המשטרה פתחה בחקירת אירוע הכולל איומים, היזק לרכוש והטרדה מינית, זאת לאחר שהתקבלה תלונה, ממנה עולה כי ב-19 בספטמבר נגרם נזק לדגל הגאווה שהוצב בחזית בית בבאר שבע, ונשמעו צעקות המהוות הטרדה מינית. כאמור, במשטרה ציינו כי עם קבלת התלונה, בוצעו סריקות אחר מבצעי העבירה ונפתחה חקירה לבירור האירוע. במהלך החקירה המשטרתית, נעצרו בידי מחלק הנוער בתחנת באר שבע, ארבעה קטינים כבני 16-17 ובגיר כבן 18 תושבי העיר, בחשד למעורבות במעשה.
למעריב אונליין נודע כי בחקירת החשודים, יהודים ובני מיעוטים, עלה כי האירוע התרחש כאשר היו בדרכם חזרה מבילוי בגינה ציבורית, כאשר הם ככל הנראה שיכורים. עוד עולה כי לאחד הקטינים, שלא זיהה את הדגל כדגל הקהילה הגאה, הצבעים "סתם לא נראו לעין", ולכן קרע את הדגל, ולקח אותו עימו. ככל הנראה, במהלך ביצוע המעשה, חבריו עודדו אותו, תוך שהם צועקים כי "אלו צבעים של הומואים". בתום חקירתם, מפאת גילם והעדר עבר פלילי הוחלט על העברתם לתנאי מעצר בית.
מהמשטרה נמסר: "משטרת ישראל רואה בחומרה אירועים אלו של שנאה על רקע זהות מגדרית ופעלה בנחישות לאיתור החשודים במעשה והרחקתם מהמרחב הציבורי והכל למען בטחון הציבור הנורמטיבי".