לפני שראש הממשלה בנימין נתניהו ויו"ר "כחול לבן" בני גנץ הפכו ליריבים בבחירות, השניים שיתפו פעולה כראש ממשלה ורמטכ"ל. למרות המחמאות שהעריף ראש הממשלה בנימין נתניהו על גנץ בתקופתו כרמטכ"ל, וכיום משמשות בקמפיין "כחול לבן", "החדשות" חשפו הערב (חמישי) עימות בין השניים בתקופת רמטכ"לותו של גנץ, בנוגע למבצע אסטרטגי וסודי, שישראל לא לקחה עליו אחריות.
על פי הפרסום, בשיחה שקיים גנץ עם מזכירו הצבאי דאז של ראש הממשלה, יוחנן לוקר, סירב גנץ לתת הוראה לפתוח במבצע ללא דיון בקבינט. לעומת זאת, לוקר הבהיר כי ראש הממשלה, יחד עם שר הביטחון דאז ושר החוץ דאז, אהוד ברק ואביגדור ליברמן אישרו את ביצוע המבצע, ובשל דחיפותו של המבצע, אין צורך בדיון קבינט. בשלב זה הודיע גנץ על כוונתו לפנות ליועמ"ש, אך על פי הדיווח, המבצע בוצע על פי לוח הזמנים שעליו הורה ראש הממשלה. כמו כן, למרות חילופי הדעות האריך נתניהו את כהונתו של גנץ בשנה נוספת לאחר המקרה.
