המודיעין האמריקני סבור כי חמאס והג'יהאד האסלאמי השתמשו בבית החולים 'שיפא' שבעיר עזה כמפקדה צבאית וכמקום להחזקת החטופים הישראלים, כך עולה ממסמכי מודיעין שעליהם דווח הבוקר (רביעי) ב"ניו יורק טיימס". על פי הדיווח, ימים לפני הפשיטה של צה"ל על מתחם בית החולים, חמאס השמיד טכנולוגיות ומסמכים והעביר את החטופים למקום אחר.
גורמי מודיעין אמריקנים מדגישים כי על פי הערכת המודיעין העדכנית ביותר, חמאס והג'יהאד השתמשו בבית החולים על מנת לפקד על הפעילים בשטח בלחימה נגד ישראל. הערכת המודיעין נערכה לאחר שישראל התעקשה על כך כי חמאס בנה מתחם צבאי עצום מתחת לבית החולים, מה שעל פי הדיווח, הפך ל"מטרה צבאית לגיטימית עבור ישראל".
בחודש נובמבר האחרון, בעיצומה של הפשיטה על בית החולים שיפא, חשף צה"ל את הממצאים שאותרו בשטח ביה"ח, שהעידו על כך שארגוני הטרור אכן השתמשו בו כמתחם צבאי. לאחר פריצת דלת ההדף באחת המנהרות מתחת לבית החולים, נחשפו עוד עשרות מטרים של מנהרה שבה חדרי שהייה גדולים, שירותים, מטבחון ותשתיות נוספות. ניכר כי חמאס הספיק לרוקן אותם לפני כניסת הכוחות, ונראה שמנהרת הטרור נמשכת עוד עשרות מטרים שטרם נחקרו.
תוואי המנהרה שנחשף לאחר הפיר שנראה בצילומים שפרסם דובר צה"ל, עובר מתחת למבנה בית החולים הקטארי שנמצא במתחם שיפא, והוא מבוטן ועם תשתיות חשמל ותקשורת לכל אורכו. מכאן פעל גדוד של חמאס באופן קבוע, אך ייתכן ששימש גם כוחות נוספים. בנוסף למנהרת הטרור במתחם בית בחולים חשפו הכוחות מלאי אמצעי לחימה בהיקף דופן, מחשבים, רחפנים גדולים חמושים בחומר נפץ להטלה, טכנולוגיות מתקדמות, רימוני יד, רובים מסוג קלצ'ניקוב בכמויות גדולות.