התפטרותו של אסף צלאל מתפקיד מנכ"ל משרד החינוך בסוף חודש יולי, חודש לפני תחילת שנת הלימודים עוררה סערה וביקורת רבה על המועד הרגיש. עם זאת, בכירים במשרד החינוך טענו בשיחה עם "מעריב" כי בהודעת ההתפטרות, צלאל הביע נכונות להישאר בתפקידו עד אחרי החגים, אך השר יואב קיש סירב ואמר כי הממשלה לא תאפשר זאת, משום שהדבר לא ייראה טוב.
מנכ"ל משרד החינוך התפטר: "הקרע אליו הגענו לא מאפשר לי להמשיך"
"על כתפינו האחריות": לאחר הטלטלה במשרדו - השר קיש בהתייחסות ראשונה
הם אף הוסיפו כי בשל כך - צלאל נתבקש לארוז את חפציו ולעזוב באופן מיידי, זאת בשל הרגישות הפוליטית לאור התפטרותו מהתפקיד. עם זאת מטעם השר קיש נמסר כי הטענות אינן נכונות, וכי השר אישר את בקשתו של צלאל, לאחר שזה ביקש להתפטר באופן מיידי.
כזכור, צלאל הודיע על התפטרותו בסוף החודש שעבר. במכתב שפרסם כתב צלאל: "מעולם לא השתייכתי לצד זה או אחר ואיני בוחר צד גם היום. מערכת החינוך היא ממלכתית ויש לשמור עליה כזו. יש לקחת אותה כעת, לחשב מסלול מחדש וגם באמצעותה לפעול לאיחוי הקרעים. אני פונה לכל אנשי החינוך היקרים - אני גאה בכם ומעריץ את עשייתכם".
"המשיכו בתפקידכם המקצועי וממשו את אחריותכם הגדולה. כנציג ציבור אני מבקש לקחת אחריות ולסיים את תפקידי. הקרע אליו הגענו אינו מאפשר לי להמשיך ולממש את אחריותי כהלכה, וכפועל יוצא הודעתי הבוקר, י' באב תשפ"ג, לשר החינוך על החלטתי לסיים את תפקידי במשרד", הוסיף.
עוד כתב: "אני מודה לשר יואב קיש על ההזדמנות, החברות והשותפות האמיתית והכנה, אני מאמין מאוד בתוכנית העבודה אותה ישמנו יחד לשנים הקרובות ומשוכנע שהשר ידע להוביל את המערכת החיונית, אותה הוא כל כך אוהב ופועל למענה, למקומות טובים עוד יותר במעלה הדרך. כטייס אמשיך לטוס ולשרת בצה"ל בראש מורם, כי זו משמעות המשפט -'אין לי ארץ אחרת גם אם אדמתי בוערת'".