בפברואר 2016 הכריז ארגון הבריאות העולמי לראשונה על התפשטות נגיף הזיקה - נגיף המועבר בעקיצת יתוש והפך למגפה. הנגיף זוהה כגורם לעיוותים ובעיות נוירולוגיות קשות בתינוקות, ובהם ראש מוקטן – הידרוצפלוס. בהמלצה לנשים שפורסמה במדינות נגועות בנגיף הומלץ לדחות את הכניסה להריון. במשך השנה התגלה שהנגיף עובר גם ביחסי מין, והוראות חדשות פורסמו מטעם הארגון: השוהים באזורים נגועים או אלה שביקרו בהם מתבקשים לקיים יחסי מין עם קונדום ואנשים שחלו בנגיף התבקשו להימנע מקיום יחסי מין למשך זמן מוגדר.
במאי פרסם ארגון הבריאות העולמי אזהרות לאתלטים מבקרים במשחקים האולימפיים בריו זה ז'ניירו, ברזיל, אחת המדינות הנגועות בנגיף. בנובמבר הודיע הארגון שמגפת הזיקה כבר אינה מוכרזת מצב חירום עולמי. בישראל אותרו כעשרים נשאי זיקה - כולם הביאו את הנגיף מחו"ל - אך לא נרשמה הדבקה מקומית בנגיף.
ב־2016 חזה העולם גם בהתפרצות הגדולה ביותר של וירוס האבולה, שגבתה 11,210 חיי אדם בשלוש מדינות אפריקאיות: ליבריה, גינאה וסיירה ליאון. ביוני 2016 הודיע ארגון הבריאות העולמי כי הגורמים שנאבקו במגפה הצליחו להתגבר על התפרצותה באזורים אלו.
מגפה נוספת שעליה הכריז ארגון הבריאות העולמי השנה הייתה התפרצות הקדחת הצהובה באנגולה, לראשונה זה 30 שנה. הארגון פתח במבצע לחיסון של 6.7 מיליון אנשים באנגולה ובקונגו במשך הקיץ. בנובמבר הכריז הארגון על התפרצות של מגפת כולרה בתימן, ונרשמו 7,000 מקרי כולירה ו־72 מקרי מוות. הארגון ושותפיו פועלים להפסקת ההתפרצות.
מחלה קשה נוספת שעליה התריע הארגון השנה היא צהבת זיהומית. ביולי פרסם הארגון שבעולם יש כיום 400 מיליון נשאי צהבת B ו־C, וכ־1.5 מיליון אנשים מתו מהמחלה ב־2013. הארגון קורא למדינות העולם לפעול לצמצום ההדבקה בצהבת ולהנגיש את התרופות למחלה עבור החולים בה.
עלייה תלולה במקרי הסרטן בעולם
ב־7 בפברואר, יום הסרטן העולמי, הודיע ארגון הבריאות העולמי על עלייה תלולה במקרי הסרטן בעולם. הארגון פנה לממשלות בעולם, תחת הססמה We Can. I Can, לשפר את הנגישות ואת האיכות של טיפולים נגד מחלת הסרטן, שגובה מיליוני חיים בשנה, ולקרוא לאזרחים להפסיק לעשן, להקפיד על תזונה בריאה ולעסוק בפעילות גופנית. הארגון קורא עוד לפרסום קמפיינים נגד עישון.
עוד ציין השנה ארגון הבריאות הבינלאומי כי יותר ממאה סוגי מחלות ופגיעות מיוחסים לזיהום האוויר, וכ־12.6 מיליון איש מתים בשנה בשל סביבה לא בריאה. בספטמבר פרסם הארגון כי 92% מאזרחי העולם גרים באזורים שבהם זיהום האוויר חורג מן התקן, ומיליוני בני אדם מתים בכל שנה מזיהום אוויר.
גם הדיכאון מסומן כמחלה עולמית קשה ומסוכנת. על פי מחקר פורץ דרך שפרסם הארגון באפריל השנה, כל דולר שמושקע בשדרוג הטיפול בדיכאון מחזיר ארבעה דולרים בבריאות טובה יותר וביכולת השתכרות גבוהה יותר.
באפריל הקדיש הארגון את יום הבריאות העולמי למחלת הסוכרת, וקרא לנקיטת פעולה עולמית כדי להתמודד עם המחלה, להילחם בהשמנה בעולם וליזום מיסוי של מזון עתיר סוכר. הארגון מסר שמאז 1980 עלה מספר החולים בסוכרת בעולם פי ארבעה, וכיום סובלים ממנה 422 מיליון מבוגרים, רובם במדינות מתפתחות.
נתון מעודד נוסף שמפרסם ארגון הבריאות העולמי הוא שחלה עלייה דרמטית של חמש שנים בתוחלת החיים הגלובלית בין השנים 2000־2015 – העלייה הגבוהה ביותר בתוחלת החיים העולמית מאז 1960. עם זאת, עדיין קיימים פערים גדולים בין מדינות שונות.