רבה הראשי של העיר צפת, הרב שמואל אליהו, עתר אמש (רביעי) לבג"ץ נגד ועדת הבחירות לרבנים הראשיים. הרב שמואל אליהו, בנו של הראשון לציון הרב מרדכי אליהו זצ"ל, מתמודד לתפקיד הרב הראשי לישראל הספרדי, והוא המועמד הציוני היחיד לתפקיד.
בעתירתו, הרב שמואל אליהו דורש כי בג"ץ יורה לוועדת הבחירות לנמק מדוע לא תבטל את המחליפים שברשימת חברי האסיפה הבוחרת. בנוסף, הרב אליהו דורש כי הוועדה תקבע, תפרסם ותאכוף כללים שיבטיחו את טוהר הבחירות לתפקיד הרבני הבכיר במדינת ישראל.
הרב שמואל אליהו מעלה בעתירה טענות חמורות ביותר נגד ועדת הבחירות. בין היתר נטען כי "מספר חברי האסיפה הבוחרת דיווחו לעותר וצוותו כי עובדי המשרד לשירותי דת פנו אליהם בניסיון להשפיע עליהם להמליץ, להצביע או להימנע מעשות כאמור ביחס למועמדים שונים".
נוסף על כך, כאשר אחד מחברי האסיפה הבוחרת פנה אל מנכ"ל המשרד לשירותי דת והוגיע שהוא לא יוכל להשתתף בבחירות כי ביום זה עליו להיות בחו"ל, המנכ"ל השיב כי הוא "לא מאשר" החלפה של הנציג לפי רשימת המחליפים שנקבעה מראש כאשר מדובר בהיעדרות בשל נסיעה לחו"ל. בניסיון לברר מה הם הכללים לעניין החלפת חבר אסיפה בממלא מקום, יועמ"ש הוועדה ענה שאין כללים.
בתשובתה של הוועדה בעניין מינוי מחליף, נכתב "בכל הקשור לבקשתך לפיה הוועדה תפרסם נהלים הקשורים ל"מחליפים" של חברי אסיפה - הוועדה לא מוצאת מקום לפרסם נהלים כאלה. לצורך העניין, יובהר כי "מחליף" יוכל לבוא במקום חבר האסיפה הבוחרת רק אם יש מניעה משפטית (כגון ניגוד עניינים) המונעת מחבר האסיפה להיות חבר האסיפה".
עו"ד זיו מאור, שהגיש את העתירה בשמו של הרב שמואל אליהו, כתב: "השימוש במטבע "מניעה משפטית" כדי להצדיק כל התערבות פקידותית בכל פעולה מינהלית - איננו מקיים את הדין. חוק לתיקון סדרי המינהל מחייב את רשויות המדינה לנמק פעולתן ולפעול בשקיפות. מתן האפשרות למשיבה להתערב בהרכב חברי האסיפה הבוחרת באופן לא פומבי, ומאחורי מסך של "מניעה משפטית" בלתי מנומקת - סותר את הוראות חוק ההנמקות ודינו בטלות".