מפגש מיני אקראי בין צעירה יהודייה בת ניו יורק לבין גבר בלתי מזוהה, שנערך בסתיו 1960, הניב תשעה חודשים מאוחר יותר את אדי, בובי ודיוויד - שלישייה זהה של בנים, שנמסרו לאימוץ לשלוש משפחות יהודיות, על פי חלוקה מעמדית ברורה. אחד הוענק לבני המעמד העליון, שני ניתן למשפחה מהמעמד הבינוני, והאחרון נשלח לאימוץ אצל אנשים ממעמד הצווארון כחול.
19 שנים מאוחר יותר, ביום פתיחתה של עונת הלימודים 1980, התחולל זיהוי ראשון בין שניים מבין השלושה שהופרדו בלידתם, ובעקבות פרסום עיתונאי נלהב צץ והתחבר אליהם גם האח השלישי. השלושה הפכו חיש מהר לסנסציה של תוכניות אירוח טלוויזיוניות, ועם הזמן אף מינפו את הפרסום המפתיע שבו זכו ליתרונות שיווקיים כמו פתיחת מסעדה בסוהו האופנתי, ואפילו הופעת אורח בסרט מוקדם בכיכובה של מדונה. עד כאן הכל דבש, וסרט התעודה "שלושה זרים זהים" מדגיש זאת עוד יותר, כשבחלקו הפותח משולבים לצד ראיונות עם גיבורי הסיפור גם קטעים (המבוימים בגסות מרתיעה) שמשחזרים את פגישותיהם הנרגשות של האחים עם המשפחות המאמצות השונות.
יום אחד, לאחר ששלושת האחים כבר הסתדרו בחיים, מצאו בנות זוג תואמות והקימו לעצמם משפחות משלהם, החלו החריקות בסיפור הסינדרלות הזה. השותפות במסעדה נבקעה, אחד האחים התרחק מהביחד הציבורי של הטריו, ואילו אח אחר טרף חייו במו ידיו. מה קרה ולמה? בזה עוסק חלקו השני, והמעניין הרבה יותר, של "שלושה זרים זהים".
כמו בסיפור קונספירציה אפלה, כך עולים מהחקירות שניהל בנדון במאי הסרט טים ורדל ממצאים מדאיגים המזכירים אתיקה של ממשלים רודניים מהסוג המתואר ברומן "1984". מסתבר שמרגע לידתם אדי, בובי ודיוויד נפלו קורבן למחקר בתורת הנפש, שנוהל תחת פיקוחו הסמכותני של פטר נאובאור, פסיכיאטר יהודי שנמלט מאוסטריה לאמריקה מאימת הנאצים. הפסיכיאטר הזה, קולגה צמוד של אנה פרויד, בתו של, התעניין לדעת אם האישיות האנושית היא פרי קללת הדנ"א או שמא היא מתפתחת על פי תנאי גידול סביבתיים. עכברי המעבדה שלו היו תאומים או שלישיות שלא גודלו זה לצד זה, אלא נמסרו למשפחות מאמצות.
והנה כי כן, למרות השם הנורא שיצא למחקרים של דוקטור מנגלה מאושוויץ בנושא התאומים, נמצא מדען יהודי, ונמצא גם ארגון יהודי שעסק באימוץ ילדים, כדי להמשיך בחקירות הכמו–נאציות, שהסרט מבליט את הזדון המחושב שהוטמע בהן. מובן ששלושת הבנים, נושא סרט זה, לא היו התאומים היחידים ששימשו כאביזרי מחקר עבור הצוות הרפואי היהודי, ועל כך נעשו לפני שנה ושנתיים עוד שני סרטי תעודה, שגם בהם שובץ סיפורם מעורר החלחלה של אדי, בובי ודיוויד. אגב, התוצאות של מחקרי דוקטור נאובאור אסורים לפרסום עד שנת 2066. אז, מן הסתם, יופק חלק משלים ל"שלושה זרים זהים".
כללית ניתן להעיד על סרט התעודה של ורדל, במאי בריטי שהכין בעבר מספר סרטים לבי־בי־סי, שחוץ מקטעי השחזור המעצבנים והחובבניים בתחילת הסרט, חלקיו האחרים מעניינים ביותר. בשילוב של ראיונות ישירים, קליפים טלוויזיוניים ומסמכים מפתיעים, נחשפת דינמיקה של פעילות רודנית של פסיכיאטרים שהפקיעו ממטופליהם את זכויות האדם. וגם זה סוג של אזעקת צבע אדום, שראוי להתייחס אליה בספר החוקים.