חטיבת בנימין יצאה בשעות הבוקר המוקדמות (שבת) למבצע חטיבתי נרחב בכפר כובר, ממנו יצא עמר אלעבד, המחבל שביצע את פיגוע הדקירה ביישוב חלמיש. במסגרת המבצע כוחות הביטחון כיתרו את הכפר, והיציאה ממנו תתאפשר במקרים הומניטריים בלבד. שר הביטחון אביגדור ליברמן והרמטכ"ל גדי אייזנקוט סיירו בבית בו אירע הפיגוע הקשה וקיבלו תדרוך במקום.
בנוסף הכוחות ביצעו מיפוי הנדסי של בית המחבל לקראת הריסה, ערכו סריקות נרחבות לאיתור אמל"ח והחרימו כספי טרור. אחיו של המחבל נעצר ודף הפייסבוק של המחבל הוסר בשעות הלילה. בחקירתו, הוא אמר כי קנה את הסכין בימים האחרונים ויצא לבצע את הפיגוע בעקבות האירועים האחרונים באל-אקצא.
הפיגוע נעשה על ידי המחבל עמר אלעבד, בן ה-20, שהודיע על כוונתו בפוסט שהעלה בפייסבוק, שעות לפני הטבח הרצחני. בפוסט כתב כי "אינו יכול עוד לשקוט על רקע המתרחש בהר הבית". הצעיר, תושב כפר הסמוך להתנחלות, היה ללא שיוך ארגוני אם כי מזוהה עם חמאס. "אין חיים אחרי מה שרואים במסגד אל-אקצא ורצח הנשים והצעירים. אני יודע שלא אחזור, אני בדרך לגן עדן", הוסיף בפוסט. המחבל כאמור, הודיע על כוונתו הברורה שעות לפני הטבח הרצחני והפוסט הציבורי לא נוטר מבעוד מועד על ידי כוחות הביטחון.
כזכור, הוא חדר אמש לבית פרטי ביישוב שבבנימין בזמן שהתקיימה בו ארוחת השבת. כעשרה אנשים התארחו בסלון המשפחה - שלושה מהם כאמור מצאו את מותם בטרגדיה הקשה. שכן, חייל בחופשה, שמע את האירוע, הגיע עם נשק וירה במחבל. מלבד הפצועה הנוספת שפונתה לירושלים, שאר שוהי הבית לא נפגעו.