על פי כתב האישום, בן אליעזר ניצל את תפקידו ומעמדו הציבורי לשם לקיחת שוחד בסך 2,250,000 ש"ח מאנשי העסקים הנאשמים רוי מוצפי ואברהם נניקשוילי, זאת בתמורה לקידום עסקיהם, מיזמיהם ומטרותיהם האישיות והעסקיות. בכספי השוחד שקיבל מהם, רכש בן-אליעזר דירות. בן-אליעזר לקח מנניקשוילי, הבעלים של חברת "שמן", שוחד בסך מיליון וחצי שקלים, וכמו כן קיבל ממוצפי שוחד בסך 760,000 ש"ח ודרש ממנו שוחד נוסף בסך של בין 1,200,000 ש"ח לבין 1,300,000 ש"ח.
כתב האישום מתאר כי בן-אליעזר וננקישוילי הכירו במהלך כהונתו של בן-אליעזר כשר התשתיות, במסגרת תפקידו לייבא גז למדינת ישראל. ננקשיולי הלווה כספים לבנו של פואד, יריב, ואף לקח אותה כשותף לפעילות עסקית. לאחר מכן, פנה נניקשוילי מנת שיפעל לטובת חברת שמן שבבעלותו, בין היתר, ברישיון הקידוח "מד אשדוד". גם לאחר שבן-אליעזר סיים את כהונתו כשר התשתיות ועבר לכהן כשר במשרד התמ"ת, הוא המשיך לפעול באופן שיתקבלו החלטות המטיבות עם חברת שמן.
בשנת 2011, פנה בן-אליעזר לנניקשוילי וביקש ממנו סכום כסף בסך 400,000 דולר, ונענה בחיוב. במטרה להסוות את עסקת השוחד, חתמו השניים על הסכם הנחזה להיות הסכם הלוואה ביניהם. בניגוד לתנאי הסכם ההלוואה, ועל אף שמדובר בסכום גבוה ביותר, בן-אליעזר לא החזיר לנניקשוילי את סכום הכסף שקיבל ממנו במועדי הפירעון הקבועים בהסכם ההלוואה, ונניקשוילי לא דרש את פירעון החוב במועדי הפירעון הקבועים בהסכם ההלוואה, ולא עד מועד פתיחת החקירה.
לטענת הפרקליטות הסכם ההלוואה שנחתם על ידי בן-אליעזר ונניקשוילי נועד לאפשר לבן-אליעזר להסביר בפני הרשויות בישראל את קבלת כספי השוחד, ככל שיעלה הצורך. עד למועד פתיחת החקירה בן-אליעזר לא הציג את הסכם ההלוואה לאיש. מנגנון ההלוואה שלא נגבתה, אשר במסגרתה יכול היה, לכאורה, נניקשוילי לבקש מבן-אליעזר את החזר הכספים בכל עת, יצרה תלות של בן-אליעזר בנניקשוילי, ושימרה את מערכת יחסי השוחד ביניהם לתקופה בלתי קצובה.
באישום השני, נאשם בן אליעזר כי בעת אשר כיהן כשר התשתיות נטל שוחד מאיש העסקים רוי מוצפי, 260,000 שקל לרכישת מגרש בנס ציונה, 500,000 שקל לרכישת בית ביפו וכ-1,300,000 שקל נוספים לבית ביפו. בתמורה, בעת שהיה שר התשתיות, הפעיל בן אליעזר את השפעתו בקרב הממשל המצרי, לשם קבלת אשרות כניסה למצרים עבור עובדי חברת בי אנד אי שבבעלות מוצפי, לצורך עסקים במדינה. פעולותיו של בן אליעזר הטיבו עם החברה באופן משמעותי מבחינה כלכלית ומנעו ממנה לקרוס.