חקירתו הנגדית של עד התביעה בתיק 4000, מנכ"ל וואלה! לשעבר אילן ישועה נמשכה הבוקר (שלישי) בבית המשפט המחוזי בירושלים. ישועה נחקר על ידי עורך הדין בועז בן צור, פרקליטו של יו"ר האופוזיציה בנימין נתניהו. עורך הדין הציג בין היתר תכתובת בין ישועה לאיריס אלוביץ בה כתב ישועה: "אני בקשר הדוק בחזית הרוסית. הם מאוד מרוצים". ישועה העיד בין היתר ששאול אלוביץ חשש להרגיז את שר האוצר אביגדור ליברמן.
עוד עלה מהחקירה הנגדית, כי ביולי 2016 כתב ישועה לעוזר של ליברמן, על ידיעה שקשורה לליברמן, שחגג ביום עתיר פיגועים: "שלא יידעו שדיברנו. רתחתי עליהם. הידיעה לא ראויה". לעורכת כותב ישועה: "צהוב, הזוי ולא הוגן... מבקש שזה יעוף מיד". לטענת ישועה, הוא קיבל הוראה משאול אלוביץ להגן על ליברמן.
בן צור: "אני מבין שיש לך גם אפשרות לסייע לבן של השר" (ליברמן)
ישועה: "אין לי כוונה לסייע, קיבלתי הוראה לסייע".
בתגבה לדברים הללו, שאול אלוביץ, שנכח באולם, צעק "שקרן".
בן צור הציג הודעות בין ישועה לבין ליברמן: "בכיף אני מת על הקונספט" כתב ישועה לבנו של ליברמן, עמוס ליברמן.
בן צור: "את מי תפעלת במערכת לערוך את הכתבה?"
ישועה: "אני לא זוכר".
בן צור: "אני אזכיר לך. שלחת מייל לאבי אלקלעי".
בן צור הציג לישועה מייל ששלח לאלקלעי בדרישה כי יפרסם כתבה חיובית על עמוס ליברמן.
בן צור: "ביקשת צילומים ועריכה כלומר עשיתם הפקה שלמה בעניין הזה".
ישועה: "כן".
בן צור: "אתה מסכים איתי שיש בכתבה תוכן שיווקי, ועבור תוכן זה משולמת תמורה?".
ישועה: "לא שילמו".
בן צור: "זה הספיק לך או שרצית עוד מאותו הדבר?"
ישועה: "לא קשור להספיק לי זה לא הייתה הוראה שלי".
בן צור הציג הודעה שכתב לאלקלעי "אני רוצה להעמיק בעניין".
ישועה: "אני עושה מה שאומרים לי לעשות. אני לא רוצה כלום".
בן צור: "לשיטתך, ההתערבות של אלוביץ בעניין הזה הייתה נמוכה ביחס לנתניהו?".
ישועה: "המעורבות בעניין ליברמן הייתה נמוכה יחסית לנתניהו לאין שיעור".
בן צור: "אני רואה שאבי אלקלעי בשיתוף פעולה מלא איתך".
ישועה: "כן".
בן צור: "הייתה סיבה שלא סיפרת בחקירה המשטרתית על הפעילות הענפה שלך עם פוליטיקאים?"
ישועה: "לא ניהלתי את החקירה, עניתי על מה שנשאלתי. לא ניסיתי להסתיר שום דבר - כששאלו אותי עניתי".
בן צור הציג לו הודעה נוספת שכתב לעמוס: "הי עמוס מה נישמע? חוזר לארץ יום שני הקרוב... איך עבדה הכתבה? איך ההרשמה? כשאחזור נעשה פגישה יחד עם אחד המומחים אצלי ונראה מה עוד ניתן לעשות. נקודת המפתח תגדיר מה קהל היעד שלך: דמוגרפיה וכדומה".
בן צור: "ממש בנית לו תוכנית עסקית. אני מבין שגם שלח לך פירות".
