בית המשפט העליון החליט פה אחד לבטל את החלטת שר החינוך לדחות את המלצת ועדת פרס ישראל להעניק לפרופ' גולדרייך את הפרס לשנת תשפ"א בתחום חקר המתמטיקה ומדעי המחשב. בדעת רוב של השופט סולברג והשופטת וילנר הורה בית המשפט להחזיר לשרת החינוך את ההחלטה הנוגעת להענקת פרס ישראל על מנת שתשוב ותשקול אם לאשר המלצה זו. השופט עמית, בדעת מיעוט, סבר כי יש לקבל את העתירה ולהורות על הענקת פרס ישראל לפרופ' גולדרייך.
בחודש פברואר 2021 החליטה ועדת השופטים להענקת פרס ישראל פה אחד להעניק את פרס ישראל לפרופ' גולדרייך על תרומות מעמיקות ופורצות דרך בתחומי מחקריו. החלטת הוועדה לא אושרה בסופו של דבר על ידי שר החינוך, שסבר כי פרסומים ועצומות שעליהם חתם גולדרייך בעבר מלמדים על תמיכתו בתנועת החרם על ישראל (BDS). היועץ המשפטי לממשלה התנגד לעמדת שר החינוך וסבר כי עניינו של פרופ' גולדרייך אינו נמנה על המקרים החריגים המצדיקים התערבות בהחלטת הוועדה, ועל כן יש לאשר את החלטתה ולהעניק לו את הפרס.
השופט עמית, אשר כתב את פסק הדין המרכזי, קיבל את עמדת היועץ המשפטי לממשלה, וקבע כי לא היה מקום להתערב בהחלטת הוועדה להעניק לפרופ' גולדרייך את הפרס. השופט עמית שב על ההלכה המושרשת שהתגבשה בנושא של פרס ישראל, שהבהירה כי שיקולי הוועדה בבואה להמליץ על מתן הפרס הם שיקולי מקצועיות ומצוינות בלבד, בעוד שדעות אישיות והתבטאויות של מועמדים לפרס בנושאים שאינם נוגעים לתחום המקצועי – אין מקומם במערך השיקולים של הוועדה.
הפסיקה אמנם הכירה בכך שייתכנו מקרים חריגים וקיצוניים שבהם יהא זה בלתי סביר להתעלם מהתבטאויות חריפות של מועמד לפרס, והשופט עמית אף היה נכון להניח כי קריאה לחרם על מדינת ישראל או על האקדמיה הישראלית עשויות להיכנס בגדרם של מקרים חריגים אלו, וזאת על רקע חקיקתו של החוק למניעת פגיעה במדינת ישראל באמצעות חרם, התשע"א-2011.
עם זאת, במקרה דנן פרופ' גולדרייך חזר והבהיר כי אינו תומך בתנועת ה-BDS. עובדה זו, כך נקבע, בצירוף חלוף הזמן מאז שנחתמו מרבית המכתבים והעצומות (שחלקם נחתמו מספר שנים לפני חקיקתו של חוק החרם), מובילה למסקנה כי לא התגבשה עילה שלא לאשר את המלצת הוועדה להעניק לפרופ' גולדרייך את הפרס. בשורה התחתונה, השופט עמית סבר כי יש להעניק את הפרס לפרופ' גולדרייך במועד על פי בחירתו - אם בטקס פרסי ישראל בשנה הבאה או במועד לפני כן שלא במסגרת הטקס השנתי של פרסי ישראל.
השופט סולברג ציין כי השיקול המרכזי בבחירת זוכה בפרס ישראל הוא מידת הצטיינותו ותרומתו המקצועית, בעוד שאישיותו המלבבת או נועם הליכותיו, אינם עומדים למבחן. המגמה היא למנוע פוליטיזציה של הפרס, מתוך הבנה כי גלישה מן התחום המקצועי אל האישי, אשר מטיבו עמום יותר, יכול שיהיה כחומר ביד היוצר. אך לא לעולם חוסן. השופט סולברג ציין מספר שיקולים 'חיצוניים' שניתן לשקול במקרים חריגים.
בית המשפט העליון איננו 'ועדת-על' להענקת פרס ישראל, ולא עלינו, שופטי בג"ץ, אמר השופט סולברג, להעניק במו-ידינו את פרס ישראל, לראשונה מאז היווסדו. לפיכך, משלא נשקלו השיקולים המתאימים על-ידי שר החינוך, יש להביא את העניין לשרת החינוך על מנת שתשקול את הסוגיה כדבעי, לשבט או לחסד, ותחליט כהלכה לגבי הזכיה בפרס ישראל.
השופטת וילנר הצטרפה לעמדות השופטים עמית וסולברג כי יש לבטל את החלטת שר החינוך. לעמדתה, בהחלטתו הפך עצמו שר החינוך, הלכה למעשה, לגורם נוסף השוקל באופן מובחן, לעתים דה-נובו ממש, את עמידתו של מועמד לפרס ב"תנאי התרומה למדינת ישראל" – וזאת בניגוד להלכה הפסוקה בנדון. אשר לתוצאה האופרטיבית של ביטול החלטת השר, אף השופטת וילנר קבעה כי יש להחזיר את הדיון בענייננו אל שרת החינוך על מנת שתשוב ותבחן את המלצתה של ועדת הפרס במסגרת אמות המידה שהותוו לשם כך בפסיקתו של בית משפט זה. זאת, בין היתר, לאור ההלכה המושרשת לפיה בית משפט זה אינו מחליף את שיקול דעתו של הגורם המינהלי המוסמך בשיקול דעתו שלו, וכן לנוכח הפסיקה העקבית לפיה בית משפט זה מבכר למשוך ידיו מהתערבות בעתירות הנוגעות ל(אי-) זכייה בפרס ישראל. השופטת וילנר הטעימה כי יש לקוות שהדיון החוזר ונשנה בפרס ישראל יוותר בזירה הראויה לו – היא הזירה הציבורית – לטובת העניין ולכבודו של פרס ישראל.