פרסום ראשון: בג"ץ קיבל היום (שני) באופן חלקי את עתירת פרופ' יעל אמיתי נגד השר אקוניס, והורה לו לשקול מחדש את החלטתו שלא למנותה לנגידה במועצת הנגידים של קרן גרמניה-ישראל למחקר ולפיתוח מדעי, בעקבות חתימתה על עצומה התומכת בסטודנטים ומרצים שסירבו לשרת בשטחים.
"אציע לחברי לקבל את העתירה באופן חלקי, ולהפוך את הצו על תנאי למוחלט במובן זה שהחלטת שר המדע לפסול את מינוי פרופ' אמתי כנגידה תבוטל", נכתב בתשובת השופט ג'ורג קרא, שהיה בעמדת מיעוט, ופסק שיש להורות על מינויה חרף התנגדות אקוניס.
"עם זאת, ובהתאם לאמור", צוין עוד, "המינוי לא יאושר בשלב זה, והסוגיה תוחזר לשולחן שר המדע, אשר יידרש לבחון אותה מחדש תחת ההנחות הבאות: ראשית, כי העצומה עליה חתמה פרופ' אמתי אינה בגדר עבירה פלילית – על כל המשתמע מכך. שנית, כי דבריה בראיונות שהוצגו בהליך דנן אינם מהווים עילות עצמאיות לפסילת המינוי, וניתן לראותם רק כהעדר חרטה על החתימה בשנת 2002 . הכרעת השר תתמקד, אפוא, במשקל שראוי לייחס בנסיבות העניין להצטרפות לאותה עצומה – על רקע השיקולים והנסיבות".
"עם זאת, ובהתאם לאמור", צוין עוד, "המינוי לא יאושר בשלב זה, והסוגיה תוחזר לשולחן שר המדע, אשר יידרש לבחון אותה מחדש תחת ההנחות הבאות: ראשית, כי העצומה עליה חתמה פרופ' אמתי אינה בגדר עבירה פלילית – על כל המשתמע מכך. שנית, כי דבריה בראיונות שהוצגו בהליך דנן אינם מהווים עילות עצמאיות לפסילת המינוי, וניתן לראותם רק כהעדר חרטה על החתימה בשנת 2002 . הכרעת השר תתמקד, אפוא, במשקל שראוי לייחס בנסיבות העניין להצטרפות לאותה עצומה – על רקע השיקולים והנסיבות".
השופט שטיין הוסיף: "אני סבור כי בכגון דא ראוי לנהוג כפי שהיה מקובל בעבר היותר רחוק: היועץ ונציגיו אינם חייבים אמנם לטעון לטובת ההחלטה השלטונית שבחוקיותה אינם מאמינים, אך הם חייבים לדאוג לכך שהרשות שקיבלה את ההחלטה, ושדעתה בעניינה איננה כדעת היועץ, תקבל ייצוג אפקטיבי על ידי עורך דין אחר אשר יגן על ההחלטה בבית המשפט".
באגודה לזכויות האזרח אמרו בעקבות ההחלטה כי "פסק הדין בעניינו של השר אופיר אקוניס מהווה פגיעה קשה בחופש הביטוי הפוליטי בישראל. בית המשפט בעצם התיר לשר לבחון את השקפת עולמה של מועמדת לתפקיד ולפסול אותה אם היא אינה מיישרת קו עם עמדת השר. בכך סטו השופטים מהקו שהנחה את בית המשפט למעלה מ-65 שנה, עוד מהתקופה שבן גוריון ניסה למנוע מאיש לח"י להתקבל לעבודה כמורה".
באגודה לזכויות האזרח אמרו בעקבות ההחלטה כי "פסק הדין בעניינו של השר אופיר אקוניס מהווה פגיעה קשה בחופש הביטוי הפוליטי בישראל. בית המשפט בעצם התיר לשר לבחון את השקפת עולמה של מועמדת לתפקיד ולפסול אותה אם היא אינה מיישרת קו עם עמדת השר. בכך סטו השופטים מהקו שהנחה את בית המשפט למעלה מ-65 שנה, עוד מהתקופה שבן גוריון ניסה למנוע מאיש לח"י להתקבל לעבודה כמורה".
היא סיפרה אז בשיחה עם אילה חסון ב-103FM: "באמצע יוני פנו אליי לשבת בוועדה המטפלת בהצעות מחקר בין ישראל לגרמניה עם קרן משותפת שמחלקת כספים לשיתוף פעולה מדעי. לאחר אישור היועץ המשפטי קיבלתי את החומר שנדרש לוועדה והתחלתי להתכונן עד שהגיע טלפון ממשרד המדע ונודע לי שאינני מאושרת להצטרף. הייתי בטוחה שזה עניין טכני שיסתדר בקרוב אך יומיים לאחר מכן הבנתי שאני באמת לא מאושרת לוועדה ושמישהו אחר כן אושר". לדבריה, באותו רגע הבינה שמדובר במשחק פוליטי.
"את הטיעון לסירוב של שר המדע, אופיר אקוניס, שמעתי מהכתב של 'ישראל היום' בטענה שחתמתי בשנת 2005 על עצומה שקראה לאפשר לחיילים מהשמאל סרבנות מצפונית לשרת מעבר לקו הירוק. על העצומה הזו חתומים 360 חברי סגל אקדמי", הסבירה, "אני חברה באוניברסיטת בן גוריון, בפקולטה לרפואה ומלמדת נוירו-פיזיולוגיה. לאורך השנים חקרתי את המוח, ישבתי בוועדות ומעולם לא ידעתי את השקפות הפוליטיות של האנשים שישבו עמי בוועדות וזה גם לא עניין אותי מעולם, זה לא רלוונטי. בתחום שלי עוסק בשאלות מחקר, בטכנולוגיה ובדברים הכי מקצועיים. הכי נורא הוא שהיום תשב ועדה ואין בה נציג בתחום העיקרי בו היא תעסוק".