כידוע מצוות פרה אדומה נמנית על ה"חוקים" שבתורה והיא למעלה מבינתנו ועיקר חוסר הבנתינו  נובעת מהסתירה הפנימית הקיימת בתוכה.  מחד, אדם מישראל שנטמא בטומאת מת אסור לו לעלות להר הבית עד שהכהן יזה עליו מאפר פרה אדומה ואז נטהר. ומאידך, הכהן המזה עצמו-נטמא, האם יש בכח בן אנוש ליישב סתירה זו?  (בזמנינו כולנו בחזקת טמאי מתים ואפר הפרה אדומה נגנז ולפיכך קיים איסור חמור לעלות להר הבית) אבל  ככל המצוות גם אלו שטעמיהן מובנות לנו יש בהן לקח לדורות ועל כן נשאל הבעל שם טוב מהו הלקח של פרשת פרה אדומה? האם יש איזו הדרכה לחיי היומיום של היהודי?

השיב הבעל שם טוב: בכל קיום המצוות אין הבדל בין יהודי למשנהו. תפילין למשל שקדושתן גדולה יותר מקדושת ציץ הזהב שבמצחו של הכהן הגדול, ובכל זאת גם יהודי פשוט חייב להניח  תפילין בדיוק כמו שהאר"י הקדוש או התנא האלוקי רבי שמעון בר יוחאי או משה רבנו  חייבים להניח .אבל מעבר לתרי"ג המצוות ומעליהן מצוייה הטהרה הזוך והקדושה. ובמדרגות הטהרה אכן כל יהודי שונה מחברו בהתאם למדרגתו הרוחנית.  למשל בלימוד התורה "לשמה" שזו הדרגה הנעלית של לימוד תורה ללא כל רווח צדדי או נגיעה אישית אלא פשוט ללמוד תורה ולהגות בה, באלו חייב כל יהודי בהתאם לדרגתו, השגתו ויכולתו ולכך מרמזת הטהרה באפר הפרה.

וזהו ההסבר. הפרה אדומה צבעה עז ובולט ולא עלה עליה עול . מסמלת היא את הגאווה וההתייהרות. הגדרת הקרן מיוחדת לקרניה מסמלת אף היא גאווה. ככתוב: "אל תרימו למרום קרנכם"  (תהילים עה), ו"קרני רשעים אגדע" (תהילים יא), ומידת הגאווה מאוסה היא בעיני הקב"ה עד שאומר על בעל הגאווה "אין אני והוא יכולים לדור בכפיפה אחת" (מס' סוטה ה) ו"אין דברי תורה מתקיימים אלא במי שדעתו שפלה" ועוד כהנה מאמרים הפזורים בש"ס.

את התורה יש ללמוד לשמה, לשם שמים בלבד ולא להשתמש בתורה על מנת להגדיל את שמו שהכל יקראו לו  חכם ולמדן.

 ובכל זאת קבעו חז"ל ש"לעולם ילמד אדם שלא לשמה. שמתוך שלא לשמה בא לשמה" והרמב"ם בהקדמתו לפירוש המשניות מסביר שזו הדרך, לתת לילד סוכריות כדי שילמד ולאחר מכן תמריצי כבוד ומעמד עד שהוא מבין לבד את ערכה של תורה ומתיקותה ומגיע ללימוד לשמה.

וזהו, אומר הבעל שם טוב זצ"ל, הלקח של פרשת הטהרה של הפרה אדומה הרומזת על לימוד תורה "שלא לשמה" אפילו לשם רכישת מעמד והכרה והיא "מטהרת טמאים" ומהווה תמריץ הכרחי עד שהאדם מגיע בעצמו להכרת ערך הלימוד, ואז אכן חייב ללמוד לשמה כי אחרת היא "תטמא טהורים" ותטיל דופי בלימודו.

 אכן, בתורה ובמצוות –חייבים כולנו באופן שווה אבל בדרגת ה"לשמה" כל אחד יתקדם בהתאם לדרגתו.

 זהו אחד הלקחים שניתן להפיק מפרשה זו למרות שבינת אנוש אינה מסוגלת להעמיק עד לשורשי הסוד האלוקי של טעמה הפנימי של פרה אדומה. (עד שאפילו שלמה המלך, החכם באדם, אמר על פרשיה זו: "...אמרתי אחכמה והיא רחוקה ממני ...") (קהלת ז' כ"ג)