הפעולה בג'נין נמשכת במישור המודיעיני, שבאחריות השב"כ, גם אחרי יציאת כוחות צה"ל, השב"כ והימ"מ, שפעלו הלילה (חמישי) בג'נין. על פי ההערכות, החוליה שאחראית לרצח הרב רזיאל שבח, לפני כעשרה ימים, משתייכת לארגון החמאס, אבל עדיין לא ברור מאין הגיעה ההכוונה שלה. זו יכולה הייתה להיות התארגנות מקומית של אנשי חמאס בגדה, או שהמבצע תוכנן והוכוון על ידי קבוצה של הארגון היושבת בעזה ומנסה לתכנן ולהוציא פיגועים בגדה. ייתכן כי ההכוונה הגיעה אפילו ממפקדת החמאס בלבנון, שגם היא עוסקת בתכנון פיגועי טרור בשטחי הרשות הפלסטינית.
המפקד הבכיר של החמאס שאחראי על גזרת הגדה הוא עדיין סלאח ערורי, שיושב בלבנון, אבל נע גם על הציר לטורקיה. ערורי ממשיך להיות אחראי על הנושא, למרות שלאחרונה הוא קודם במדרג של החמאס, וכיום הוא נחשב למספר שתיים לאחר איסמעיל הנייה, יו"ר הלשכה המדינית.
מחבל אחד נהרג במהלך האירוע שאירע הלילה. ככל הנראה, הוא היה הסייען של החוליה, לאחר שפתח מאש באמצעות אקדח, על הכוח שכיתר את מתחם הבתים בג'נין שבו הסתתרו. בישראל ממתינים עתה לפינוי ההריסות, שייעשו בידי גורמים מקומיים בעיר יחד עם הרשות, כדי לדעת האם בין ההריסות נמצאת גופה נוספת של אחד המעורבים ברצח הרב שבח.
המרדף אחרי החוליה התחיל ברמה המודיעינית של השב"כ מיד לאחר הרצח ואט אט הצטברו פיסות מידע שהובילו למסקנה שמדובר בהתארגנות שמקורה בג'נין. לפני הפעולה, שב"כ הצליחו להבין ולזהות, על סמך המידע, את המעורבים, ואז בשיתוף עם צה"ל ויחידת הימ"מ של המשטרה הוחלט בתכנון הפעולה ללכידתם של הרוצחים והסייענים שלהם. בלי ספק, מדובר בחשיפה מהירה יחסית, המעידה על הכיסוי המודיעיני הטוב שיש לישראל על הגדה. יחד עם זאת, ברור כי פעולות טרור מסוג זה יימשכו על אף הקשיים להתארגן ולהוציא אותם מן הכוח אל הפועל משום שזו מדיניותו של החמאס.
הארגון מבקש לשמור על השקט והיציבות היחסית ברצועת עזה בה הוא שולט, כדי להימנע מתגובה ישראלית חריפה שעלולה להוביל למלחמה שבה הוא אינה מעוניין. עם זאת, מצד שני, חמאס מעוניין להמשיך לנסות להצית, ללבות ולארגן את כוחותיו בגדה, כדי להוציא שם פיגועים שמטרתם היא להביך את הרשות הפלסטינית, לכרסם בסמכותה וגם להדגיש כי ההתנגדות שלו לכיבוש הישראלי נמשכת.