם", הצהיר אלייב, והוסיף הצהרה משמעותית: "אנחנו נעשה כמיטב יכולתנו להגן על אורח החיים החילוני של אזרבייג'ן והאזרים בכל העולם, כולל באיראן. הם חלק מעמנו". הצהרה זו נגעה בעצב רגיש במיוחד בטהרן - האוכלוסייה האזרית הגדולה בצפון איראן. במהלך מלחמת 2020 בנגורנו-קרבאך, תועדו אזרים-איראנים מנופפים בדגלי אזרבייג'ן לאורך נהר הארס, מחזה שעורר דאגה עמוקה במשטר האיראני.
ההסלמה הדיפלומטית נמשכת: שתי המדינות גירשו הדדית ארבעה דיפלומטים, ואזרבייג'ן סגרה את משרד הנספח התרבותי האיראני בבאקו. לאחרונה נחשפו קבוצת האקרים איראנית אופוזיציונית מסמכים סודיים, המתעדים דיונים פנימיים על התקפת השגרירות והצורך בהערכה מחדש של היחסים הדיפלומטיים. למרות שאיראן מצהירה על נכונותה לשיפור היחסים, מומחים מעריכים כי ללא שינוי מהותי בגישתה כלפי הקשרים המתהדקים בין באקו לירושלים, המתיחות צפויה רק להחריף.