במשרד המשפטים לא נשארו אדישים לביקורת שמתח הערב (חמישי) ראש הממשלה בנימין נתניהו על בכירי הפרקליטות, בעקבות ההודעה על כתבי אישום נגדו בכפוף לשימוע. "לפי התקשורת, אני ניזון מהדלפות, שני הפרקליטים שדחפו הם שי ניצן וליאת בן ארי", אמר נתניהו בהצהרה לאחר פרסום ההחלטה של היועמ"ש. אבל איך אפשר, תסבירו לי, איך אפשר להחליט שליאת בן ארי, שדחפה לפרסם את החלטת היועץ, עצרה ב-2013 את החקירות נגד ציפי לבני בטענה שזאת התערבות בבחירות". גם פרקליט המדינה שי ניצן לא נחסכה ביקורתו של ראש הממשלה: "האם זה רק מקרה שפרקליט המדינה שי ניצן הפלה לרעה אנשי ימין באופן שערורייתי? "אני מקווה שזה רק מקרה".
כאמור, במשרד המשפטים לא נשארו חייבים, ומסרו כי "הדברים של נתניהו נגד פרקליטת המחוז ליאת בן ארי ונגד פרקליט המדינה שי ניצן מופרכים ומוטעים. הוא העלה טענות שאין להן יסוד בעובדות. מצער שראש הממשלה בחר פעם נוספת להשתלח בראשי מערכת אכיפת החוק תוך הטעיית הציבור".
לגבי דבריו של ראש הממשלה לפיהם עו"ד בן ארי החליטה כביכול בשנת 2012 להקפיא חקירה נגד חה"כ ציפי לבני בגלל הקדמת הבחירות, אמרו במשרד המשפטים כי חה"כ ציפי לבני כלל לא הייתה חשודה בתיק בו נחקרו החשדות בעניין מפלגת קדימה. החקירה בתיק זה הייתה בנוגע לגזבר המפלגה, רואה החשבון יצחק חדד, בכל הקשור לניהול ענייניה הכספיים של הסיעה. בהמשך אף הוגש נגדו כתב אישום והתיק מתנהל בביהמ"ש המחוזי בת"א בימים אלו.
"במהלך שנת 2011 החלה חקירה סמויה בתיק זה. במהלך חודש אוקטובר 2012, וכאשר החקירה עדיין היתה סמויה, הוחלט על הקדמת הבחירות לכנסת. בסמוך למועד זה, ראש אגף חקירות ומודיעין במשטרת ישראל דאז, קיבל החלטה לא לבצע פעולות חקירה בתיק עד לסיום הבחירות הכלליות לכנסת. עוה"ד בן ארי כלל לא הייתה מעורבת בקבלת החלטה זו". עוד נמסר כי "אין שום דמיון בין תיק זה לתיקים בעניינו של ראש הממשלה שבהם כל החקירות הסתיימו לפני ההחלטה על הקדמת הבחירות".
עוד קודם לכן מתחו ביקורת במשרד על כך שנתניהו ציטט פסק דין שקבע שפרקליט המדינה נהג באכיפה בררנית: "בעקבות הדברים שציטט ראש הממשלה הערב מפסק דין שקבע כי פרקליט המדינה נהג באכיפה בררנית נבקש להבהיר כי הוא ציטט מפסק דין שנתנה השופטת נאוה בכור מבית משפט השלום בכפר סבא בשנת 2015. בתיק זה הועמד אדם לדין בגין איום ברצח על פרקליט המדינה. הנאשם הורשע ודינו נגזר".
עוד נאמר בתגובתם כי "בפסק הדין נכללה אכן קביעה כאמור. אלא שהמדינה הגישה ערעור על קביעה זו ובית המשפט המחוזי מרכז קיבל את הערעור בענין זה וביטל את הקביעה הזו. ראש הממשלה ציטט אפוא קביעה מפסק דין שגוי של בית משפט שלום שבוטלה במחוזי".