בשנים 2021-2019 פתחה רשות המיסים בכ-1,500 חקירות, אך רק בכ-16% מהן הסתיים הטיפול - כך מתריע מבקר המדינה מתניהו אנגלמן בדו"ח הביקורת על ניהול מערך החקירות ברשות המיסים. מבקר המדינה טוען, כי רשות המיסים לא קבעה את תקן כוח האדם הדרוש ליחידות החקירות בהתאם להיקף משימותיהן ולאיכותן.
בביקורת עלה כי 936 ו-567 חקירות של תיקים נעשו על ידי מס הכנסה ועל ידי אגף המכס והמע"ם (בהתאמה)בשנים 2019 עד 2021. רק ב-166 (17.7%) וב-68 (12%) מתיקים אלה הטיפול הסתיים, והיתר נמצאים בחקירה או בהכנה להגשת כתב אישום. 453 תיקי חקירות נפתחו נגד חשודים בשנים 2012 - 2021, וטרם הוגש בהם כתב אישום.
בביקורת עלה כי רק 12% מתיקי החקירה (14 מ-112 תיקי חקירה) שפתחו משרדי השומה לחקירות בשנים 2019 עד 2021 נפתחו עקב מידע שהגיע מיחידות המודיעין שלהם.