גורמי ביטחון טוענים כי ההסתרה ממערכת הביטחון של שיחות השלום וההסכמים עם איחוד האמירויות עד שלב מתקדם מאוד שלהם פגעה ביכולת של ישראל להשיג חבילת פיצוי משמעותית יותר של אמצעי לחימה וסיוע ביטחוני בעקבות הכוונה של ארה"ב למכור מטוסי 35־F לאיחוד האמירויות, כחלק מהתמורות תמורת ההסכם.
העמדה המסורתית במערכת הביטחון ובצה”ל מתנגדת למכירת מטוסי החמקן למדינות במזרח התיכון. במקרה של איחוד האמירויות אומנם סבורים בישראל כי לא נשקף מכך איום, אך חוששים שהמכירה עלולה להוות תקדים למכירה גם למדינות נוספות כמו ערב הסעודית למשל, שמעוניינת להשיג מטוסי קרב מתקדמים.
עם זאת, גם במערכת הביטחון מבינים כי מהרגע שהממשל האמריקאי החליט שהוא מעוניין לשווק את המטוס למדינות נוספות, במיוחד לאור העובדה שמדובר בכסף גדול מאוד, לא ניתן לבלום את העסקאות שחשובות לאינטרסים האמריקאיים. לפיכך, כל שנותר הוא להתמודד עם המחירים שתגבה המכירה לאמירויות.
כך או כך, אחד הגורמים הביטחוניים טוען שלא ברור לו מדוע ראש הממשלה בנימין נתניהו לא שיתף את מערכת הביטחון ומשרד החוץ כבר מהשלבים הראשונים בהתנהלות המשא ומתן, מה שעשוי היה להוביל לתמורות טובות הרבה יותר. “התוצאה של הסכם שלום היא טובה וחשובה”, הסביר הגורם, “אבל לא ברור מדוע לא ניתן היה לנהל את הדברים בצורה ישרה ומסודרת והעדיפו לעשות זאת בצורה עקומה לחלוטין”.
בתוך כך, תקף ראש אמ”ן לשעבר אלוף (במיל’) עמוס ידלין את התנהלות נתניהו, לאחר שהתברר שהייתה מחלוקת בסוגיה בינו לבין שר הביטחון וראש הממשלה החליפי בני גנץ: “הסוגיה החמורה איננה הנשק המתקדם, אלא ההכחשות השקריות מצד ראש הממשלה, לאחר ששוב הסתיר החלטה ביטחונית משמעותית מפני שרים בכירים ומפני מערכת הביטחון”, טען ידלין. “זו דרך קבלת ההחלטות שאינה קבילה במדינה דמוקרטית, שלא לדבר על פוטנציאל השחיתות שבה”.