פרשת הצוללות ממשיכה להעלות שאלות לגבי קבלת ההחלטות בנושאים הביטחוניים של ראש הממשלה, בנימין נתניהו. לאחר סיכום ההחלטה של היועץ המשפטי לממשלה כי אין עניין להאשים את נתניהו בפלילים בתיק הזה, יש אנשים המשמיעים קולות אחרים, ביניהם ראש הממשלה לשעבר, שהורשע בעבירות הקשורות לטוהר המידות, אהוד אולמרט שאמר הערב (חמישי) בתוכניתו של אודי סגל בחדשות 13: "בתהליך קניית הצוללת השישית היה מכתב שהיו חתומים עליו בין היתר אלוף דוד בן בשט שהיה מפקד חיל הים, סגן הרמטכ"ל בני גנץ, הרמטכ"ל גבי אשכנזי שהתנגדו באופן נחרץ לקניית הצוללת השישית".
אולמרט הבהיר תחילה: "אני לא מדבר מטעם או בעד, לא מתייחס לבעיה הזו בהקשר של כחול לבן", והוסיף: "אני כראש ממשלה, קיבלתי החלטה לרכוש שתי צוללות, קיבל את אותה החלטה לפני ראש הממשלה אריאל שרון, ואחרי שהחלפתי אותו בתפקיד, התקיים דיון פתוח בהשתתפות כל הקהילה הצבאית והביטחונית והחלטתי לקנות את הצוללות - את צוללות ארבע וחמש".
"הצבא לא רצה את צוללת מספר שש, שהוחלט לקנות אותה למרות הכל. הם התנגדו גם לקניית הצוללת החמישית. זו פרוגרטיבה של ראש ממשלה לקבל החלטה בעניינים אסטרטגיים, כל עוד מתקיים דיון ענייני, גלוי, שקוף, כשכל הגורמים הרלוונטיים בעניין מביעים את דעתם" אמר ראש הממשלה לשעבר, "ההחלטה דאז, הוחלטה ביחד עם ראש הממשלה אריאל שרון, שהיה איש בטחון מובהק, ושר הביטחון והרמטכ"ל שאול מופז. אני הצטרפתי כשר אוצר שאחראי היה לתקצב את העניין, וכך הוחלט לרכוש את צוללות הרביעית והחמישית".
על ההתנגדות למכור צוללות למצרים, אמר: "עמדתנו הייתה נחרצת שלא יימכרו צוללות למצרים בהקשר של רכישת הצוללת הרביעית והחמישית והרי, אלמלא העמדה הזו לא היה צורך להודיע לגרמנים לאחר מכן שאנחנו משנים את עמדתנו ומוכנים שימכרו למצרים. העמדה שלנו הייתה ברורה, אני נתתי לה ביטוי. באירוע לא רשמי ב-2006 אני פגשתי את הקנצלרית ואמרתי לה שמן הראוי שמספנה שמייצרת ספינות לישראל, תייצר את אותה הטכנולוגיה למצרים".
"לגיטימי מצד ראש הממשלה לקבל החלטה שונה, אבל לא כשהיא נעשית מאחורי הגב של כל המערכת הביטחונית", הוסיף. "אני קובע, כדבר שבעובדה, שראש הממשלה, בדיון מצומצם, כשהוא מוציא מהחדר את אנשי מערכת הביטחון אומר בהקשר לצוללת השישית כבר שאנחנו לא נתנגד למכירת צוללות למצרים והעניין הזה הוא חד משמעי. ראש הממשלה פעל כדי שלא משרד הביטחון ושר הביטחון ולא משרד החוץ ידעו על כך שהוא אמר את הדבר הזה לגרמנים".
כשנשאל אם נתניהו יידע את מי שהיה שר הביטחון דאז, אהוד ברק, על המשא ומתן עם הגרמנים ופרטיו המלאים, אמר: "אני לא יודע מה ברק ידע או לא ידע. הוא ידע שאנחנו מנהלים משא ומתן על קניית הצוללת השישית. ראש הממשלה שינה את ההסכם ובכך הסתיר מכל הגורמים הרלוונטיים את הפרטים החשובים ביותר - לא מדובר בעסקת רובים, אלא בנשק בעל חשיבות אסטרטגית עליונה, שמדינת ישראל רואה בו נכס. זה דבר שמעורר שאלות עמוקות ביותר על מה הייתה המוטיבציה של בנימין נתניהו". עוד אמר אולמרט כי: "בשנת 2010 ובשנת 2011 התנהל עם הגרמנים משא ומתן אינטנסיבי על קניית הצוללות מגרמניה, נתניהו קיבל את הכסף מהחברה של בן דודו במהלך הזמן הזה, שהיה בהחלטתו ובמעורבתו של בנימין נתניהו. למיטב ידיעתי, גם ראש המל"ל דאז, יעקב עמידרור היה מעורב במשא ומתן הזה".
על עד המדינה בתיק 3,000, מיקי גנור סיפר אולמרט כי: "באותה תקופה, מיקי גנור פנה אליי. מסתבר, שבאזישהו שלב הקנצלרית הודיעה שהיא איננה מוכנה להשלים את העסקה, ונוצר פלונטר. אנחנו מאוד רצינו את העסקה. גנור פנה אליי וביקש שאנסה לשכנע אותה, כי היה משוכנע שאני יכול לשנות את דעתה בנושא. ייתכן מאוד שכניעתו של ראש הממשלה ללחץ בנושא של המשא ומתן עם הפלסטינים הוא זה שזירז את קידום העסקה".
כשהועלתה בפניו האפשרות שנתניהו אשם בבגידה בתיק הצוללות, השיב: "לא, לא מדובר בבגידה", והמשיך: "מדובר בדבר חמור מאוד של עירבוב בין שיקולים אישיים לבין שיקולים שנוגעים ליסודות הקיום של מדינת ישראל. אין לי ספק שההתנהגות של ראש הממשלה בעניין הזה מעלה שאלות כבדות על יכולתו לקבלת החלטות אחראיות ומדגיש את הצורך בהחלפתו".
תגובת הליכוד לדברי אולמרט: "האסיר המשוחרר אהוד אולמרט מקשקש בנושא ביטחוני רגיש שאין לו מושג לגביו. בשל רגישות הנושא, עניין הצוללות המצריות ידוע רק לקומץ אנשים בישראל, ביניהם היועץ המשפטי לממשלה שבחן את כל החומרים וקבע שכל החלטותיו של ראש הממשלה נתניהו היו מקצועיות ולטובת ביטחון ישראל בלבד".