השמועות על מעורבות רוסית, ועל קשרים בין רוסיה למטה הקמפיין של מי שנבחר לנשיאות ארצות הברית, דונלד טראמפ, החלו עוד לפני שהאחרון נכנס לבית הלבן, אך הלילה (שבת), חושף הניו יורק טיימס כי החשדות כלפי טראמפ עמוקים הרבה יותר. על פי הדיווח, לאחר שהנשיא פיטר את ראש ה-FBI הקודם, ג'יימס קומי, פתחה הסוכנות בחקירה האם טראמפ הוא למעשה "מועמד מנצ'ורי" - סוכן רוסי.
הדיווח, שהסתמך על עדויותיהם של סוכנים לשעבר במערכת החוק האמריקאית, ואנשים נוספים המעורים בנושא, מספר על חקירה נפיצה, אותה הסוכנות כחקירת סיכול ריגול ובדקה למעשה האם פעולותיו של הנשיא מהוות סכנה לביטחון הלאומי של ארצות הברית. החקירה נועדה גם לקבוע האם טראמפ פעל למען האינטרסים הרוסיים באופן מודע או שהוא נשבה בהשפעתה ללא כוונה. בנוסף לכך, לחקירה היה ממד פלילי, מכיוון שפיטורי קומי היו גם, לכאורה, שיבוש הליכי משפט.
למרות שהחקירה נפתחה רק ב-2017, החשדות בסוכנות הביון החלו עוד במהלך משא הבחירות, לאחר שטראמפ קרא לרוסיה לפרוץ לשרתי האינטרנט של יריבתו במירוץ, הילרי קלינטון, ולפרסם את התכתבויות הדואר האלקטרוני שלה, אך רק לאחר פיטורי קומי הוחלט באופן רשמי לפתוח בחקירה. עם זאת, זמן קצר לאחר שהיא נפתחה הועברה הסמכות לחקירת הקשרים לידי החוקר המיוחד רוברט מולר, גם הוא ראש ה-FBI בעברו ובשלב זה לא ברור האם היא עדיין מתקדמת.
"פיטורי קומי לא היו רק שיבוש הליכי משפט", העיד סוכן ה-FBI לשעבר ג'יימס בייקר, בדיון בקונגרס, "המהלך גם הפריע לנו להבין את מהלכיה של רוסיה, דבר שמהווה סכנה לביטחון הלאומי". עם זאת, לא כולם בסוכנות הביון היו מרוצים מהחקירה, כאשר בכירים לשעבר בארגון תהו האם הסוכנות לא חרגה מסמכותה בניהול חקירה כזו, אך אחרים ציינו כי המבקרים לא הכירו מהכרח את מלוא התמונה, וכי התעלמות מהסכנה הייתה מסוכנת לביטחון ארצות הברית.