פרופ’ יהודה באואר, חתן פרס ישראל ובכיר חוקרי השואה בעולם, מתייחס להצהרה המשותפת לישראל ולפולין כאל כזו הגובלת בבגידה. לדבריו, “ישראל קיבלה את הנרטיב הפולני והעניקה לו גושפנקה, אף כי הוא סיפור שקרי לגמרי”. בעקבות דבריו של באואר והסערה שהחלה לאחר פרסום ההצהרה המשותפת, פרסמה יד ושם תגובה מפורטת בעניין זה. על פי התגובה של יד ושם, שעליה חתומים בכירי חוקריה - פרופ’ דן מכמן, פרופ’ חוי דרייפוס וד”ר דוד זילברקלנג – מההצהרה עולים ליקויים רבים.
ראשית, גם לאחר שהוסרה האחריות הפלילית מהחוק, תתאפשר פגיעה ממשית במחקר ובזיכרון ההיסטורי של השואה במישור האזרחי. כלומר, החוק הפולני קובע, לאחר התיקון, כי כל אדם, ובכלל זה חוקרים, יהיה חשוף לתביעות אזרחיות, דבר הסותר את ההצהרה המשותפת של ראשי הממשלות הקובעת כי מובטח חופש ביטוי בתחום חקר השואה על כל היבטיה ללא נקיטת אמצעים משפטיים.
שנית, העיוותים ההיסטוריים העולים מההצהרה מקוממים. הניסיון להמעיט בחלקם של הפולנים בפשעים בתקופת השואה הוא נלוז, בעיקר לנוכח התעלמות מוחלטת ממחקרים חדשים בעניין זה, דוגמת מחקרו של פרופ’ יאן גרבובסקי, הקובע כי יותר מ־200 אלף יהודים נרצחו בידי פולנים במהלך השואה, אם באופן ישיר ואם באופן עקיף על ידי הלשנה והסגרה, ודוגמת מחקרו של פרופ’ יאן טומאש־גרוס בדבר הטבח שבוצע על ידי פולנים בעיירה ידוובנה.
יתרה מזאת, ההצהרה מאדירה את חלקם של הפולנים בהצלת יהודים. על פי נתוני יד ושם, 6,863 פולנים מוכרים כחסידי אומות עולם. מספר זה רחוק מלענות על ההגדרה של “רבים שסיכנו את חייהם להצלת יהודים”, בעיקר לנוכח העובדה שאוכלוסיית פולין מנתה אז כ־21 מיליון תושבים.
ולדקה מיד (פייגל פלטל), מבריחה וקשרית במרד גטו ורשה, מחברת הספר “משני צדי החומה”, התייחסה בראיון ל”וושינגטון פוסט” ב־1973 ליחסם של הפולנים ליהודים בתקופת השואה. “חייתי בקרבם זמן מה בתור פולנייה, רובם היו אדישים. רבים היו אנטישמים בגלוי, ובאופן מסוים אפילו הביעו סיפוק מהשמדת הגטו”.
הכותב הוא חוקר שואה ומרצה במכללת לווינסקי ובמכון האקדמי חולון