המרדף אחרי יחיא סינוואר נמשך קצת יותר משנה. במערכת הביטחון אומרים כי השב״כ העריך היכן הוא עשוי להימצא ובמספר פעמים השנה הוא חמק רגע לפני שהכוחות סגרו עליו. "זה לא במקרה שהכוחות פעלו באזור, הייתה הערכה שמסתתרים שם בכירי חמאס, לרבות סינוואר," כך אומרים במערכת הביטחון. עוד מעריכים כי ששת החטופים שנרצחו בשבי חמאס ככל הנראה היו במנהרה לצד סינוואר.
גורמים במערכת הביטחון מדגישים כי הייתה התעקשות מצד כוחות צה"ל להישאר באזור מסוים, אף על פי שלכאורה לא נראה כי יש לו חשיבות מיוחדת. התעקשות זו הוכיחה את עצמה כאשר הכוחות של חטיבת ביסל״ח (828) חשדו שמחבלים נמצאים במבנה באזור. בשל החשד, טנק מפלוגה ל׳ של קורס מפקדי טנקים (גדוד 195 של שיזפון) ירה לעבר המבנה.
לפי ההערכות והממצאים בזירה, סינוואר נפגע כתוצאה מירי הטנק על המבנה. לאחר מכן, כוחות החי״ר של גדוד 450 פשטו על המבנה וביצעו סריקות בתוכו. במהלך הסריקות איתרו את הגופה החשודה. כמו כן, במערכת הביטחון בוחנים שאחד המחבלים הנוספים שחוסלו הוא מג״ד בחטיבת חאן יונס של חמאס, שהיה צמוד לסינוואר מתחילת המלחמה. כמו כן, דיווחים עזתיים מצביעים על כך שנחשד כי גם מח"ט רפיח חוסל.
הכוח שככל הנראה חיסל את סינוואר כלל לוחמי גדוד 450 של חטיבת ביסל״ח, וכן לוחמים מקורס מ״כים של חטיבות הצנחנים וכפיר. לכוח של צה״ל לא היו נפגעים בהתקלות. בצה״ל מציינים כי לא נמצאו סימנים כי במקום היו מי מהחטופים.
גורם ישראלי הוסיף: "אמרנו מהיום הראשון לא עניין של האם יחוסל - רק שאלה של מתי". במערכת הביטחון ישנה אופטימיות זהירה באשר לגורלו של יחיא סינוואר, ובמערכת הביטחונית ממתינים לתוצאות בדיקות DNA. בינתיים, במערכת הביטחון ממשיכים לאשר את האפשרות שסינוואר חוסל.