מלשכת ראש הממשלה הגיבו לפנייתו של איזנקוט, וזה מצדו הגיב חזרה. במהלך חילופי הדברים פנה איזנקוט ליועמ"שית בבקשה להורות לנתניהו להעביר לו עדכונים בטחוניים.
בפנייתו כתב איזנקוט: "אני פונה אליך כמי שעודנו אוחז בהגה השלטון וכמי שעודנו ממונה בשעה זו על ביטחון מדינת ישראל, צה"ל וכוחות הביטחון".
בהמשך הדגיש את מעמדו הפוליטי של נתניהו: "בשעה זו, כידוע היטב, אתה מכהן כראש ממשלת מעבר שלא זוכה עוד באמון הכנסת – 46 חברי כנסת בלבד עודם תומכים בהמשך כהונתך כראש ממשלה".
איזנקוט התייחס גם לדיווחים שפורסמו בשבועות האחרונים בנוגע לשיקולים העומדים מאחורי החלטות ביטחוניות. "בשבועות האחרונים פורסמו ידיעות מדאיגות מאוד בנוגע להחדרת שיקולים זרים לקודש הקודשים: ביטחון ישראל", כתב.
לדבריו, "במצב פוליטי מורכב ורגיש זה, אולי הרגיש ביותר שהמדינה שלנו ידעה, מוטלת עליך החובה לגלות עודף זהירות ואחריות באשר לקבלת החלטות ביטחוניות ולאומיות, כמו גם להנחות את ראשי הארגונים בדבר החלטות המחייבות את הסכמתו של ראש הממשלה".
"אל תחלל את אמון העם במוסדות השלטון"
בהמשך הפנייה הזהיר איזנקוט מפני השלכות אפשריות של שימוש בכוחות הביטחון בנסיבות שאינן מחייבות פעולה דחופה. "הפעלה של כוחות הביטחון ללא איום ישיר ומידי שאינו סובל דיחוי, עלולה להוביל להשלכות הרסניות על הדמוקרטיה הישראלית ועל אמון האזרחים במוסדות השלטון", טען.
איזנקוט הפנה לנתניהו דרישה מפורשת: "על כן, אני דורש ממך: בתקופה רגישה זו אתה נדרש לאחריות לאומית, גלה איפוק וזהירות מפני מהלכים מסוכנים שיכולים לחכות להשבעת ממשלה חדשה הזוכה לאמון הכנסת. אל תחלל את אמון העם במוסדות השלטון ובהליך קבלת ההחלטות".
בסיום מכתבו התייחס איזנקוט גם להשלכות האפשריות על ראשי מערכת הביטחון, והזהיר מפני מצב שבו יידרשו להתמודד עם שאלות חוקתיות הנוגעות להחלטות הדרג המדיני.
"אל לך להציב את ראשי מערכות הביטחון בקונפליקט חוקתי קשה וספקות באשר לנדרש מהם ולדבר הנכון לעשותו. אפשר להם לשמור ללא ספקות על הציווי הקדוש המוטל עליהם", כתב. את פנייתו חתם בציטוט: "תדע כל אם עברייה כי הפקידה גורל בניה בידי מפקדים הראויים לכך".
לשכת ראש הממשלה השיבה למכתבו של איזנקוט: "ניסיון שקוף להכניס פוליטיזציה לסוגיות הביטחון"
בעקבות פנייתו של ח"כ גדי איזנקוט לראש הממשלה בנימין נתניהו, שבה הזהיר מפני קבלת החלטות ביטחוניות רגישות בתקופת ממשלת המעבר, נמסר מלשכת ראש הממשלה: "כל ההחלטות שהתקבלו על ידי הממשלה בהובלת ראש הממשלה נתניהו התקבלו משיקולים ביטחוניים בלבד ובתיאום מלא עם מערכת הביטחון. הן הביאו להישגים חסרי תקדים למדינת ישראל, וכך יהיה גם בעתיד".
עוד נמסר כי "במקום לזרוע פחד ופירוד, יש לנהוג באחריות. המכתב של איזנקוט הוא מהלך חסר אחריות לדון בפומבי בנושאי ביטחון רגישים. זהו ניסיון שקוף להכניס פוליטיזציה לסוגיות הביטחון הלאומי של ישראל".
בסיום התגובה תקפה לשכת ראש הממשלה את המגעים להקמת הממשלה הבאה: "במקום לנסות להקים ממשלה עם תומכי טרור, ראש הממשלה נתניהו קורא פעם נוספת לגדי איזנקוט להצטרף לממשלה שנלחמת בטרור".
איזנקוט, מצדו, השיב להודעת לשכתו של נתניהו ותקף את התנהלותו בסוגיות הביטחוניות. "אם כך, מדוע סירבת לפנייתי לקבל עדכון מבצעי בצירים רשמיים כנהוג? מדוע אתה מנסה לעכב את התכנסות ועדת חוץ וביטחון של הכנסת עד לשבוע הבא?", שאל איזנקוט. עוד הצהיר: "לא אאפשר ואקום בפיקוח על ממשלה שאיבדה את אמון הכנסת. לא אאפשר סטייה של מילימטר משיקולי הביטחון. אני מתחייב".
במהלך חילופי הדברים, שיגר איזנקוט פניה ליועמ"שית בבקשה לתת הוראה לרה"מ להעביר לו עדכונים ביטחוניים. טרם התקבלה תשובה.