למרות הסרת אמצעי הביטחון בכניסה להר הבית, פתיחת שערי המתחם הסתיימה הערב (חמישי) בעימותים כבדים בין מתפרעים לכוחות הביטחון. מיד עם כניסת המתפללים למתחם, החלו יידויי אבנים לעבר השוטרים שמאבטחים את הכניסות, בעוד מתפרעים החלו תולים דגלי פלסטין על גגות המסגדים. בתגובה להתפרעויות, החלו כוחות משטרה שהיו ערוכים במקום, לפזר את המתפרעים, תוך שימוש באמצעים לפיזור הפגנות - בהם רימוני גז והלם, וכדורי גומי, ולהגביל את הכניסה להר לסירוגין.
מחשש לעימותים המוניים נוספים אחרי תפילת יום השישי, הורה ראש הממשלה בנימין נתניהו לכוחות הביטחון על תגבור כוחות מחר. את ההוראה העביר ראש הממשלה לאחר שיחה עם שרי הביטחון וביטחון הפנים. כוחות אלה מתווספים ל-300 לוחמי מג"ב שהוקפצו כבר משעות הצהריים היום לתגבור הכוחות בהר הבית. באזור העיר העתיקה, מזרח ירושלים ובשטח הר הבית פרוסים למעלה מ-3,500 שוטרים ולוחמים והערכה היא כי לכוח זה שהתווספו כאמור 300 לוחמי מג"ב יתווספו עד שעות הבוקר מחר כ-500 לוחמי מג"ב נוספים.
כתוצאה מהעימותים שוטר אחד נפצע מיידוי אבן לראשו והסהר האדום דיווח כי הוא טיפל ב-96 נפגעים, כמו כן מספר אבנים שנזרקו לעבר השוטרים נפלו במתחם הכותל המערבי, אך לא גרמו לנפגעים. כאמור, בתוצאה מהעימותים, נאלצה המשטרה לפתוח ולסגור את שערי המתחם למתפללים ואף בשלבים מסוימים סגרה המשטרה את השערים העיקריים לעיר העתיקה ואיפשרה רק לתושבי האזור להיכנס אליה.
אחרי הפיגוע: המתפללים סירבו לעבור במגנומטרים
כזכור, כניסת המתפללים למתחם באה לאחר יותר משבוע בו סירבה האוכלוסייה המוסלמית להיכנס למתחם הקדוש, אליו נכנסים אלפי מתפללים כל יום, ובסופי שבוע עשרות אלפים. סירוב המתפללים להיכנס למתחם בא בעקבות הצבתם של מגנומטרים ואמצעי בטיחות אחרים סביב המתחם, בשל הפיגוע שאירע בו - אז יצאו שלושה מחבלים תושבי אום אל פחם מהמתחם ורצחו את שני השוטרים, האיל סתאוי וכמיל שנאן.בשבוע המחאה שהכריזו עליו המוסלמים, אירעו הפרות סדר שבהן השתתפו אלפי מוסלמים, שהתפללו ברחובות העיר והתעמתו עם המשטרה. במהלך העימותים נהרגו מספר מפגינים ונעצרו מאות נוספים.
מנהיגי הציבור הערבי קראו להתפלל באל אקצא
העימותים סביב ההר התרחשו למרות התבטאויותיהם של מנהיגי הציבור המוסלמי בירושלים, שהכריזו על סיום המשבר. המופתי של ירושלים, מוחמד חוסיין, כי מבחינתו משבר הר הבית הסתיים. "המצב חזר לקדמותו, אנחנו נתפלל באל-אקצא", אמר במסיבת עיתונאים בירושלים. ראשי הווקף פרסמו גם הם את החלטתם לאפשר את קיום התפילות.
גם יו"ר הרשות הפלסטינית, אבו מאזן הודיע כי מבחינתו הסתיים המשבר: "קיבלנו עדכונים מהמופתי ומבכירי הדת ואנחנו יכולים לבשר שתפילות הצהריים היום יהיו בתוך אל-אקצא. זה ניצחון גדול". אבו מאזן הוסיף כי שוחח עם מלך ירדן עבדאללה והשניים קבעו לעקוב אחר ההתפתחויות בירושלים ולפעול בתאום. "נעקוב צעד צעד אחר המצב, הסיפור לא נגמר", אמר אבו מאזן. אנחנו מייחסים חשיבות למה שיקרה באו"ם בשנה הקרובה, מקווה שנוכל לגרוף הישגים".