הרבנות הראשית החלה בהליך שלילת תואר הרב של הרב מוטי אלון, כך דווח הערב (ראשון) ב"חדשות הערב" בכאן 11. היועץ המשפטי לרבנות הראשית, עו"ד הראל גולדברג, פנה לאלון במכתב, בו הוא מודיע לו כי הרבנות שוקלת לשלו ממנו את התואר רב. "הרשעתך בעבר בשתי עבירות של מעשה מגונה תוך שימוש בכוח, מהווה עילה, לכאורה, לשלילתן של תעודות הכשירות לרב עיר ולרב שכונה שניתנו לך בעבר", כתב גולדברג. על פי הדיווח, הוא הודיע לאלון כי יש לו שלושה שבועות להשיב לטענות לפני פתיחת הדיון בעניינו.
כזכור, בחודש שעבר חשפה מערכת "עובדה" חודש לפני כן פנה אדם לפורום "תקנה" - הגוף הדתי העוסק בתלונות על עבירות מין, שהפנה אותו לרבנים חיים דרוקמן ושמואל אליהו. האיש התלונן על פגיעה מינית שחווה מצד הרב אלון, וגורם הבקי בפרשה טוען כי מדובר באירוע שהתרחש בתקופה האחרונה וחזר על עצמו מספר פעמים.
שני הרבנים, יחד עם הרב יעקב אריאל, הציעו בתחילה למתלונן לפנות למשטרה, אך הוא ביקש שלא לעשות כן והעדיף כי הטיפול ייעשה באמצעות הרבנים. הרב אלון התייצב בפני שלושת הרבנים והודה בנכונות התלונה, ואף התנצל בצורה כללית "בפני כל מי שנפגע". לדברי גורם הבקי בפרשה, אלון קיבל על עצמו את דרישות הרבנים להפסיק לתת ייעוץ ושיעורים ברבים, כמו גם קשר אישי עם תלמידים ואף יסגור את בית המדרש שלו. נוסף על כך הסכים אלון ללכת לטיפול פסיכולוגי על מנת למנוע פגיעות נוספות מצידו.
בעקבות התערבות הרבנים, הסכים אלון להפסיק להעביר שיעורים. לפני כשבוע היה אמור להעביר שיעורים בפני קהל רחב, אולם הודיע כי הוא נאלץ לבטל עקב טיסה לחו"ל שאכן התבצעה, אולם הסיפור מאחורי הקלעים היה התלונה הנזכרת והתערבות הרבנים.
בכאן 11 דווח בחודש שעבר, כי אלון ביקש מהרבנים לעזוב לאוקראינה ולסיים את הפרשה אך אלו סירבו מחשש שיקים קהילה חדשה ולא יטופל. הרבנים יובל שרלו ואיתן אייזמן מפורום תקנה המליצו לתלמיד של אלון כי עדיף "להתרחק מהשיעורים שלו". הרב אליקים לבנון אמר כי "כל מה שפורסם נכון. אם השיעורים מחזקים אפשר להקשיב, אך לא ליצור קשר עם אלון".