הרכבת תפעיל החל מ-17 בספטמבר קו רכבות לילי בין התחנות תל אביב סבידור מרכז לירושלים יצחק נבון בין מוצאי שבת עד יום רביעי, כך הודיע הערב (ראשון) משרד התחבורה. הרכבות יפעלו אחת לשעה לכל כיוון, ויעברו גם דרך תחנת נתב"ג. בימי חמישי תופעלנה רכבות הלילה בין תחנות ת"א סבידור מרכז ונתב"ג בלבד, זאת בשל הצורך בביצוע עבודות תחזוקה במנהרות הקו לירושלים, אותן לא ניתן לבצע בזמן תנועת רכבות.
בנוסף, תדירות הרכבות בקו מודיעין מרכז-ירושלים יצחק נבון תעלה לשתי רכבות מידי שעה, בשעות השיא, במקום רכבת אחת מידי שעה. כמו כן, שעות הפעילות תוארכנה בתחנות רמלה, מזכרת בתיה, קריית מלאכי יואב, קריית גת, להבים רהט, בימי השבוע עד השעה חצות (בקירוב), וכן תופעלנה רכבות בימי שישי עד השעה 14:00 (בקירוב) וכן במוצ"ש.
אולם, תחנות באר שבע תיסגרנה לשירות מידי מוצ"ש בשל עבודות החשמול המתחילות באיזור באר שבע. יופעלו היסעים בין תחנת להבים רהט לתחנות באר שבע. עם זאת, תוארכנה שעות הפעילות בתחנת בית שמש עד חצות (בקירוב) וכן תופעלנה רכבות בימי שישי ומוצ"ש, והחל מיום שלישי (27.9) ישוב לפעילות קו ראשל"צ הראשונים-לוד בכל ימי השבוע ושעות הפעילות.
עוד נמסר כי בשל עבודות החשמול, תופחת תדירות הרכבות בקו מאשקלון דרך תחנות שדרות, נתיבות ואופקים לרכבת אחת מדי שעה, בכל השעות וימי הפעילות. בנוסף, התחנות ייסגרו בסביבות השעה 21:30, ולא יפעלו כלל בסופי השבוע עד לסיום העבודות. עם זאת, בתחנות אלו יופעל מערך הסעות חלופי, וכן תעובה התחבורה הציבורית. בתחנת דימונה תופעלנה בימי שישי שש רכבות במקום ארבע הפועלות כיום, ומידי מוצ"ש תיסגר תחנה זו לשירות בשל עבודות החשמול המבוצעות באיזור תחנת באר שבע צפון - האוניברסיטה.
בתוך כך, רכבת ישראל הודיעו כי כמחצית מפרויקט החשמול הושלם, לאחר ש-500 קילומטרים של מסילות הוסבו לחשמול, מתוך 1,000 המתוכננים לעבור חשמול במסגרת הפרויקט כולו. בהתאם לכך, במוצאי שבת (17.9) ייכנס לתוקפו לוח זמנים חדש במסגרתו יופעל קו חשמלי נוסף, הקו הפרברי הנוסע בין תחנות נתניה, בית יהושע, הרצליה, ת"א, כפר חב"ד, לוד ורחובות. עם סיום החישמול בתחנות אלה, ישוב השירות בהן בשעות הערב והלילה (עד חצות), וכן בימי שישי ומוצאי שבת.
עוד נמסר מרכבת ישראל כי יחולו שינויים מסוימים בזמני יציאת הרכבות מתחנות רבות, ולנוסעים מומלץ להתעדכן בלוח הזמנים המלא והמעודכן באתר, היישומון או במוקד השירות הטלפוני.
שרת התחבורה, מרב מיכאלי, מסרה: "הרכבות חוזרות – ובגדול, כמו שהבטחתי, הצלחנו להקדים את סיום חלק מעבודות החשמול מספר חודשים לפני המתוכנן. בעבודה מאומצת של רכבת ישראל ומשרד התחבורה, שירות הרכבות יחזור בחלק מהקווים שעברו הליך מעבר מדיזל לחשמל כבר בשבועות הקרובים".
"משרד התחבורה ואני נמשיך להרחיב את שעות הפעילות בכל מקום שנוכל, כדי לאפשר חופש תנועה לכל אחת ואחד ויותר חלופות לרכב הפרטי, ובמקומות בהם יתקיימו העבודות יסופקו היסעים חינמיים ותחבורה ציבורית חלופית. עוד בשורה חשובה- רכבות הלילה מנתב"ג לירושלים יוצאות לדרך ויהפכו את ההגעה והחזרה לארץ להרבה יותר נוחה ופשוטה. נמשיך לחזק ולהרחיב את שירות הרכבת בשבילכן ובשבילכם", הוסיפה.