האגודה לזכויות האזרח וארגון יש דין עתרו לבג"ץ נגד שר הביטחון יואב גלנט והשר בצלאל סמוטריץ, בטענה כי מהלכים המקודמים במינהל האזרחי הם סיפוח של ההתיישבות היהודית ביו"ש למדינת ישראל, הלכה למעשה. הארגונים דורשים את ביטול כתב המינוי והאצלת הסמכויות שניתן להלל רוט, סגן ראש המינהל האזרחי לעניינים אזרחיים.
על פי העתירה, מדינת ישראל מבצעת "שינוי משטרי" במבנה הממשל שמבינת ישראל מפעילה ביהודה ושומרון "שמשמעותו הלכה למעשה סיפוח" של יהודה ושומרון למדינת ישראל. בעתירה נטען כי "על מנת להסוות את השינוי המשטרי, וכדי להימנע מביקורת בינלאומית, השינוי המשטרי הוצא לפועל באמצעות צו צבאי וכן כתב מינוי והאצלת סמכויות אשר יחדיו העבירו את מירב הסמכויות המינהלויות וגם חלק מהסמכויות התחיקתיות, מהצבא שמשמש ב-57 השנים האחרונות כמושלה של הגדה המערבית, אל מערך אזרחי שהוקם לשם כך במשרד ממשלתי שהוקם בתוך משרד הביטחון וכפוף לשר הנוסף במשרד הביטחון (בצלאל סמוטריץ', א"ב)".
בעתירה נטען כי "למרות שלמראית עין הסמכויות נותרו בתוך משרד הביטחון, בפועל, נוצרה מערכת שלטונית נפרדת לגמרי שאינה כפופה ואינה משתלבת בהיררכיה של מערכת הביטחון". בין היתר, הטענות הן כי המהלך, אותו קידם השר בצלאל סמוטריץ', "מהווה סיפוח אסור של שטח כבוש".
בג"ץ מתבקש על ידי העותרים "לעצור את השינוי הבלתי הפיך בעמדו של השטח הכבוש שמובילים המשיבים", וכן "לעצור את מצג השווא שעומד בבסיס ההפיכה המשטרית, אשר באמצעותו מסתירים המשיבים הן מהציבור הישראלי והן מהקהילה הבינלאומית את מהות פעולתם, וקובעים עובדות בשטח ללא דיון וללא גילוי – אשר משנים מהיסוד את טיבה ומהותה של השליטה הישראלית בגדה המערבית".