ישועה: "יכול להיות ששלח פירות למשרד"
בהתכתבות אחרת בין שאול אלוביץ לישועה נכתב: "אני חושש שעשינו נזק גדול לרוסי בימים האחרונים. אתה יכול להתקשר לעוזר שלו ולשאול אם הכל בסדר ואם הוא צריך משהו. אני זקוק לו בימים הקרובים". פרקליטו של נתניהו הפנה להתכתבות ששלח עמוס ליברמן: "רק לתקן שהכנס היה באריאל ולא בהרצליה". ישועה השיב לו - "מטפל", והוסיף: "אני מעריץ אותו" (את ליברמן).
בן צור: "באמת הערצת אותו?".
ישועה: "אני לא חושב... מעריך אותו".
פרקליטו של יו"ר האופוזיציה הציג התכתבויות בין ישועה למיכל קליין, שהייתה אז ראש מערכת החדשות, ובהם הוא דורש שתעלה כתבה מפרגנת לליברמן לפני פגישתו עם ליברמן. קליין: "אני לא יכולה לשים למעלה ראיון מלפני 24 שעות. זה מוציא אותנו לא רציניים. שמתי בהומפייג' ואשאיר שם עד תום פגישתכם", אך ישועה המשיך ללחוץ. בן צור הציג מספר כתבות מפרגנות לליברמן שנעשו מיד לאחר הפגישה שלו עם ישועה.
יועץ התקשורת של ליברמן שלח לישועה פוסטים וציוצים של כתבי וואלה שתקפו את ליברמן ומדיניותו, ופנה אליו: "היי אילן, שבוע טוב. לא דחוף - כשאתה יכול לדבר שתי דקות תגיד לי חהתקשר אליך. תודה".
בהמשך הדיון נחשפה התכתבות נוספת, בה נכללת הודעת סמס בה כתב אילן ישועה לאבי גבאי: "אני עם זוג חברים בשוויץ בוויקנד, הבעל הוא המדען הראשי בפרויקט המאיץ, שניהם ישראלים שחיים בארה"ב כבר 30 שנה. הם מדברים עליך כראש הממשלה הבא. את המומנטום הזה אני חש בהרבה מגזרים".
עוד הוצגה התכתבות של ישועה עם הבן של ליברמן לגבי קידום גן הילדים "שורשים":
ובהמשך עלתה כתבה על הגן
בהמשך להתכתבות עלתה הכתבה הבאה:
בנוסף, הוצג מייל בו מיכל קליין מציעה לישועה שורה של נושאים בהם אפשר לסקר את ליברמן סיקור חיובי, ועל מה הוא יוכל לשוחח איתו. ישועה ביקש שתעלה כתבה לפני פגישתם.
בהמשך ההתכתבות בין השניים, קליין השיבה לישועה שאם יש צורך - הם יכינו אייטם, והוא ציין כי הפגישה תתקיים בשעה ארבע וצריך שהדבר יעלה לפני כן. היא שלחה לינק לכתבה שעלתה:
בית המשפט יצא להפסקה שנמשכה כחצי שעה, לאחריה בן צור הציג כתבה על טענה להטרדה מינית המיוחסת לשר לשעבר סילבן שלום.
בן צור: "סביב הכתבה הזו הייתה בניכם התכתבות, והיא מסתיימת שאתה אומר שתסייע כמיטב יכולתך".
ישועה: "התבקשתי לאתרג אותו וזה מה שעשיתי".
בהמשך הוצגה התכתבות בין ישועה לינון מגל, במהלכה ישועה ביקש לא להעלות את הפרסום עד שהוא יחזור.
ישועה: "עצור את סילבן, אל תעלה עד שאני חוזר".
מגל: "מתי אתה חוזר?"
ישועה: "חצי שעה. תרד מזה".
מגל: "למה"
ישועה: "עלילה"
בהמשך הוצגה בקשה של ג'ודי שלום ניר מוזס לשנות את כותרת המשנה בראיון שהעניקה, בטענה כי לא הבהירה שהחשד בעניין סילבן שלום הופג.
מוזס: "היי מותק, לא מבינים מה ינון מגל רוצה מהחיים שלנו! תסתכל על כותרת המשנה, הסיפור נגמר למה להכפיש כל הזמן?? הבן אדם נוקה, יצא, למה הוא רודף אותנו?"
ישועה: "עכשיו בסדר? דברי עם ינון זה יעזור לעתיד, שולח לך את הנייד שלו. דברי איתו עכשיו, אבל אינך צריכה לציין את זה, רק שנתתי לך את את הנייד והצעתי שתשוחחו".
בהמשך כתבה מוזס: "טוב, לא מבינה מה הבעיה שלו איתנו?? למה לטנף".
ישועה: "ביקשתי ממנו לשנות כותרת המשנה. דברי איתו, זה חשוב כשמדברים ישירות זה הכי יעיל. אני מצידי עוזר מאחור".
מוזס אף פנתה אליו בהמשך בתואר "מותק"
בן צור הראה לישועה התכתבות בינו לבין משה כחלון זמן קצר לפני הבחירות של 2015: "היי משה שמים בוויינט 200, במאקו 50 ובוואלה אפס, אני אשמח אם תנחה לתקן את העוול הזה. כל המפלגות שמות יותר בוואלה מאשר בווינט. חושב שזה לא טוב לכולנו, וואלה יותר גדול והבוחרים שלך אצלנו. בכל מקרה אוהב אותך, תודה אילן".
בן צור: "אתה מנסה לרמוז לו בעצם שעדיף לו שיפרסם אצלכם כדי שלא יהיה נגדו ידיעות נגטיביות".
ישועה: "זו שיחת מכירות".
בהמשך הוצגה הודעה שכתב ישועה כותב לכחלון ביום של הבחירות , לאחר פרסום המדגמים: "ברכות, הישג היסטורי!".
כחודש לאחר מכן, כחלון ניסה להשיג את ישועה טלפונית. באותו היום, פורסמה ידיעה בעניינו של כחלון:
בנוסף, באותו היום בשעה ארבע אחר הצהריים עלתה ידיעה על הכותרת: כחלון חושף את הקו המדיני: חזרה לגבולות 67' ושמירה על הגושים. כאמור, בן צור ציין כי באותו היום היה קשר מסוים בין כחלון לישועה. תוכן השיח אינו ידוע, אך כעבור כשעה וחצי שונתה הכותרת: "כחלון לוואלה! חדשות: מתנגד לקווי 67', לא הובנתי כהלכה".
נדב, הדובר של כחלון שולח לישועה הודעת "פוש" שבה כתוב: "חי: נתניהו מודיע על הורדת המע"מ". הוא כתב לישועה - "איפה כחלון", כלומר - למה גם הוא לא הוזכר אלא רק נתניהו. בעצם, הוא חיפש קרדיט גם לכחלון, שרוצה להיות מזוהה עם המהלך. ישועה השיב לנדב: "מטפל", ופנה לאלקלעי בבקשה שייצא פוש מתוקן.
בן צור: "אתה מתכתב עם אלקלעי ושולח לו את ההודעה ששלח לך כחלון בטרוניה לאחד הפרסומים, שמדברים על הורדת המע"מ ל-17% ובו מופיע רק נתניהו, ומבקש להוסיף את כחלון".
ישועה: "כן".
בהמשך, בן צור הציג תכתובות בין ישועה לבין דוברו של כחלון, אשר כתבו לו "משה ביקש ממש שיטופל יפה אצלכם". ישועה אישר כי מדובר בפעולה סטנדרטית של דוברות ולא בדבר מיוחד. את הטיפול המיוחד שלח הדובר על רקע פגישתו של כחלון עם מזכיר האוצר של ארצות הברית בשנת 2016, שם הם שוחחו על שיתופי פעולה הכלכליים של ישראל עם הרשות הפלסטינית.
בנוסף, בן צור הציג תכתובת משנת 2017, בה ישועה ודוברו של כחלון משוחחים ביניהם על שר האוצר דאז, כאשר ישועה מכנה את כחלון כ"איש חכם מאוד".